plugins/cpPluginsIO/ImageReader.cxx

   1 #include <cpPluginsIO/ImageReader.h>
   2 #include <cpPlugins/Image.h>
   3 #include <cpPlugins_Instances/ImageIO.h>
   4
   5 // -------------------------------------------------------------------------
   6 cpPluginsIO::ImageReader::
   7 ImageReader( )
   8   : Superclass( )
   9 {
  10   this->_AddOutput< cpPlugins::Image >( "Output" );
  11   this->m_Parameters.Clear( );
  12   this->m_Parameters.ConfigureAsOpenFileNameList( "FileNames" );
  13   this->m_Parameters.SetAcceptedFileExtensions(
  14     "FileNames",
  15     "Image files (*.bmp *.png *.jpg *.jpeg *.dcm *.mhd *.nhdr *.nrrd *.tiff)"
  16     );
  17 }
  18
  19 // -------------------------------------------------------------------------
  20 cpPluginsIO::ImageReader::
  21 ~ImageReader( )
  22 {
  23 }
  24
  25 // -------------------------------------------------------------------------
  26 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  27 _GenerateData( )
  28 {
  29   // Get filenames
  30   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
  31   std::string r = "";
  32   if( fnames.size( ) >= 1 )
  33   {
  34     // Guess image properties
  35     itk::ImageIOBase::Pointer io =
  36       itk::ImageIOFactory::CreateImageIO(
  37         fnames[ 0 ].c_str( ),
  38         itk::ImageIOFactory::ReadMode
  39         );
  40     if( io.IsNotNull( ) )
  41     {
  42       io->SetFileName( fnames[ 0 ] );
  43       io->ReadImageInformation( );
  44       if( fnames.size( ) >= 1 )
  45       {
  46         switch( io->GetNumberOfDimensions( ) )
  47         {
  48           // TODO: case 1: r = this->_GD0< 1 >( io ); break;
  49         case 2: r = this->_GD0< 2 >( io ); break;
  50         case 3: r = this->_GD0< 3 >( io ); break;
  51           // TODO: case 4: r = this->_GD0< 4 >( io ); break;
  52         default:
  53           r = "IO::ImageReader: Image dimension not supported.";
  54           break;
  55         } // hctiws
  56
  57       } // fi
  58     }
  59     else
  60       r =
  61         "IO::ImageReader: Could not CreateImageIO for \"" +
  62         fnames[ 0 ] +
  63         "\"";
  64   }
  65   else
  66     r = "IO::ImageReader: No image(s) given";
  67   return( r );
  68 }
  69
  70 // -------------------------------------------------------------------------
  71 template< unsigned int _Dim >
  72 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
  73 _GD0( itk::ImageIOBase* io )
  74 {
  75   typedef unsigned char  uchar;
  76   typedef unsigned short ushort;
  77   typedef unsigned int   uint;
  78   typedef unsigned long  ulong;
  79
  80   itk::ImageIOBase::IOComponentType ct = io->GetComponentType( );
  81   itk::ImageIOBase::IOPixelType pt = io->GetPixelType( );
  82
  83   std::string r = "";
  84   if( pt == itk::ImageIOBase::SCALAR )
  85   {
  86     switch( ct )
  87     {
  88     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1<   char, _Dim >( io ); break;
  89     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1<  short, _Dim >( io ); break;
  90     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1<    int, _Dim >( io ); break;
  91     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1<   long, _Dim >( io ); break;
  92     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1<  float, _Dim >( io ); break;
  93     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< double, _Dim >( io ); break;
  94     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1<  uchar, _Dim >( io ); break;
  95     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< ushort, _Dim >( io ); break;
  96     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1<   uint, _Dim >( io ); break;
  97     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1<  ulong, _Dim >( io ); break;
  98     default:
  99       r = "IO::ImageReader: Scalar pixel type not supported.";
 100       break;
 101     } // hctiws
 102   }
 103   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGB )
 104   {
 105     switch( ct )
 106     {
 107     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 108     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 109     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 110     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 111     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 112     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 113     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 114     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 115     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 116     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 117     default:
