packages/vtk/src/bbvtkUnMosaic.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   bbtk
   3   Module:    $RCSfile: bbvtkUnMosaic.cxx,v $
   4   Language:  C++
   5   Date:      $Date: 2011/05/31 09:39:11 $
   6   Version:   $Revision: 1.3 $
   7 =========================================================================*/
   8
   9 /* ---------------------------------------------------------------------
  10
  11 * Copyright (c) CREATIS-LRMN (Centre de Recherche en Imagerie Medicale)
  12 * Authors : Eduardo Davila, Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
  13 *
  14 *  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
  15 *  abiding by the rules of distribution of free software. You can  use,
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  28 *  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  29 * ------------------------------------------------------------------------ */
  30
  31 /**
  32  *  \file
  33  *  \brief
  34  */
  35
  36 #ifdef _USE_VTK_
  37 #include "bbvtkUnMosaic.h"
  38 #include "bbvtkPackage.h"
  39
  40 namespace bbvtk
  41 {
  42    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,UnMosaic)
  43    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(UnMosaic,bbtk::AtomicBlackBox);
  44
  45 //---------------------------------------------------------------------
  46
  47    void UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()
  48    {
  49       //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  50
  51    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  52       mImageOut = NULL;
  53       bbSetOutputOut(NULL);
  54    }
  55
  56 //---------------------------------------------------------------------
  57
  58    void UnMosaic::bbUserInitializeProcessing()
  59    {
  60        //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  61       //bbUserFinalizeProcessing();
  62       mImageOut = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  63    }
  64
  65 //---------------------------------------------------------------------
  66
  67    void UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()
  68    {
  69             //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  70    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  71       if (mImageOut!=NULL)
  72       {
  73         // mImageOut->Delete();
  74         // mImageOut=NULL;
  75       }
  76       bbSetOutputOut(mImageOut);
  77    }
  78
  79 //---------------------------------------------------------------------
  80
  81  ///  :
  82  ///  - receives a vtkImageData*imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic
  83  ///  - exports a vtkImageData* as a3D image
  84  ///  - supposes the input image is a 2D Siemens Mosaic
  85  ///
  86    void UnMosaic::Process()
  87    {
  88         int nbImagesPerRow =   (unsigned int)bbGetInputNbImagesPerRow();
  89         int nbImagesInMosaic = (unsigned int)bbGetInputNbImagesInMosaic();
  90
  91         if (nbImagesPerRow == 0 || nbImagesInMosaic == 0) {
  92            std::cout << "Go away!" << std::endl; // ??? JPR
  93            // exit(0);
  94         }
  95
  96         vtkImageData* imageIn = bbGetInputIn();
  97
  98         vtkImageData * mImageOut = unMosaic(imageIn, nbImagesPerRow, nbImagesInMosaic);
  99
 100    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? // JPR
 101         bbSetOutputOut(mImageOut);
 102    }
 103
 104
 105 vtkImageData * UnMosaic::unMosaic(vtkImageData *imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic)
 106 {
 107    int inputdims[3];
 108    int outputdims[3];
 109    imageIn->GetDimensions (inputdims);
 110    unsigned short *input = (unsigned short *)(imageIn->GetScalarPointer());
 111    imageIn->Update();
 112
 113    unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
 114    outputdims[0] = inputdims[0] / div;
 115    outputdims[1] = inputdims[1] / div;
 116    outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
 117
 118     vtkImageData *vtkImageOut;
 119     vtkImageOut = vtkImageData::New();
 120     vtkImageOut->SetDimensions( outputdims );
 121     vtkImageOut->SetExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 122     vtkImageOut->SetWholeExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 123     vtkImageOut->SetNumberOfScalarComponents(1);
 124 //vtkImageOut->SetSpacing( blabla );
 125     vtkImageOut->SetScalarType( VTK_UNSIGNED_SHORT );
 126     vtkImageOut->AllocateScalars();
 127     vtkImageOut->Update();
 128
 129     unsigned short *output =(unsigned short *)(vtkImageOut->GetScalarPointer());
 130
 131     unsigned short *dest = output;
 132     int dimXImageElem = outputdims[0];
 133     int dimYImageElem = outputdims[1];
 134     int lgrImage = dimXImageElem*dimYImageElem;
 135     int debImage;
 136     for (int i=0; i<numberOfImagesInMosaic; i++)
 137     {
 138        debImage=(i/nbImagesPerRow) * lgrImage*nbImagesPerRow + (i%nbImagesPerRow)*dimXImageElem;
 139        for(int j=0; j<dimYImageElem; j++)
 140        {
 141           memcpy(dest, input+debImage, dimXImageElem*sizeof(unsigned short));
 142           debImage += dimXImageElem*nbImagesPerRow;
 143           dest += dimXImageElem;
 144        }
 145     }
 146     return  vtkImageOut;
 147 }
 148
 149 }//namespace bbtk
 150
 151 #endif // _USE_VTK_