packages/vtk/src/bbvtkUnMosaic.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
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   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
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  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkUnMosaic.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.4 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42 #include "bbvtkUnMosaic.h"
  43 #include "bbvtkPackage.h"
  44
  45 namespace bbvtk
  46 {
  47    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,UnMosaic)
  48    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(UnMosaic,bbtk::AtomicBlackBox);
  49
  50 //---------------------------------------------------------------------
  51
  52    void UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()
  53    {
  54       //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  55
  56    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  57       mImageOut = NULL;
  58       bbSetOutputOut(NULL);
  59    }
  60
  61 //---------------------------------------------------------------------
  62
  63    void UnMosaic::bbUserInitializeProcessing()
  64    {
  65        //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  66       //bbUserFinalizeProcessing();
  67       mImageOut = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  68    }
  69
  70 //---------------------------------------------------------------------
  71
  72    void UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()
  73    {
  74             //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  75    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  76       if (mImageOut!=NULL)
  77       {
  78         // mImageOut->Delete();
  79         // mImageOut=NULL;
  80       }
  81       bbSetOutputOut(mImageOut);
  82    }
  83
  84 //---------------------------------------------------------------------
  85
  86  ///  :
  87  ///  - receives a vtkImageData*imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic
  88  ///  - exports a vtkImageData* as a3D image
  89  ///  - supposes the input image is a 2D Siemens Mosaic
  90  ///
  91    void UnMosaic::Process()
  92    {
  93         int nbImagesPerRow =   (unsigned int)bbGetInputNbImagesPerRow();
  94         int nbImagesInMosaic = (unsigned int)bbGetInputNbImagesInMosaic();
  95
  96         if (nbImagesPerRow == 0 || nbImagesInMosaic == 0) {
  97            std::cout << "Go away!" << std::endl; // ??? JPR
  98            // exit(0);
  99         }
 100
 101         vtkImageData* imageIn = bbGetInputIn();
 102
 103         vtkImageData * mImageOut = unMosaic(imageIn, nbImagesPerRow, nbImagesInMosaic);
 104
 105    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? // JPR
 106         bbSetOutputOut(mImageOut);
 107    }
 108
 109
 110 vtkImageData * UnMosaic::unMosaic(vtkImageData *imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic)
 111 {
 112    int inputdims[3];
 113    int outputdims[3];
 114    imageIn->GetDimensions (inputdims);
 115    unsigned short *input = (unsigned short *)(imageIn->GetScalarPointer());
 116    imageIn->Update();
 117
 118    unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
 119    outputdims[0] = inputdims[0] / div;
 120    outputdims[1] = inputdims[1] / div;
 121    outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
 122
 123     vtkImageData *vtkImageOut;
 124     vtkImageOut = vtkImageData::New();
 125     vtkImageOut->SetDimensions( outputdims );
 126     vtkImageOut->SetExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 127     vtkImageOut->SetWholeExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 128     vtkImageOut->SetNumberOfScalarComponents(1);
 129 //vtkImageOut->SetSpacing( blabla );
 130     vtkImageOut->SetScalarType( VTK_UNSIGNED_SHORT );
 131     vtkImageOut->AllocateScalars();
 132     vtkImageOut->Update();
 133
 134     unsigned short *output =(unsigned short *)(vtkImageOut->GetScalarPointer());
 135
 136     unsigned short *dest = output;
 137     int dimXImageElem = outputdims[0];
 138     int dimYImageElem = outputdims[1];
 139     int lgrImage = dimXImageElem*dimYImageElem;
 140     int debImage;
 141     for (int i=0; i<numberOfImagesInMosaic; i++)
 142     {
 143        debImage=(i/nbImagesPerRow) * lgrImage*nbImagesPerRow + (i%nbImagesPerRow)*dimXImageElem;
 144        for(int j=0; j<dimYImageElem; j++)
 145        {
 146           memcpy(dest, input+debImage, dimXImageElem*sizeof(unsigned short));
 147           debImage += dimXImageElem*nbImagesPerRow;
 148           dest += dimXImageElem;
 149        }
 150     }
 151     return  vtkImageOut;
 152 }
 153
 154 }//namespace bbtk
 155
 156 #endif // _USE_VTK_