plugins/Plugins/SkeletonFilter.cxx

   1 #include <Plugins/SkeletonFilter.h>
   2 #include <cpPlugins/DataObjects/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/DataObjects/Image_Demanglers.h>
   4 #include <cpPlugins/DataObjects/Skeleton.h>
   5
   6 #include <fpa/Image/SkeletonFilter.h>
   7 #include <itkImage.h>
   8
   9 /* TODO
  10    #include <fpa/Image/SkeletonFilter.hxx>
  11    #include <itkSimpleDataObjectDecorator.hxx>
  12 */
  13
  14 // -------------------------------------------------------------------------
  15 fpaPlugins::SkeletonFilter::
  16 SkeletonFilter( )
  17   : Superclass( )
  18 {
  19   typedef cpPlugins::DataObjects::Image    _TImage;
  20   typedef cpPlugins::DataObjects::Skeleton _TSkeleton;
  21
  22   this->_ConfigureInput< _TImage >( "DistanceMap", true, false );
  23   this->_ConfigureInput< _TImage >( "CostMap", true, false );
  24   this->_ConfigureInput< _TImage >( "MST", true, false );
  25   this->_ConfigureOutput< _TSkeleton >( "Skeleton" );
  26   this->_ConfigureOutput< _TImage >( "Marks" );
  27   /* TODO
  28      this->_ConfigureOutput< _TMesh >( "EndPoints" );
  29      this->_ConfigureOutput< _TMesh >( "Bifurcations" );
  30   */
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 fpaPlugins::SkeletonFilter::
  35 ~SkeletonFilter( )
  36 {
  37 }
  38
  39 // -------------------------------------------------------------------------
  40 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  41 _GenerateData( )
  42 {
  43   auto o = this->GetInputData( "DistanceMap" );
  44   cpPlugins_Demangle_Image_RealPixels_AllDims_1( o, _GD0 )
  45     this->_Error( "Invalid input image." );
  46 }
  47
  48 // -------------------------------------------------------------------------
  49 template< class _TDistanceMap >
  50 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  51 _GD0( _TDistanceMap* dmap )
  52 {
  53   auto o = this->GetInputData( "CostMap" );
  54   cpPlugins_Demangle_Image_RealPixels_2( o, _GD1, _TDistanceMap::ImageDimension, dmap )
  55     this->_Error( "Invalid input image." );
  56 }
  57
  58 // -------------------------------------------------------------------------
  59 template< class _TCostMap, class _TDistanceMap >
  60 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  61 _GD1( _TCostMap* cmap, _TDistanceMap* dmap )
  62 {
  63   typedef fpa::Image::SkeletonFilter< _TDistanceMap, _TCostMap > _TFilter;
  64   typedef typename _TFilter::TMST _TMST;
  65
  66   auto mst = this->GetInputData< _TMST >( "MST" );
  67   if( mst == NULL )
  68     this->_Error( "Invalid MST." );
  69
  70   auto filter = this->_CreateITK< _TFilter >( );
  71   filter->SetDistanceMap( dmap );
  72   filter->SetCostMap( cmap );
  73   filter->SetMinimumSpanningTree( mst );
  74   filter->Update( );
  75   this->GetOutput( "Skeleton" )->SetITK( filter->GetSkeleton( ) );
  76   this->GetOutput( "Marks" )->SetITK( filter->GetMarks( ) );
  77
  78   /* TODO
  79      auto ep = filter->GetEndPoints( );
  80      auto bi = filter->GetBifurcations( );
  81
  82      auto ep_pd = this->GetOutputData< vtkPolyData >( "EndPoints" );
  83      if( ep_pd == NULL )
  84      {
  85      auto points = vtkSmartPointer< vtkPoints >::New( );
  86      auto verts = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  87      auto lines = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  88      auto polys = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  89      auto strips = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  90      auto pd = vtkSmartPointer< vtkPolyData >::New( );
  91      pd->SetPoints( points );
  92      pd->SetVerts( verts );
  93      pd->SetLines( lines );
  94      pd->SetPolys( polys );
  95      pd->SetStrips( strips );
  96
  97      this->GetOutput( "EndPoints" )->SetVTK( pd );
  98      ep_pd = this->GetOutputData< vtkPolyData >( "EndPoints" );
  99
 100      } // fi
 101
 102      for( auto iIt = ep.begin( ); iIt != ep.end( ); ++iIt )
 103      {
 104      typename _TCostMap::PointType p;
 105      cmap->TransformIndexToPhysicalPoint( *iIt, p );
 106
 107      if( _TCostMap::ImageDimension == 1 )
 108      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], 0, 0 );
 109      else if( _TCostMap::ImageDimension == 2 )
 110      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], 0 );
 111      else if( _TCostMap::ImageDimension > 2 )
 112      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], p[ 2 ] );
 113
 114      ep_pd->GetVerts( )->InsertNextCell( 1 );
 115      ep_pd->GetVerts( )->InsertCellPoint( ep_pd->GetNumberOfPoints( ) - 1 );
 116
 117      } // rof
 118   */
 119 }
 120
 121 // eof - $RCSfile$