registration/clitkAffineRegistrationGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  20 #define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER_H
  21
  22 // clitk include
  23 #include "clitkIO.h"
  24 #include "clitkCommon.h"
  25 #include "clitkAffineRegistration_ggo.h"
  26 #include "clitkCorrelationRatioImageToImageMetric.h"
  27 #include "clitkTransformUtilities.h"
  28 #include "clitkGenericMetric.h"
  29 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  30 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  31 #include "clitkGenericAffineTransform.h"
  32 #include "clitkImageToImageGenericFilter.h"
  33
  34
  35 //itk include
  36 #include <itkMultiResolutionImageRegistrationMethod.h>
  37 #include <itkMultiResolutionPyramidImageFilter.h>
  38 #include <itkImageToImageMetric.h>
  39 #include <itkEuler2DTransform.h>
  40 #include <itkCenteredEuler3DTransform.h>
  41 #include <itkImage.h>
  42 #include <itkResampleImageFilter.h>
  43 #include <itkCastImageFilter.h>
  44 #include <itkNormalizeImageFilter.h>
  45 #include <itkDiscreteGaussianImageFilter.h>
  46 #include <itkImageMaskSpatialObject.h>
  47 #include <itkCommand.h>
  48 #include <itkCheckerBoardImageFilter.h>
  49 #include <itkSubtractImageFilter.h>
  50 #include <itkLightObject.h>
  51 #include <itkImageMomentsCalculator.h>
  52 #include <itkThresholdImageFilter.h>
  53
  54 // other includes
  55 #include <time.h>
  56 #include <iostream>
  57 #include <iomanip>
  58
  59 namespace clitk
  60 {
  61
  62 //====================================================================
  63 template<class args_info_clitkAffineRegistration>
  64 class ITK_EXPORT AffineRegistrationGenericFilter:
  65     public ImageToImageGenericFilter<AffineRegistrationGenericFilter<args_info_clitkAffineRegistration> >
  66 {
  67 public:
  68
  69   AffineRegistrationGenericFilter();
  70
  71   //================================================
  72   typedef AffineRegistrationGenericFilter        Self;
  73   typedef itk::SmartPointer<Self>        Pointer;
  74   typedef itk::SmartPointer<const Self> ConstPointer;
  75
  76   //================================================
  77   itkNewMacro(Self);
  78   itkTypeMacro(AffineRegistrationGenericFilter, LightObject);
  79
  80
  81   //====================================================================
  82   // Set methods
  83   void SetArgsInfo(const args_info_clitkAffineRegistration args_info) {
  84     m_ArgsInfo=args_info;
  85     m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  86     if (m_ArgsInfo.reference_given) {
  87       SetInputFilename(m_ArgsInfo.reference_arg);
  88     }
  89     if (m_ArgsInfo.target_given) {
  90       SetOutputFilename(m_ArgsInfo.target_arg);
  91     }
  92
  93   }
  94   //====================================================================
  95   template<unsigned int Dim>
  96   void InitializeImageType();
  97
  98   bool m_Verbose;
  99   args_info_clitkAffineRegistration m_ArgsInfo;
 100
 101   template<class InputImageType>
 102   void UpdateWithInputImageType();
 103 };
 104 }
 105
 106 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 107 #include "clitkAffineRegistrationGenericFilter.txx"
 108 #endif
 109
 110
 111 #endif //#define CLITKAFFINEREGISTRATIONGENERICFILTER__H