packages/vtk/src/bbvtkUnMosaic.cxx

   1 /*
   2  # ---------------------------------------------------------------------
   3  #
   4  # Copyright (c) CREATIS (Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image
   5  #                        pour la SantÈ)
   6  # Authors : Eduardo Davila, Frederic Cervenansky, Claire Mouton
   7  # Previous Authors : Laurent Guigues, Jean-Pierre Roux
   8  # CreaTools website : www.creatis.insa-lyon.fr/site/fr/creatools_accueil
   9  #
  10  #  This software is governed by the CeCILL-B license under French law and
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  13  #  license as circulated by CEA, CNRS and INRIA at the following URL
  14  #  http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
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  16  #
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  22  #
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  24  #  knowledge of the CeCILL-B license and that you accept its terms.
  25  # ------------------------------------------------------------------------ */
  26
  27
  28 /*=========================================================================
  29   Program:   bbtk
  30   Module:    $RCSfile: bbvtkUnMosaic.cxx,v $
  31   Language:  C++
  32   Date:      $Date: 2012/11/16 08:51:58 $
  33   Version:   $Revision: 1.4 $
  34 =========================================================================*/
  35
  36 /**
  37  *  \file
  38  *  \brief
  39  */
  40
  41 #ifdef _USE_VTK_
  42 #include "bbvtkUnMosaic.h"
  43 #include "bbvtkPackage.h"
  44 #include <math.h>
  45
  46 namespace bbvtk
  47 {
  48    BBTK_ADD_BLACK_BOX_TO_PACKAGE(vtk,UnMosaic)
  49    BBTK_BLACK_BOX_IMPLEMENTATION(UnMosaic,bbtk::AtomicBlackBox);
  50
  51 //---------------------------------------------------------------------
  52
  53    void UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()
  54    {
  55       //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserSetDefaultValues()\n" << std::endl;
  56
  57    // bbSetInputIn(NULL);  /// \TODO fix it! IN is a std::vector<vtkImageData> // JPR
  58       mImageOut = NULL;
  59       bbSetOutputOut(NULL);
  60    }
  61
  62 //---------------------------------------------------------------------
  63
  64    void UnMosaic::bbUserInitializeProcessing()
  65    {
  66        //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserInitalizeProcessing()\n" << std::endl;
  67       //bbUserFinalizeProcessing();
  68       mImageOut = vtkImageData::New();  // Alloc depends on  bbGetInputIn().size()
  69    }
  70
  71 //---------------------------------------------------------------------
  72
  73    void UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()
  74    {
  75             //std::cout << "-------- entree ds UnMosaic::bbUserFinalizeProcessing()\n" << std::endl;
  76    // WTF? we never enter here // JPR  bbUserFinalizeProcessing()  JPR
  77       if (mImageOut!=NULL)
  78       {
  79         // mImageOut->Delete();
  80         // mImageOut=NULL;
  81       }
  82       bbSetOutputOut(mImageOut);
  83    }
  84
  85 //---------------------------------------------------------------------
  86
  87  ///  :
  88  ///  - receives a vtkImageData*imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic
  89  ///  - exports a vtkImageData* as a3D image
  90  ///  - supposes the input image is a 2D Siemens Mosaic
  91  ///
  92    void UnMosaic::Process()
  93    {
  94         int nbImagesPerRow =   (unsigned int)bbGetInputNbImagesPerRow();
  95         int nbImagesInMosaic = (unsigned int)bbGetInputNbImagesInMosaic();
  96
  97         if (nbImagesPerRow == 0 || nbImagesInMosaic == 0) {
  98            std::cout << "Go away!" << std::endl; // ??? JPR
  99            // exit(0);
 100         }
 101
 102         vtkImageData* imageIn = bbGetInputIn();
 103
 104         vtkImageData * mImageOut = unMosaic(imageIn, nbImagesPerRow, nbImagesInMosaic);
 105
 106    // Devrait etre dans bbUserFinalizeProcessing() ? // JPR
 107         bbSetOutputOut(mImageOut);
 108    }
 109
 110
 111 vtkImageData * UnMosaic::unMosaic(vtkImageData *imageIn, int nbImagesPerRow, int numberOfImagesInMosaic)
 112 {
 113    int inputdims[3];
 114    int outputdims[3];
 115    imageIn->GetDimensions (inputdims);
 116    unsigned short *input = (unsigned short *)(imageIn->GetScalarPointer());
 117
 118 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 119 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 120    imageIn->Update();
 121 #else
 122         // ..
 123 #endif
 124
 125    unsigned int div = (unsigned int)ceil(sqrt( (double)numberOfImagesInMosaic ) );
 126    outputdims[0] = inputdims[0] / div;
 127    outputdims[1] = inputdims[1] / div;
 128    outputdims[2] = numberOfImagesInMosaic;
 129
 130     vtkImageData *vtkImageOut;
 131     vtkImageOut = vtkImageData::New();
 132     vtkImageOut->SetDimensions( outputdims );
 133     vtkImageOut->SetExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 134
 135 //EED 2017-01-01 Migration VTK7
 136 #if VTK_MAJOR_VERSION <= 5
 137    vtkImageOut->SetWholeExtent(0,outputdims[0]-1,0,outputdims[1]-1,0,outputdims[2]-1);
 138     vtkImageOut->SetNumberOfScalarComponents(1);
 139 //vtkImageOut->SetSpacing( blabla );
 140     vtkImageOut->SetScalarType( VTK_UNSIGNED_SHORT );
 141     vtkImageOut->AllocateScalars();
 142     vtkImageOut->Update();
 143 #else
 144     vtkImageOut->AllocateScalars(VTK_UNSIGNED_SHORT,1);
 145 #endif
 146
 147
 148
 149
 150     unsigned short *output =(unsigned short *)(vtkImageOut->GetScalarPointer());
 151
 152     unsigned short *dest = output;
 153     int dimXImageElem = outputdims[0];
 154     int dimYImageElem = outputdims[1];
 155     int lgrImage = dimXImageElem*dimYImageElem;
 156     int debImage;
 157     for (int i=0; i<numberOfImagesInMosaic; i++)
 158     {
 159        debImage=(i/nbImagesPerRow) * lgrImage*nbImagesPerRow + (i%nbImagesPerRow)*dimXImageElem;
 160        for(int j=0; j<dimYImageElem; j++)
 161        {
 162           memcpy(dest, input+debImage, dimXImageElem*sizeof(unsigned short));
 163           debImage += dimXImageElem*nbImagesPerRow;
 164           dest += dimXImageElem;
 165        }
 166     }
 167     return  vtkImageOut;
 168 }
 169
 170 }//namespace bbtk
 171
 172 #endif // _USE_VTK_