packages/vtk/src/bbvtkConcatImages.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
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  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkConcatImages.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.3 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42 #include "bbvtkConcatImages.h"
  43 #include "bbvtkPackage.h"
  44
  45 namespace bbvtk
  46 {
  47    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,ConcatImages)
  48    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ConcatImages,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 //---------------------------------------------------------------------
  51
  52    void ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()
  53    {
  54       //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  55
  56    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  57       mConcat = NULL;
  58       bbSetOutputOut(NULL);
  59    }
  60
  61 //---------------------------------------------------------------------
  62
  63    void ConcatImages::bbUserInitializeProcessing()
  64    {
  65        //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  66       //bbUserFinalizeProcessing();
  67       mConcat = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  68    }
  69
  70 //---------------------------------------------------------------------
  71
  72    void ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()
  73    {
  74             //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  75    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  76       if (mConcat!=NULL)
  77       {
  78         // mConcat->Delete();
  79         // mConcat=NULL;
  80       }
  81       bbSetOutputOut(mConcat);
  82    }
  83
  84 //---------------------------------------------------------------------
  85
  86  /// \TODO :clean this dirty stuff :
  87  ///  - receives a std::vector<vtkImageData*>
  88  ///  - exports a vtkImageData*
  89  ///  - supposes *all* the images are consistent (same type, same number of components, same pixel type)
  90  ///  - if images in the vector are already 3D, exports only the first one. ?!?  // JPR
  91  ///
  92    void ConcatImages::Process()
  93    {
  94         int dim[3];
  95         int nbComponents;
  96         int scalarType;
  97         int nb = (unsigned int)bbGetInputIn().size();
  98         int consistentNb(nb);
  99
 100         if (nb == 0) {
 101            // ??? JPR
 102         }
 103
 104         bbGetInputIn()[0]->GetDimensions(dim);
 105         if (dim[2] > 1  || nb == 1) // dim[2] > 1 : Hopeless for vtk : the first file contains already a 3D object
 106                                     // nb == 1 : only one image, nothing to do.
 107         {
 108            mConcat->Delete();
 109            mConcat = bbGetInputIn()[0];
 110            //mConcat->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 111         }
 112         else
 113         {
 114            // We suppose *all* the images within the directory are consistent (same sizeS, same pixel Type?...)
 115            vtkImageData * firstImage = bbGetInputIn()[0];
 116
 117                   //std::cout << "--------PrintSelf firstImage " << std::endl;
 118                   // firstImage->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 119
 120            nbComponents = firstImage->GetNumberOfScalarComponents();
 121            mConcat->SetNumberOfScalarComponents(nbComponents);
 122
 123            mConcat->SetScalarType(firstImage->GetScalarType( ));
 124            scalarType = firstImage->GetScalarType( );
 125            mConcat->SetScalarType(scalarType);
 126
 127            mConcat->SetSpacing(firstImage->GetSpacing());
 128
 129            firstImage->GetDimensions(dim);
 130            // brute way to perform an ultra-mini consistency check :
 131            // First image is supposed to be the reference image,
 132            // any unconsistent image is just discarted...
 133            for(int i=0; i<nb; i++)
 134            {
 135               if ( !CheckConsistency(firstImage, dim, nbComponents, scalarType))
 136                 consistentNb--;
 137            }
 138
 139            dim[2]=consistentNb;
 140            mConcat->SetDimensions(dim);
 141            mConcat->SetExtent(0, dim[0]-1, 0, dim[1]-1, 0, dim[2]-1);
 142
 143            mConcat->AllocateScalars();
 144            mConcat->Update();
 145
 146            int index_image, index_lignes, index_colonnes, index_components;
 147
 148            for(index_image=0; index_image<nb; index_image++)
 149            {
 150               if (!CheckConsistency(bbGetInputIn()[index_image], dim, nbComponents, scalarType))
 151                  continue;  // discard unconsistent image !
 152               for(index_lignes=0; index_lignes<dim[0];index_lignes++)
 153               {
 154                  for(index_colonnes=0; index_colonnes<dim[1];index_colonnes++)
 155                  {
 156                     for(index_components=0; index_components<nbComponents;index_components++)
 157                     {
 158                       mConcat->SetScalarComponentFromDouble(index_lignes, index_colonnes, index_image, index_components,(bbGetInputIn()[index_image])->GetScalarComponentAsDouble(index_colonnes,index_lignes,0,index_components));
 159                     }
 160                  }
 161               }
 162            }
 163         }
 164    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? On n'y entre jamais // JPR
 165    bbSetOutputOut(mConcat);
 166    }
 167
 168 bool ConcatImages::CheckConsistency( vtkImageData *curImage, int dim[], int nbComponents, int scalarType )
 169 {
 170    assert (curImage);
 171
 172    if (scalarType != curImage->GetScalarType( ) )
 173       return false;
 174
 175    if (nbComponents != curImage->GetNumberOfScalarComponents() )
 176       return false;
 177
 178    int curDim[3];
 179    curImage->GetDimensions(curDim);
 180    if ( (curDim[0] =! dim[0]) || (curDim[1] =! dim[1]) )
 181       return false;
 182
 183    return true;
 184 }
 185
 186
 187 }//namespace bbtk
 188
 189 #endif // _USE_VTK_