registration/clitkAffineRegistrationGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  20 #define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkAffineRegistration_ggo.h"
  26 #include "clitkCorrelationRatioImageToImageMetric.h"
  27 #include "clitkTransformUtilities.h"
  28 #include "clitkGenericMetric.h"
  29 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  30 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  31 #include "clitkGenericAffineTransform.h"
  32
  33 //itk include
  34 #include <itkMultiResolutionImageRegistrationMethod.h>
  35 #include <itkMultiResolutionPyramidImageFilter.h>
  36 #include <itkImageToImageMetric.h>
  37 #include <itkEuler2DTransform.h>
  38 #include <itkCenteredEuler3DTransform.h>
  39 #include <itkImage.h>
  40 #include <itkResampleImageFilter.h>
  41 #include <itkCastImageFilter.h>
  42 #include <itkNormalizeImageFilter.h>
  43 #include <itkDiscreteGaussianImageFilter.h>
  44 #include <itkImageMaskSpatialObject.h>
  45 #include <itkCommand.h>
  46 #include <itkCheckerBoardImageFilter.h>
  47 #include <itkSubtractImageFilter.h>
  48 #include <itkLightObject.h>
  49 #include <itkImageMomentsCalculator.h>
  50 #include <itkThresholdImageFilter.h>
  51
  52 // other includes
  53 #include <time.h>
  54 #include <iostream>
  55 #include <iomanip>
  56
  57 namespace clitk
  58 {
  59
  60 //====================================================================
  61 class AffineRegistrationGenericFilter: public itk::LightObject
  62 {
  63 public:
  64
  65   //================================================
  66   typedef AffineRegistrationGenericFilter        Self;
  67   typedef itk::LightObject  Superclass;
  68   typedef itk::SmartPointer<Self>        Pointer;
  69   typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  70
  71   //================================================
  72   itkNewMacro(Self);
  73
  74   //====================================================================
  75   // Set methods
  76   void SetArgsInfo(const args_info_clitkAffineRegistration args_info) {
  77     m_ArgsInfo=args_info;
  78     m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  79   }
  80
  81   //====================================================================
  82   // Update
  83   void Update();
  84
  85 protected:
  86   const char * GetNameOfClass() const {
  87     return "AffineRegistrationGenericFilter";
  88   }
  89
  90   //====================================================================
  91   // Constructor & Destructor
  92   AffineRegistrationGenericFilter();
  93   ~AffineRegistrationGenericFilter() {
  94     ;
  95   }
  96
  97   //====================================================================
  98   //Templated member functions
  99   template <unsigned int Dimension> void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 100   template <unsigned int Dimension, class PixelType> void UpdateWithDimAndPixelType();
 101
 102   //====================================================================
 103   //Member Data
 104 public:
 105   bool m_Verbose;
 106   args_info_clitkAffineRegistration m_ArgsInfo;
 107 };
 108 }
 109
 110 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 111 #include "clitkAffineRegistrationGenericFilter.txx"
 112 #endif
 113
 114
 115 #endif //#define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER__H