plugins/Plugins/SkeletonFilter.cxx

   1 #include <plugins/Plugins/SkeletonFilter.h>
   2 #include <cpPlugins/DataObjects/Image.h>
   3 #include <cpPlugins/DataObjects/Skeleton.h>
   4 #include <fpa/Image/SkeletonFilter.h>
   5 #include <fpa/Image/SkeletonFilter.hxx>
   6 #include <itkSimpleDataObjectDecorator.hxx>
   7
   8 // -------------------------------------------------------------------------
   9 fpaPlugins::SkeletonFilter::
  10 SkeletonFilter( )
  11   : Superclass( )
  12 {
  13   typedef cpPlugins::DataObjects::Image    _TImage;
  14   typedef cpPlugins::DataObjects::Skeleton _TSkeleton;
  15
  16   this->_ConfigureInput< _TImage >( "DistanceMap", true, false );
  17   this->_ConfigureInput< _TImage >( "CostMap", true, false );
  18   this->_ConfigureInput< _TImage >( "MST", true, false );
  19   this->_ConfigureOutput< _TSkeleton >( "Skeleton" );
  20   this->_ConfigureOutput< _TImage >( "Marks" );
  21   /* TODO
  22      this->_ConfigureOutput< _TMesh >( "EndPoints" );
  23      this->_ConfigureOutput< _TMesh >( "Bifurcations" );
  24   */
  25 }
  26
  27 // -------------------------------------------------------------------------
  28 fpaPlugins::SkeletonFilter::
  29 ~SkeletonFilter( )
  30 {
  31 }
  32
  33 // -------------------------------------------------------------------------
  34 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  35 _GenerateData( )
  36 {
  37   auto o = this->GetInputData( "DistanceMap" );
  38   cpPlugins_Demangle_ImageScalars_Dims( o, _GD0 );
  39   else this->_Error( "Invalid input image." );
  40 }
  41
  42 // -------------------------------------------------------------------------
  43 template< class _TDistanceMap >
  44 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  45 _GD0( _TDistanceMap* dmap )
  46 {
  47   auto cmap = this->GetInputData< _TDistanceMap >( "CostMap" );
  48   if( cmap != NULL )
  49     this->_GD1( dmap, cmap );
  50   else
  51     this->_Error( "Temporary error: invalid cost map." );
  52 }
  53
  54 // -------------------------------------------------------------------------
  55 template< class _TDistanceMap, class _TCostMap >
  56 void fpaPlugins::SkeletonFilter::
  57 _GD1( _TDistanceMap* dmap, _TCostMap* cmap )
  58 {
  59   typedef fpa::Image::SkeletonFilter< _TDistanceMap, _TCostMap > _TFilter;
  60   typedef typename _TFilter::TMST _TMST;
  61
  62   auto mst = this->GetInputData< _TMST >( "MST" );
  63   if( mst == NULL )
  64     this->_Error( "Invalid MST." );
  65
  66   auto filter = this->_CreateITK< _TFilter >( );
  67   filter->SetDistanceMap( dmap );
  68   filter->SetCostMap( cmap );
  69   filter->SetMinimumSpanningTree( mst );
  70   filter->Update( );
  71   this->GetOutput( "Skeleton" )->SetITK( filter->GetSkeleton( ) );
  72   this->GetOutput( "Marks" )->SetITK( filter->GetMarks( ) );
  73
  74
  75   /* TODO
  76      auto ep = filter->GetEndPoints( );
  77      auto bi = filter->GetBifurcations( );
  78
  79      auto ep_pd = this->GetOutputData< vtkPolyData >( "EndPoints" );
  80      if( ep_pd == NULL )
  81      {
  82      auto points = vtkSmartPointer< vtkPoints >::New( );
  83      auto verts = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  84      auto lines = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  85      auto polys = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  86      auto strips = vtkSmartPointer< vtkCellArray >::New( );
  87      auto pd = vtkSmartPointer< vtkPolyData >::New( );
  88      pd->SetPoints( points );
  89      pd->SetVerts( verts );
  90      pd->SetLines( lines );
  91      pd->SetPolys( polys );
  92      pd->SetStrips( strips );
  93
  94      this->GetOutput( "EndPoints" )->SetVTK( pd );
  95      ep_pd = this->GetOutputData< vtkPolyData >( "EndPoints" );
  96
  97      } // fi
  98
  99      for( auto iIt = ep.begin( ); iIt != ep.end( ); ++iIt )
 100      {
 101      typename _TCostMap::PointType p;
 102      cmap->TransformIndexToPhysicalPoint( *iIt, p );
 103
 104      if( _TCostMap::ImageDimension == 1 )
 105      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], 0, 0 );
 106      else if( _TCostMap::ImageDimension == 2 )
 107      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], 0 );
 108      else if( _TCostMap::ImageDimension > 2 )
 109      ep_pd->GetPoints( )->InsertNextPoint( p[ 0 ], p[ 1 ], p[ 2 ] );
 110
 111      ep_pd->GetVerts( )->InsertNextCell( 1 );
 112      ep_pd->GetVerts( )->InsertCellPoint( ep_pd->GetNumberOfPoints( ) - 1 );
 113
 114      } // rof
 115   */
 116 }
 117
 118 // eof - $RCSfile$