packages/vtk/src/bbvtkConcatImages.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
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   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
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  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkConcatImages.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.3 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42 #include "bbvtkConcatImages.h"
  43 #include "bbvtkPackage.h"
  44
  45 namespace bbvtk
  46 {
  47    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,ConcatImages)
  48    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(ConcatImages,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 //---------------------------------------------------------------------
  51
  52    void ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()
  53    {
  54       //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  55
  56    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  57       mConcat = NULL;
  58       bbSetOutputOut(NULL);
  59    }
  60
  61 //---------------------------------------------------------------------
  62
  63    void ConcatImages::bbUserInitializeProcessing()
  64    {
  65        //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  66       //bbUserFinalizeProcessing();
  67       mConcat = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  68    }
  69
  70 //---------------------------------------------------------------------
  71
  72    void ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()
  73    {
  74             //std::cout << "-------- entree ds ConcatImages::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  75    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  76       if (mConcat!=NULL)
  77       {
  78         // mConcat->Delete();
  79         // mConcat=NULL;
  80       }
  81       bbSetOutputOut(mConcat);
  82    }
  83
  84 //---------------------------------------------------------------------
  85
  86  /// \TODO :clean this dirty stuff :
  87  ///  - receives a std::vector<vtkImageData*>
  88  ///  - exports a vtkImageData*
  89  ///  - supposes *all* the images are consistent (same type, same number of components, same pixel type)
  90  ///  - if images in the vector are already 3D, exports only the first one. ?!?  // JPR
  91  ///
  92 void ConcatImages::Process()
  93 {
  94         int dim[3];
  95         int curDim[3];
  96         int nbComponents;
  97         int scalarType;
  98         int nb = (unsigned int)bbGetInputIn().size();
  99 //      int consistentNb(nb);
 100         int newSizeZ;
 101
 102     if (nb == 0) {
 103            // ??? JPR
 104         }
 105
 106         bbGetInputIn()[0]->GetDimensions(dim);
 107         if ( nb == 1) // dim[2] > 1 : Hopeless for vtk : the first file contains already a 3D object
 108                                     // nb == 1 : only one image, nothing to do.
 109         {
 110            mConcat->Delete();
 111            mConcat = bbGetInputIn()[0];
 112            //mConcat->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 113         } else {
 114                 // We suppose *all* the images within the directory are consistent (same sizeS, same pixel Type?...)
 115                 vtkImageData * firstImage = bbGetInputIn()[0];
 116
 117                 //std::cout << "--------PrintSelf firstImage " << std::endl;
 118                 // firstImage->PrintSelf(std::cout, vtkIndent(2));
 119
 120                 nbComponents = firstImage->GetNumberOfScalarComponents();
 121                 scalarType = firstImage->GetScalarType( );
 122
 123                 mConcat->SetSpacing(firstImage->GetSpacing());
 124
 125                 firstImage->GetDimensions(dim);
 126                 newSizeZ=0;
 127                 // brute way to perform an ultra-mini consistency check :
 128                 // First image is supposed to be the reference image,
 129                 // any unconsistent image is just discarted...
 130                 for(int i=0; i<nb; i++)
 131                 {
 132
 133 //EED 2013 oct 29
 134 //EED         if ( !CheckConsistency(firstImage, dim, nbComponents, scalarType))
 135 //EED           consistentNb--;
 136
 137               if ( CheckConsistency(bbGetInputIn()[i], dim, nbComponents, scalarType))
 138                         {
 139                                 bbGetInputIn()[i]->GetDimensions(curDim);
 140                                 newSizeZ = newSizeZ + curDim[2];
 141                         } // if
 142
 143                 }    // for
 144
 145            dim[2]=newSizeZ;
 146
 147
 148            mConcat->SetDimensions(dim);
 149            mConcat->SetExtent(0, dim[0]-1, 0, dim[1]-1, 0, dim[2]-1);
 150
 151
 152 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 153 #if (VTK_MAJOR_VERSION <= 5)
 154        mConcat->SetNumberOfScalarComponents(nbComponents);
 155            mConcat->SetScalarType(scalarType);
 156            mConcat->AllocateScalars();
 157            mConcat->Update();
 158 #endif
 159 #if (VTK_MAJOR_VERSION >= 6)
 160            mConcat->AllocateScalars(scalarType,nbComponents);
 161 #endif
 162
 163            int index_image;
 164
 165            int blocksize;
 166            int scalarSize=bbGetInputIn()[0]->GetScalarSize();
 167            char *pImage = (char*)mConcat->GetScalarPointer();
 168            char *sourcePointer;
 169
 170 //EED      int index_lignes, index_colonnes, index_components;
 171
 172
 173            for(index_image=0; index_image<nb; index_image++)
 174            {
 175               if (!CheckConsistency(bbGetInputIn()[index_image], dim, nbComponents, scalarType))
 176                 {
 177                          continue;  // discard unconsistent image !
 178                 }
 179               bbGetInputIn()[index_image]->GetDimensions(curDim);
 180               blocksize = curDim[0]*curDim[1]*curDim[2]*nbComponents*scalarSize;
 181           sourcePointer = (char*)bbGetInputIn()[index_image]->GetScalarPointer();
 182               memcpy(pImage, sourcePointer,blocksize);
 183           pImage = pImage+blocksize;
 184
 185 //EED 2013 oct 29
 186 //EED         for(index_lignes=0; index_lignes<dim[0];index_lignes++)
 187 //EED         {
 188 //EED            for(index_colonnes=0; index_colonnes<dim[1];index_colonnes++)
 189 //EED            {
 190 //EED               for(index_components=0; index_components<nbComponents;index_components++)
 191 //EED               {
 192 //EED                 mConcat->SetScalarComponentFromDouble(index_lignes, index_colonnes, index_image, index_components,(bbGetInputIn()[index_image])->GetScalarComponentAsDouble(index_colonnes,index_lignes,0,index_components));
 193 //EED               } // components
 194 //EED            } // colonnes
 195 //EED         } // lignes
 196
 197
 198            } // if CheckConsistency
 199         } /// for index_image
 200
 201    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? On n'y entre jamais // JPR
 202    bbSetOutputOut(mConcat);
 203 }
 204
 205 //---------------------------------------------------
 206 bool ConcatImages::CheckConsistency( vtkImageData *curImage, int dim[], int nbComponents, int scalarType )
 207 {
 208    assert (curImage);
 209
 210    if (scalarType != curImage->GetScalarType( ) )
 211    {
 212       return false;
 213    }
 214
 215    if (nbComponents != curImage->GetNumberOfScalarComponents() )
 216    {
 217       return false;
 218    }
 219
 220    int curDim[3];
 221    curImage->GetDimensions(curDim);
 222    if ( (curDim[0] =! dim[0]) || (curDim[1] =! dim[1]) )
 223    {
 224       return false;
 225    }
 226
 227    return true;
 228 }
 229
 230
 231 }//namespace bbtk
 232
 233 #endif // _USE_VTK_