plugins/cpPluginsIO/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPluginsIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Image.h>
   3
   4 #include <itkImageFileReader.h>
   5 #include <itkImageSeriesReader.h>
   6 #include <itkImageFileReader.hxx>
   7 #include <itkImageSeriesReader.hxx>
   8 #include <itkImageAlgorithm.hxx>
   9
  10 // -------------------------------------------------------------------------
  11 cpPluginsIO::ImageReader::
  12 ImageReader( )
  13   : Superclass( )
  14 {
  15   this->_AddOutput< cpPlugins::Image >( "Output" );
  16   this->m_Parameters.Clear( );
  17   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  18   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  19     "FileNames",
  20     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  21     );
  22 }
  23
  24 // -------------------------------------------------------------------------
  25 cpPluginsIO::ImageReader::
  26 ~ImageReader( )
  27 {
  28 }
  29
  30 // -------------------------------------------------------------------------
  31 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  32 _GenerateData( )
  33 {
  34   // Get filenames
  35   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  36   std::string r = "";
  37   if( fnames.size( ) >= 1 )
  38   {
  39     // Guess image properties
  40     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  41       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  42         fnames[ 0 ].c_str( ),
  43         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  44         );
  45     if( io.IsNotNull( ) )
  46     {
  47       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
  48       io->ReadImageInformation( );
  49       if( fnames.size( ) >= 1 )
  50       {
  51         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  52         {
  53         case 1: r = this->_GD0< 1 >( io ); break;
  54         case 2: r = this->_GD0< 2 >( io ); break;
  55         case 3: r = this->_GD0< 3 >( io ); break;
  56         case 4: r = this->_GD0< 4 >( io ); break;
  57         default:
  58           r = "IO::ImageReader: Image dimension not supported.";
  59           break;
  60         } // hctiws
  61
  62       } // fi
  63     }
  64     else
  65       r =
  66         "IO::ImageReader: Could not CreateImageIO for \"" +
  67         fnames[ 0 ] +
  68         "\"";
  69   }
  70   else
  71     r = "IO::ImageReader: No image(s) given";
  72   return( r );
  73 }
  74
  75 // -------------------------------------------------------------------------
  76 template< unsigned int D >
  77 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  78 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
  79 {
  80   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
  81   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
  82
  83   std::string r = "";
  84   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
  85   {
  86     switch( ct )
  87     {
  88     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1<           char, D >( io ); break;
  89     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1<          short, D >( io ); break;
  90     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1<            int, D >( io ); break;
  91     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1<           long, D >( io ); break;
  92     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1<          float, D >( io ); break;
  93     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1<         double, D >( io ); break;
  94     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1<  unsigned char, D >( io ); break;
  95     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< unsigned short, D >( io ); break;
  96     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1<   unsigned int, D >( io ); break;
  97     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1<  unsigned long, D >( io ); break;
  98     default:
  99       r = "IO::ImageReader: Scalar pixel type not supported.";
 100       break;
 101     } // hctiws
 102   }
 103   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 104   {
 105     switch( ct )
 106     {
 107     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<           char >, D >( io ); break;
 108     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<          short >, D >( io ); break;
 109     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<            int >, D >( io ); break;
 110     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<           long >, D >( io ); break;
 111     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<          float >, D >( io ); break;
 112     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<         double >, D >( io ); break;
 113     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  unsigned char >, D >( io ); break;
 114     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< unsigned short >, D >( io ); break;
 115     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   unsigned int >, D >( io ); break;
 116     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  unsigned long >, D >( io ); break;
 117     default:
 118       r = "IO::ImageReader: RGB pixel type not supported.";
 119       break;
 120     } // hctiws
 121   }
 122   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 123   {
 124     switch( ct )
 125     {
 126     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<           char >, D >( io ); break;
 127     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<          short >, D >( io ); break;
 128     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<            int >, D >( io ); break;
 129     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<           long >, D >( io ); break;
 130     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<          float >, D >( io ); break;
 131     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<         double >, D >( io ); break;
 132     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  unsigned char >, D >( io ); break;
 133     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< unsigned short >, D >( io ); break;
 134     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   unsigned int >, D >( io ); break;
 135     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  unsigned long >, D >( io ); break;
 136     default:
 137       r = "IO::ImageReader: RGBA pixel type not supported.";
 138       break;
 139     } // hctiws
 140   }
 141   /* TODO
 142      else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 143      {
 144      }
 145      else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 146      {
 147      }
 148      else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 149      {
 150      }
 151      else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 152      {
 153      }
 154      else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 155      {
 156      }
 157      else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 158      {
 159      }
 160      else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 161      {
 162      }
 163      else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 164      {
 165      }
 166      else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 167      {
 168      }
 169   */
 170   else
 171     r = "IO::ImageReader: Image pixel type not yet supported.";
 172   return( r );
 173 }
 174
 175 // -------------------------------------------------------------------------
 176 template< class P, unsigned int D >
 177 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
 178 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 179 {
 180   typedef itk::Image< P, D > _I;
 181
 182   // Get filenames
 183   std::string r = "";
 184   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 185   if( fnames.size( ) == 1 )
 186   {
 187     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _I > >( );
 188     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 189     f->SetImageIO( io );
 190     try
 191     {
 192       f->Update( );
 193       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 194     }
 195     catch( itk::ExceptionObject& err )
 196     {
 197       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 198     }
 199   }
 200   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 201   {
 202     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _I > >( );
 203     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 204       f->AddFileName( *i );
 205     f->SetImageIO( io );
 206     try
 207     {
 208       f->Update( );
 209       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 210     }
 211     catch( itk::ExceptionObject& err )
 212     {
 213       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 214     }
 215
 216   } // fi
 217   return( r );
 218 }
 219
 220 // eof - $RCSfile$