plugins/cpPluginsIO/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPluginsIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Image.h>
   3 #include <cpPlugins_Instances/ImagesIO.h>
   4 #include <itkImageIOFactory.h>
   5
   6 // -------------------------------------------------------------------------
   7 cpPluginsIO::ImageReader::
   8 ImageReader( )
   9   : Superclass( )
  10 {
  11   this->_AddOutput< cpPlugins::Image >( "Output" );
  12   this->m_Parameters.Clear( );
  13   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  14   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  15     "FileNames",
  16     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  17     );
  18 }
  19
  20 // -------------------------------------------------------------------------
  21 cpPluginsIO::ImageReader::
  22 ~ImageReader( )
  23 {
  24 }
  25
  26 // -------------------------------------------------------------------------
  27 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  28 _GenerateData( )
  29 {
  30   // Get filenames
  31   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  32   std::string r = "";
  33   if( fnames.size( ) >= 1 )
  34   {
  35     // Guess image properties
  36     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  37       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  38         fnames[ 0 ].c_str( ),
  39         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  40         );
  41     if( io.IsNotNull( ) )
  42     {
  43       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
  44       io->ReadImageInformation( );
  45       if( fnames.size( ) >= 1 )
  46       {
  47         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  48         {
  49           // TODO: case 1: r = this->_GD0< 1 >( io ); break;
  50         case 2: r = this->_GD0< 2 >( io ); break;
  51         case 3: r = this->_GD0< 3 >( io ); break;
  52           // TODO: case 4: r = this->_GD0< 4 >( io ); break;
  53         default:
  54           r = "IO::ImageReader: Image dimension not supported.";
  55           break;
  56         } // hctiws
  57
  58       } // fi
  59     }
  60     else
  61       r =
  62         "IO::ImageReader: Could not CreateImageIO for \"" +
  63         fnames[ 0 ] +
  64         "\"";
  65   }
  66   else
  67     r = "IO::ImageReader: No image(s) given";
  68   return( r );
  69 }
  70
  71 // -------------------------------------------------------------------------
  72 template< unsigned int _Dim >
  73 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  74 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
  75 {
  76   typedef unsigned char  uchar;
  77   typedef unsigned short ushort;
  78   typedef unsigned int   uint;
  79   typedef unsigned long  ulong;
  80
  81   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
  82   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
  83
  84   std::string r = "";
  85   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
  86   {
  87     switch( ct )
  88     {
  89     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1<   char, _Dim >( io ); break;
  90     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1<  short, _Dim >( io ); break;
  91     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1<    int, _Dim >( io ); break;
  92     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1<   long, _Dim >( io ); break;
  93     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1<  float, _Dim >( io ); break;
  94     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< double, _Dim >( io ); break;
  95     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1<  uchar, _Dim >( io ); break;
  96     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< ushort, _Dim >( io ); break;
  97     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1<   uint, _Dim >( io ); break;
  98     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1<  ulong, _Dim >( io ); break;
  99     default:
 100       r = "IO::ImageReader: Scalar pixel type not supported.";
 101       break;
 102     } // hctiws
 103   }
 104   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 105   {
 106     switch( ct )
 107     {
 108     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 109     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 110     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 111     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 112     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 113     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 114     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 115     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 116     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 117     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 118     default:
 119       r = "IO::ImageReader: RGB pixel type not supported.";
 120       break;
 121     } // hctiws
 122   }
 123   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 124   {
 125     switch( ct )
 126     {
 127     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 128     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 129     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 130     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 131     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 132     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 133     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 134     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 135     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 136     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 137     default:
 138       r = "IO::ImageReader: RGBA pixel type not supported.";
 139       break;
 140     } // hctiws
 141   }
 142   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 143   {
 144     switch( ct )
 145     {
 146     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< std::complex<  float >, _Dim >( io ); break;
 147     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io ); break;
 148     default:
 149       r = "IO::ImageReader: complex pixel type not supported.";
 150       break;
 151     } // hctiws
 152   }
 153   /* TODO
 154      else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 155      {
 156      }
 157      else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 158      {
 159      }
 160      else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 161      {
 162      }
 163      else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 164      {
 165      }
 166      else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 167      {
 168      }
 169      else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 170      {
 171      }
 172      else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 173      {
 174      }
 175      else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 176      {
 177      }
 178   */
 179   else
 180     r = "IO::ImageReader: Image pixel type not yet supported.";
 181   return( r );
 182 }
 183
 184 // -------------------------------------------------------------------------
 185 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 186 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
 187 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 188 {
 189   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 190
 191   // Get filenames
 192   std::string r = "";
 193   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 194   if( fnames.size( ) == 1 )
 195   {
 196     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 197     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 198     f->SetImageIO( io );
 199     try
 200     {
 201       f->Update( );
 202       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 203     }
 204     catch( itk::ExceptionObject& err )
 205     {
 206       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 207     }
 208   }
 209   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 210   {
 211     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 212     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 213       f->AddFileName( *i );
 214     f->SetImageIO( io );
 215     try
 216     {
 217       f->Update( );
 218       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 219     }
 220     catch( itk::ExceptionObject& err )
 221     {
 222       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 223     }
 224
 225   } // fi
 226   return( r );
 227 }
 228
 229 // eof - $RCSfile$