packages/vtk/src/bbvtkConcatImages.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbvtkConcatImages.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2010/04/28 22:10:07 $
   6   Version:   $Revision: 1.2 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35
  36 #ifdef _USE_VTK_
  37 #include "bbvtkConcatImages.h"
  38 #include "bbvtkPackage.h"
  39
  40 namespace bbvtk
  41 {
  42    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,ConcatImages)
  43    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ConcatImages,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45 //---------------------------------------------------------------------
  46
  47    void ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()
  48    {
  49       //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  50
  51    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  52       mConcat = NULL;
  53       bbSetOutputOut(NULL);
  54    }
  55
  56 //---------------------------------------------------------------------
  57
  58    void ConcatImages::bbUserInitializeProcessing()
  59    {
  60        //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  61       //bbUserFinalizeProcessing();
  62       mConcat = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  63    }
  64
  65 //---------------------------------------------------------------------
  66
  67    void ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()
  68    {
  69             //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  70    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  71       if (mConcat!=NULL)
  72       {
  73         // mConcat->Delete();
  74         // mConcat=NULL;
  75       }
  76       bbSetOutputOut(mConcat);
  77    }
  78
  79 //---------------------------------------------------------------------
  80
  81  /// \TODO :clean this dirty stuff :
  82  ///  - receives a std::vector<vtkImageData*>
  83  ///  - exports a vtkImageData*
  84  ///  - supposes *all* the images are consistent (same type, same number of components, same pixel type)
  85  ///  - if images in the vector are already 3D, exports only the first one. ?!?  // JPR
  86  ///
  87    void ConcatImages::Process()
  88    {
  89         int dim[3];
  90         int nbComponents;
  91         int scalarType;
  92         int nb = (unsigned int)bbGetInputIn().size();
  93         int consistentNb(nb);
  94
  95         if (nb == 0) {
  96            // ??? JPR
  97         }
  98
  99         bbGetInputIn()[0]->GetDimensions(dim);
 100         if (dim[2] > 1  || nb == 1) // dim[2] > 1 : Hopeless for vtk : the first file contains already a 3D object
 101                                     // nb == 1 : only one image, nothing to do.
 102         {
 103            mConcat->Delete();
 104            mConcat = bbGetInputIn()[0];
 105            //mConcat->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 106         }
 107         else
 108         {
 109            // We suppose *all* the images within the directory are consistent (same sizeS, same pixel Type?...)
 110            vtkImageData * firstImage = bbGetInputIn()[0];
 111
 112                   //std::cout << "--------PrintSelf firstImage " << std::endl;
 113                   // firstImage->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 114
 115            nbComponents = firstImage->GetNumberOfScalarComponents();
 116            mConcat->SetNumberOfScalarComponents(nbComponents);
 117
 118            mConcat->SetScalarType(firstImage->GetScalarType( ));
 119            scalarType = firstImage->GetScalarType( );
 120            mConcat->SetScalarType(scalarType);
 121
 122            mConcat->SetSpacing(firstImage->GetSpacing());
 123
 124            firstImage->GetDimensions(dim);
 125            // brute way to perform an ultra-mini consistency check :
 126            // First image is supposed to be the reference image,
 127            // any unconsistent image is just discarted...
 128            for(int i=0; i<nb; i++)
 129            {
 130               if ( !CheckConsistency(firstImage, dim, nbComponents, scalarType))
 131                 consistentNb--;
 132            }
 133
 134            dim[2]=consistentNb;
 135            mConcat->SetDimensions(dim);
 136            mConcat->SetExtent(0, dim[0]-1, 0, dim[1]-1, 0, dim[2]-1);
 137
 138            mConcat->AllocateScalars();
 139            mConcat->Update();
 140
 141            int index_image, index_lignes, index_colonnes, index_components;
 142
 143            for(index_image=0; index_image<nb; index_image++)
 144            {
 145               if (!CheckConsistency(bbGetInputIn()[index_image], dim, nbComponents, scalarType))
 146                  continue;  // discard unconsistent image !
 147               for(index_lignes=0; index_lignes<dim[0];index_lignes++)
 148               {
 149                  for(index_colonnes=0; index_colonnes<dim[1];index_colonnes++)
 150                  {
 151                     for(index_components=0; index_components<nbComponents;index_components++)
 152                     {
 153                       mConcat->SetScalarComponentFromDouble(index_lignes, index_colonnes, index_image, index_components,(bbGetInputIn()[index_image])->GetScalarComponentAsDouble(index_colonnes,index_lignes,0,index_components));
 154                     }
 155                  }
 156               }
 157            }
 158         }
 159    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? On n'y entre jamais // JPR
 160    bbSetOutputOut(mConcat);
 161    }
 162
 163 bool ConcatImages::CheckConsistency( vtkImageData *curImage, int dim[], int nbComponents, int scalarType )
 164 {
 165    assert (curImage);
 166
 167    if (scalarType != curImage->GetScalarType( ) )
 168       return false;
 169
 170    if (nbComponents != curImage->GetNumberOfScalarComponents() )
 171       return false;
 172
 173    int curDim[3];
 174    curImage->GetDimensions(curDim);
 175    if ( (curDim[0] =! dim[0]) || (curDim[1] =! dim[1]) )
 176       return false;
 177
 178    return true;
 179 }
 180
 181
 182 }//namespace bbtk
 183
 184 #endif // _USE_VTK_