packages/vtk/src/bbvtkSegmentationConnectivity.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkSegmentationConnectivity.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.8 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42
  43 #include "bbvtkSegmentationConnectivity.h"
  44 #include "bbvtkPackage.h"
  45
  46 #include "bbtkStaticLecture.h"
  47
  48 namespace bbvtk
  49 {
  50   BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,SegmentationConnectivity);
  51   BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(SegmentationConnectivity,
  52                                 bbtk::AtomicBlackBox);
  53
  54 // --------------------------------------------------------------
  55
  56   void SegmentationConnectivity::bbUserSetDefaultValues()
  57   {
  58           thresh2       = NULL;
  59 //        cast2         = NULL;
  60           connect2      = NULL;
  61           cast4         = NULL;
  62           bbSetInputIn(NULL);
  63           std::vector<int> position;
  64           position.push_back(0);
  65           position.push_back(0);
  66           position.push_back(0);
  67           bbSetInputPositionXYZ(position);
  68           std::vector<int> threshold;
  69           threshold.push_back(0);
  70           threshold.push_back(1);
  71           bbSetInputThresholdMinMax(threshold);
  72           bbSetOutputOut(NULL);
  73           bbSetInputOutputFormat("SAME");
  74           bbSetInputValue(255);
  75   }
  76
  77 // --------------------------------------------------------------
  78         void SegmentationConnectivity::bbUserInitializeProcessing()
  79         {
  80                 thresh2 = vtkImageThreshold::New();
  81                 thresh2->SetInValue(255);
  82                 thresh2->SetOutValue(0);
  83                 thresh2->SetOutputScalarTypeToUnsignedChar();
  84                 connect2 = vtkImageSeedConnectivity::New();
  85 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  86 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  87                 connect2->SetInput(thresh2->GetOutput());
  88 #else
  89                 connect2->SetInputData(thresh2->GetOutput());
  90 #endif
  91                 connect2->SetInputConnectValue(255);
  92                 connect2->SetOutputConnectedValue( 255 );
  93                 connect2->SetOutputUnconnectedValue(0);
  94                 cast4 = vtkImageCast::New();
  95 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
  96 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
  97                 cast4->SetInput(connect2->GetOutput());
  98 #else
  99                 cast4->SetInputData(connect2->GetOutput());
 100 #endif
 101         }
 102
 103 // --------------------------------------------------------------
 104   void SegmentationConnectivity::bbUserFinalizeProcessing()
 105   {
 106           if (thresh2!=NULL)
 107           {
 108                   thresh2->Delete();
 109                   thresh2=NULL;
 110           }
 111 //        if (cast2!=NULL)
 112 //        {
 113 //                cast2->Delete();
 114 //                cast2=NULL;
 115 //        }
 116           if (connect2!=NULL)
 117           {
 118                   connect2->Delete();
 119                   connect2=NULL;
 120           }
 121           if (cast4!=NULL)
 122           {
 123                   cast4->Delete();
 124                   cast4=NULL;
 125           }
 126   }
 127
 128 // --------------------------------------------------------------
 129   void SegmentationConnectivity::DoProcess()
 130   {
 131
 132       printf("EED (%s) SegmentationConnectivity::DoProcess Start \n", bbGetFullName().c_str() );
 133         int x,y,z;
 134         int i,numPoints = bbGetInputPositionXYZ().size()/3;
 135         int verif = (bbGetInputPositionXYZ().size()-1) % 3;
 136         if (( numPoints>=1) && (verif==2) && (bbGetInputIn()!=NULL))
 137         {
 138         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 1 format=%s %p\n", bbGetInputOutputFormat().c_str() , bbGetInputIn()  );
 139         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 1.1 \n" );
 140
 141 //EED 2020-01-18
 142                 int outputformat = bbtkStaticLecture::GetTypeFormat( bbGetInputOutputFormat() , bbGetInputIn() );
 143 //        int outputformat=4;
 144         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 2 \n" );
 145                 vtkImageData *imagedata = bbGetInputIn();
 146 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 147 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 148                 imagedata->UpdateInformation();
 149                 imagedata->SetUpdateExtent(imagedata->GetWholeExtent());
 150                 imagedata->Update();
 151                 thresh2->SetInput(imagedata);
 152 #else
 153 //              imagedata->SetExtent(imagedata->GetExtent());
 154                 thresh2->SetInputData(imagedata);
 155 #endif
 156         printf("EED SegmentationConnectivity::DoProcess 3  Threshold= %f %f\n", bbGetInputThresholdMinMax()[0], bbGetInputThresholdMinMax()[1] );
 157                 thresh2->ThresholdBetween(bbGetInputThresholdMinMax()[0], bbGetInputThresholdMinMax()[1]);
 158                 thresh2->Update();
 159                 connect2->RemoveAllSeeds ();
 160                 int ext[6];
 161 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 162 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 163                 imagedata->GetWholeExtent(ext);
 164 #else
 165                 imagedata->GetExtent(ext);
 166 #endif
 167                 int maxX = ext[1]-ext[0]+1;
 168                 int maxY = ext[3]-ext[2]+1;
 169                 int maxZ = ext[5]-ext[4]+1;
 170         printf("EED SegmentationConnectivity::DoProcess 4 numPoints=%d\n",numPoints );
 171                 for (i=0;i<numPoints;i++)
 172                 {
 173                         x = bbGetInputPositionXYZ()[i*3+0];
 174                         y = bbGetInputPositionXYZ()[i*3+1];
 175                         z = bbGetInputPositionXYZ()[i*3+2];
 176                         if ( (x>=0) || (x<maxX) || (y>=0) || (y<maxY) || (z>=0) || (z<maxZ) )
 177                         {
 178                 printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 4.1 xyz=%d %d %d\n",x,y,z );
 179                                 connect2->AddSeed( x,y,z );
 180                         } else {
 181                                 printf("EED WARNNIG! In box: SegmentationConnectivity points list out of range \n");
 182                         } // if point inside image
 183                 } // for i
 184         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 4.2 \n" );
 185                 connect2->SetOutputConnectedValue( bbGetInputValue() );
 186         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 4.3 \n" );
 187                 cast4->SetOutputScalarType( outputformat );
 188         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 4.5 \n" );
 189                 connect2->Modified();
 190         printf("EED  SegmentationConnectivity::DoProcess 5 \n" );
 191                 connect2->Update();
 192                 cast4->Update();
 193         printf("EED SegmentationConnectivity::DoProcess 6 \n" );
 194                 bbSetOutputOut(cast4->GetOutput() );
 195         }  else {
 196                 printf("EED WARNNIG! In box: SegmentationConnectivity List of points are not coherent. \n");
 197                 bbSetOutputOut( NULL );
 198         }// if numPoints verif
 199
 200       printf("EED SegmentationConnectivity::DoProcess End \n" );
 201
 202 }
 203
 204 }// EO namespace bbvtk
 205
 206 #endif //_USE_VTK_
 207
 208
 209
 210
 211