plugins/Plugins/ExtractPathFromMinimumSpanningTree.cxx

   1 #include <plugins/Plugins/ExtractPathFromMinimumSpanningTree.h>
   2 #include <cpPlugins/DataObjects/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/DataObjects/Mesh.h>
   4 #include <fpa_DataObjects.h>
   5
   6 /* TODO
   7    #include <vtkFloatArray.h>
   8    #include <vtkPointData.h>
   9 */
  10
  11 // -------------------------------------------------------------------------
  12 fpaPlugins::ExtractPathFromMinimumSpanningTree::
  13 ExtractPathFromMinimumSpanningTree( )
  14   : Superclass( )
  15 {
  16   typedef cpPlugins::BaseObjects::DataObject _TData;
  17   typedef cpPlugins::DataObjects::Image _TMST;
  18   typedef cpPlugins::DataObjects::Mesh  _TMesh;
  19
  20   this->_ConfigureInput< _TMST >( "MST", true, false );
  21   this->_ConfigureInput< _TData >( "Seeds", true, false );
  22   this->_ConfigureOutput< _TMesh >( "Paths" );
  23
  24   this->m_Parameters.ConfigureAsUintList( "Indices" );
  25 }
  26
  27 // -------------------------------------------------------------------------
  28 fpaPlugins::ExtractPathFromMinimumSpanningTree::
  29 ~ExtractPathFromMinimumSpanningTree( )
  30 {
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 void fpaPlugins::ExtractPathFromMinimumSpanningTree::
  35 _GenerateData( )
  36 {
  37   typedef fpa::Image::MinimumSpanningTree< 2 > _TMST2;
  38   typedef fpa::Image::MinimumSpanningTree< 3 > _TMST3;
  39
  40   auto mst2 = this->GetInputData< _TMST2 >( "MST" );
  41   auto mst3 = this->GetInputData< _TMST3 >( "MST" );
  42   if     ( mst2 != NULL ) this->_GD0( mst2 );
  43   else if( mst3 != NULL ) this->_GD0( mst3 );
  44   else this->_Error( "Invalid input spanning tree." );
  45 }
  46
  47 // -------------------------------------------------------------------------
  48 template< class _TMST >
  49 void fpaPlugins::ExtractPathFromMinimumSpanningTree::
  50 _GD0( _TMST* mst )
  51 {
  52   typedef typename _TMST::IndexType _TIndex;
  53
  54   // Get seeds
  55   std::vector< _TIndex > seeds;
  56   auto points = this->GetInputData< vtkPolyData >( "Seeds" );
  57   if( points != NULL )
  58   {
  59     typename _TMST::PointType pnt;
  60     typename _TMST::IndexType idx;
  61     unsigned int dim =
  62       ( _TMST::ImageDimension < 3 )? _TMST::ImageDimension: 3;
  63     for( unsigned int i = 0; i < points->GetNumberOfPoints( ); ++i )
  64     {
  65       double buf[ 3 ];
  66       points->GetPoint( i, buf );
  67       pnt.Fill( 0 );
  68       for( unsigned int d = 0; d < dim; ++d )
  69         pnt[ d ] = buf[ d ];
  70       if( mst->TransformPhysicalPointToIndex( pnt, idx ) )
  71         seeds.push_back( idx );
  72
  73     } // rof
  74
  75   } // fi
  76
  77   // Prepare result
  78   auto mesh = this->_CreateVTK< vtkPolyData >( );
  79   mesh->SetPoints( vtkSmartPointer< vtkPoints >::New( ) );
  80   mesh->SetVerts( vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( ) );
  81   mesh->SetLines( vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( ) );
  82   mesh->SetPolys( vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( ) );
  83   mesh->SetStrips( vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( ) );
  84   /* TODO
  85      vtkSmartPointer< vtkFloatArray > data =
  86      vtkSmartPointer< vtkFloatArray >::New( );
  87      data->SetNumberOfComponents( 1 );
  88      mesh->GetPointData( )->SetScalars( data );
  89   */
  90
  91   // Compute
  92   auto indices = this->m_Parameters.GetUintList( "Indices" );
  93   for( unsigned int i = 0; i < indices.size( ); i += 2 )
  94   {
  95     if( i < indices.size( ) - 1 )
  96     {
  97       _TIndex a = seeds[ indices[ i ] ];
  98       _TIndex b = seeds[ indices[ i + 1 ] ];
  99
 100       auto path = mst->GetEuclideanPath( a, b );
 101       for( unsigned long j = 0; j < path.size( ); ++j )
 102       {
 103         auto p = path[ j ];
 104         if( _TMST::ImageDimension == 2 )
 105           mesh->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], 0 );
 106         else if( _TMST::ImageDimension == 3 )
 107           mesh->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], p[ 2 ] );
 108         if( j > 0 )
 109         {
 110           mesh->GetLines( )->InsertNextCell( 2 );
 111           mesh->GetLines( )->InsertCellPoint( j - 1 );
 112           mesh->GetLines( )->InsertCellPoint( j );
 113
 114         } // fi
 115
 116       } // rof
 117
 118     } // fi
 119
 120   } // rof
 121   this->GetOutput( "Paths" )->SetVTK( mesh );
 122 }
 123
 124 // eof - $RCSfile$