packages/vtk/src/bbvtkSegmentationConnectivity.h

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  11  #  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
  12  #  modify and/ or redistribute the software under the terms of the CeCILL-B
  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  15  #  or in the file LICENSE.txt.
  16  #
  17  #  As a counterpart to the access to the source code and  rights to copy,
  18  #  modify and redistribute granted by the license, users are provided only
  19  #  with a limited warranty  and the software's author,  the holder of the
  20  #  economic rights,  and the successive licensors  have only  limited
  21  #  liability.
  22  #
  23  #  The fact that you are presently reading this means that you have had
  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkSegmentationConnectivity.h,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.7 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  * \brief Short description in one line
  38  *
  39  * Long description which
  40  * can span multiple lines
  41  */
  42 /**
  43  * \file
  44  * \brief Pattern for the definition of a new type of Node (header)
  45  */
  46 /**
  47  * \class bbtk::NodePatern
  48  * \brief Pattern for the definition of a new type of Node
  49  */
  50
  51
  52 #ifdef _USE_VTK_
  53
  54 #ifndef __bbvtkSegmentationConnectivity_h_INCLUDED__
  55 #define __bbvtkSegmentationConnectivity_h_INCLUDED__
  56
  57 #include "bbtkAtomicBlackBox.h"
  58 #include <vtkImageData.h>
  59 #include <vtkImageCast.h>
  60 #include <vtkImageThreshold.h>
  61 #include <vtkImageSeedConnectivity.h>
  62
  63 namespace bbvtk
  64 {
  65
  66   class SegmentationConnectivity
  67     :
  68     public bbtk::AtomicBlackBox
  69   {
  70     BBTK_BLACK_BOX_INTERFACE(SegmentationConnectivity,bbtk::AtomicBlackBox);
  71     BBTK_DECLARE_INPUT(In,vtkImageData *);
  72     BBTK_DECLARE_INPUT(PositionXYZ,std::vector<int>);
  73     BBTK_DECLARE_INPUT(ThresholdMinMax,std::vector<int>);
  74     BBTK_DECLARE_INPUT(Value,unsigned char);
  75     BBTK_DECLARE_INPUT( OutputFormat , std::string );
  76     BBTK_DECLARE_OUTPUT(Out,vtkImageData *);
  77     BBTK_PROCESS(DoProcess);
  78     void DoProcess();
  79
  80   protected:
  81
  82   private:
  83 //      vtkImageCast             *cast2;
  84         vtkImageCast             *cast4; // binary segmentation result
  85         vtkImageThreshold        *thresh2;
  86         vtkImageSeedConnectivity *connect2;
  87
  88   };
  89
  90   BBTK_BEGIN_DESCRIBE_BLACK_BOX(SegmentationConnectivity,bbtk::AtomicBlackBox);
  91     BBTK_NAME("SegmentationConnectivity");
  92     BBTK_AUTHOR("eduardo.davila [at] creatis.insa-lyon.fr");
  93     BBTK_DESCRIPTION("(Adapted to use vtkImageSeedConnectivity) - Segmentation with min max threshold and connectivity");
  94
  95     BBTK_INPUT(SegmentationConnectivity,In,"Input image",vtkImageData *,"");
  96     BBTK_INPUT(SegmentationConnectivity,PositionXYZ,"Lsit of POINTS.  Vector with the Position [x y z]" , std::vector<int>,"");
  97     BBTK_INPUT(SegmentationConnectivity,ThresholdMinMax,"vector with the Threshold [min max]" , std::vector<int>,"");
  98     BBTK_INPUT(SegmentationConnectivity,Value,"(255 default) [0..255] Gey level of output image" , unsigned char,"");
  99     BBTK_INPUT(SegmentationConnectivity,OutputFormat,"Image output format:  SAME (default), VTK_BIT, VTK_CHAR, VTK_SIGNED_CHAR, VTK_UNSIGNED_CHAR, VTK_SHORT, VTK_UNSIGNED_SHORT, VTK_INT, VTK_UNSIGNED_INT, VTK_LONG, VTK_UNSIGNED_LONG, VTK_FLOAT, VTK_DOUBLE",std::string,"");
 100
 101     BBTK_OUTPUT(SegmentationConnectivity,Out,"Result image",vtkImageData *,"");
 102
 103  BBTK_END_DESCRIBE_BLACK_BOX(SegmentationConnectivity);
 104
 105 } // EO namespace bbvtk
 106
 107 #endif //  __bbvtkSegmentationConnectivity_h_INCLUDED__
 108
 109 #endif //_USE_VTK_