 118       r = "IO::ImageReader: RGB pixel type not supported.";
 119       break;
 120     } // hctiws
 121   }
 122   else if( pt == itk::ImageIOBase::RGBA )
 123   {
 124     switch( ct )
 125     {
 126     case itk::ImageIOBase::CHAR   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   char >, _Dim >( io ); break;
 127     case itk::ImageIOBase::SHORT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  short >, _Dim >( io ); break;
 128     case itk::ImageIOBase::INT    : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<    int >, _Dim >( io ); break;
 129     case itk::ImageIOBase::LONG   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   long >, _Dim >( io ); break;
 130     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  float >, _Dim >( io ); break;
 131     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< double >, _Dim >( io ); break;
 132     case itk::ImageIOBase::UCHAR  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  uchar >, _Dim >( io ); break;
 133     case itk::ImageIOBase::USHORT : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel< ushort >, _Dim >( io ); break;
 134     case itk::ImageIOBase::UINT   : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<   uint >, _Dim >( io ); break;
 135     case itk::ImageIOBase::ULONG  : r = this->_GD1< itk::RGBAPixel<  ulong >, _Dim >( io ); break;
 136     default:
 137       r = "IO::ImageReader: RGBA pixel type not supported.";
 138       break;
 139     } // hctiws
 140   }
 141   else if( pt == itk::ImageIOBase::COMPLEX )
 142   {
 143     switch( ct )
 144     {
 145     case itk::ImageIOBase::FLOAT  : r = this->_GD1< std::complex<  float >, _Dim >( io ); break;
 146     case itk::ImageIOBase::DOUBLE : r = this->_GD1< std::complex< double >, _Dim >( io ); break;
 147     default:
 148       r = "IO::ImageReader: complex pixel type not supported.";
 149       break;
 150     } // hctiws
 151   }
 152   /* TODO
 153      else if( pt == itk::ImageIOBase::VECTOR )
 154      {
 155      }
 156      else if( pt == itk::ImageIOBase::POINT )
 157      {
 158      }
 159      else if( pt == itk::ImageIOBase::COVARIANTVECTOR )
 160      {
 161      }
 162      else if( pt == itk::ImageIOBase::SYMMETRICSECONDRANKTENSOR )
 163      {
 164      }
 165      else if( pt == itk::ImageIOBase::DIFFUSIONTENSOR3D )
 166      {
 167      }
 168      else if( pt == itk::ImageIOBase::OFFSET )
 169      {
 170      }
 171      else if( pt == itk::ImageIOBase::FIXEDARRAY )
 172      {
 173      }
 174      else if( pt == itk::ImageIOBase::MATRIX )
 175      {
 176      }
 177   */
 178   else
 179     r = "IO::ImageReader: Image pixel type not yet supported.";
 180   return( r );
 181 }
 182
 183 // -------------------------------------------------------------------------
 184 template< class _TPixel, unsigned int _Dim >
 185 std::string cpPluginsIO::ImageReader::
 186 _GD1( itk::ImageIOBase* io )
 187 {
 188   typedef itk::Image< _TPixel, _Dim > _TImage;
 189
 190   // Get filenames
 191   std::string r = "";
 192   auto fnames = this->m_Parameters.GetOpenFileNameList( "FileNames" );
 193   if( fnames.size( ) == 1 )
 194   {
 195     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageFileReader< _TImage > >( );
 196     f->SetFileName( fnames[ 0 ] );
 197     f->SetImageIO( io );
 198     try
 199     {
 200       f->Update( );
 201       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 202     }
 203     catch( itk::ExceptionObject& err )
 204     {
 205       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 206     }
 207   }
 208   else // if( fnames.size( ) > 1 )
 209   {
 210     auto f = this->_CreateITK< itk::ImageSeriesReader< _TImage > >( );
 211     for( auto i = fnames.begin( ); i != fnames.end( ); ++i )
 212       f->AddFileName( *i );
 213     f->SetImageIO( io );
 214     try
 215     {
 216       f->Update( );
 217       this->GetOutput( "Output" )->SetITK( f->GetOutput( ) );
 218     }
 219     catch( itk::ExceptionObject& err )
 220     {
 221       r = "IO::ImageReader: " + std::string( err.GetDescription( ) );
 222     }
 223
 224   } // fi
 225   return( r );
 226 }
 227
 228 // eof - $RCSfile$