plugins/cpPluginsIO/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPluginsIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Image.h>
   3 #include <cpPlugins_Instances/ImagesIO.h>
   4 #include <itkImageIOFactory.h>
   5
   6 // -------------------------------------------------------------------------
   7 cpPluginsIO::ImageReader::
   8 ImageReader( )
   9   : Superclass( )
  10 {
  11   this->_AddOutput< cpPlugins::Image >( "Output" );
  12   this->m_Parameters.Clear( );
  13   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  14   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  15     "FileNames",
  16     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  17     );
  18 }
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 cpPluginsIO::ImageReader::
  22 ~ImageReader( )
  23 {
  24 }
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 void cpPluginsIO::ImageReader::
  28 _GenerateData( )
  29 {
  30   // Get filenames
  31   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  32   if( fnames.size( ) >= 1 )
  33   {
  34     // Guess image properties
  35     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  36       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  37         fnames[ 0 ].c_str( ),
  38         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  39         );
  40     if( io.IsNotNull( ) )
  41     {
  42       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
  43       io->ReadImageInformation( );
  44       if( fnames.size( ) >= 1 )
  45       {
  46         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  47         {
  48           // TODO: case 1: r = this->_GD0< 1 >( io ); break;
  49         case 2: this->_GD0< 2 >( io ); break;
  50         case 3: this->_GD0< 3 >( io ); break;
  51           // TODO: case 4: r = this->_GD0< 4 >( io ); break;
  52         default:
  53           this->_Error( "Image dimension not supported." );
  54           break;
  55         } // hctiws
  56
  57       } // fi
  58     }
  59     else
  60       this->_Error(
  61         std::string( "Could not create an ImageIO for \"" ) +
  62         fnames[ 0 ] +
  63         std::string( "\"" )
  64         );
  65   }
  66   else
  67     this->_Error( "No image(s) given" );
  68 }
  69
  70 // -------------------------------------------------------------------------
  71 template< unsigned int _Dim >
  72 void cpPluginsIO::ImageReader::
  73 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
  74 {
  75   typedef unsigned char  uchar;
  76   typedef unsigned short ushort;
  77   typedef unsigned int   uint;
  78   typedef unsigned long  ulong;
  79
  80   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
  81   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
  82
  83   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
  84   {
  85     switch( ct )
  86     {
  87     case itk::ImageIOBase::CHAR   : this->_GD1<   char, _Dim >( io ); break;
  88     case itk::ImageIOBase::SHORT  : this->_GD1<  short, _Dim >( io ); break;
  89     case itk::ImageIOBase::INT    : this->_GD1<    int, _Dim >( io ); break;
  90     case itk::ImageIOBase::LONG   : this->_GD1<   long, _Dim >( io ); break;
  91     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : this->_GD1<  float, _Dim >( io ); break;
  92     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : this->_GD1< double, _Dim >( io ); break;
  93     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : this->_GD1<  uchar, _Dim >( io ); break;
  94     case itk::ImageIOBase::USHORT : this->_GD1< ushort, _Dim >( io ); break;
  95     case itk::ImageIOBase::UINT   : this->_GD1<   uint, _Dim >( io ); break;
  96     case itk::ImageIOBase::ULONG  : this->_GD1<  ulong, _Dim >( io ); break;
  97     default: this->_Error( "Scalar pixel type not supported." ); break;
  98     } // hctiws
  99   }
 100   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 101   {
 102     switch( ct )
 103     {
 104     case itk::ImageIOBase::CHAR   : this->_GD1< itk::RGBPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 105     case itk::ImageIOBase::SHORT  : this->_GD1< itk::RGBPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 106     case itk::ImageIOBase::INT    : this->_GD1< itk::RGBPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 107     case itk::ImageIOBase::LONG   : this->_GD1< itk::RGBPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 108     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : this->_GD1< itk::RGBPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 109     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 110     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : this->_GD1< itk::RGBPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 111     case itk::ImageIOBase::USHORT : this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 112     case itk::ImageIOBase::UINT   : this->_GD1< itk::RGBPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 113     case itk::ImageIOBase::ULONG  : this->_GD1< itk::RGBPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 114     default: this->_Error( "RGB pixel type not supported." ); break;
 115     } // hctiws
 116   }
 117   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 118   {
 119     switch( ct )
 120     {
 121     case itk::ImageIOBase::CHAR   : this->_GD1< itk::RGBAPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 122     case itk::ImageIOBase::SHORT  : this->_GD1< itk::RGBAPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 123     case itk::ImageIOBase::INT    : this->_GD1< itk::RGBAPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 124     case itk::ImageIOBase::LONG   : this->_GD1< itk::RGBAPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 125     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : this->_GD1< itk::RGBAPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 126     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 127     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : this->_GD1< itk::RGBAPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 128     case itk::ImageIOBase::USHORT : this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 129     case itk::ImageIOBase::UINT   : this->_GD1< itk::RGBAPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 130     case itk::ImageIOBase::ULONG  : this->_GD1< itk::RGBAPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 131     default: this->_Error( "RGBA pixel type not supported." ); break;
 132     } // hctiws
 133   }
 134   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 135   {
 136     switch( ct )
 137     {
 138     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : this->_GD1< std::complex< float >, _Dim >( io ); break;
 139     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io ); break;
 140     default: this->_Error( "Complex pixel type not supported." ); break;
 141     } // hctiws
 142   }
 143   /* TODO
 144      else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 145      {
 146      }
 147      else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 148      {
 149      }
 150      else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 151      {
 152      }
 153      else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 154      {
 155      }
 156      else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 157      {
 158      }
 159      else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 160      {
 161      }
 162      else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 163      {
 164      }
 165      else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 166      {
 167      }
 168   */
 169   else
 170     this->_Error( "Image pixel type not yet supported." );
 171 }
 172
 173 // -------------------------------------------------------------------------
 174 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 175 void cpPluginsIO::ImageReader::
 176 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 177 {
 178   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 179
 180   // Get filenames
 181   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 182   if( fnames.size( ) == 1 )
 183   {
 184     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 185     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 186     f->SetImageIO( io );
 187     try
 188     {
 189       f->Update( );
 190       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 191     }
 192     catch( itk::ExceptionObject& err )
 193     {
 194       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 195     }
 196   }
 197   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 198   {
 199     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 200     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 201       f->AddFileName( *i );
 202     f->SetImageIO( io );
 203     try
 204     {
 205       f->Update( );
 206       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 207     }
 208     catch( itk::ExceptionObject& err )
 209     {
 210       this->_Error( err.GetDescription( ) );
 211     }
 212
 213   } // fi
 214 }
 215
 216 // eof - $RCSfile$