registration/clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF.h

   1 /*=========================================================================
   2 Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4 Authors belong to:
   5 - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6 - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7 - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11 PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13 It is distributed under dual licence
  14
  15 - BSD        See included LICENSE.txt file
  16 - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF_h
  19 #define clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF.h
  23  * @author      Romulo Pinho
  24  * @date        16/02/2011
  25  *
  26  * @brief       ITK observer class to respond to iteration events of B-LUT DIR. This
  27  * observer is meant to output the DVF of the registration at each iteration.
  28  *
  29  ===================================================*/
  30
  31 #include "clitkBLUTDIRGenericFilter.h"
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35   template <class FixedImageType, class OptimizerType, class TransformType>
  36   class CommandIterationUpdateDVF : public itk::Command
  37   {
  38     public:
  39       typedef  CommandIterationUpdateDVF   Self;
  40       typedef  itk::Command             Superclass;
  41       typedef  itk::SmartPointer<Self>  Pointer;
  42       itkNewMacro( Self );
  43     protected:
  44       CommandIterationUpdateDVF() : m_Iteration(0) {};
  45     public:
  46
  47       typedef typename FixedImageType::Pointer ImagePointer;
  48       typedef typename TransformType::Pointer TransformPointer;
  49
  50       // Set the fixed image, from the specs of the DVF are obtained.
  51       void SetFixedImage(ImagePointer i) { m_FixedImage = i; }
  52
  53       // Set the transform
  54       void SetTransform(TransformPointer t){ m_Transform = t;}
  55
  56       // Set command line parameters
  57       void SetArgsInfo(args_info_clitkBLUTDIR a){m_ArgsInfo=a;}
  58
  59       // Execute
  60       void Execute(itk::Object *object, const itk::EventObject & event)
  61       {
  62         //Execute( (const itk::Object *)caller, event);
  63        if( !(itk::IterationEvent().CheckEvent( &event )) )
  64         {
  65           std::cout << "CommandIterationUpdateDVF::Execute(): check event failed!\n";
  66           return;
  67         }
  68
  69         std::cout << "CommandIterationUpdateDVF::Execute()\n";
  70
  71         typedef typename OptimizerType::ParametersType ParametersType;
  72         OptimizerType* optmizer = dynamic_cast<OptimizerType*>(object);
  73         ParametersType parameters = optmizer->GetCurrentPosition();
  74         std::cout << "Iteration " << ++m_Iteration << endl;// << " -> Optimizer parameters: " << parameters << endl;
  75
  76         //=======================================================
  77         // RP: Copy-paste from BLUTDIRGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
  78         //=======================================================
  79         //=======================================================
  80         // Get the BSpline coefficient images and write them
  81         //=======================================================
  82         int niter = m_ArgsInfo.coeffEveryN_arg;
  83         if ((m_Iteration % niter == 0) && m_ArgsInfo.coeff_given)
  84         {
  85           typedef typename TransformType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
  86           std::vector<typename CoefficientImageType::Pointer> coefficientImages = m_Transform->GetCoefficientImages();
  87           typedef itk::ImageFileWriter<CoefficientImageType> CoeffWriterType;
  88           typename CoeffWriterType::Pointer coeffWriter = CoeffWriterType::New();
  89           unsigned nLabels = m_Transform->GetnLabels();
  90
  91           std::string fname(m_ArgsInfo.coeff_arg);
  92           int dotpos = fname.length() - 1;
  93           while (dotpos >= 0 && fname[dotpos] != '.')
  94             dotpos--;
  95
  96           for (unsigned i = 0; i < nLabels; ++i)
  97           {
  98             std::ostringstream osfname;
  99             osfname << fname.substr(0, dotpos) << '_' << i << '_' << m_Iteration << fname.substr(dotpos);
 100             coeffWriter->SetInput(coefficientImages[i]);
 101             coeffWriter->SetFileName(osfname.str());
 102             coeffWriter->Update();
 103           }
 104         }
 105       }
 106
 107       void Execute(const itk::Object * object, const itk::EventObject & event)
 108       {
 109         std::cout << "const CommandIterationUpdateDVF::Execute()\n";
 110       }
 111
 112       unsigned int m_Iteration;
 113       ImagePointer m_FixedImage;
 114       TransformPointer m_Transform;
 115       args_info_clitkBLUTDIR m_ArgsInfo;
 116   };
 117 }
 118
 119 #endif // clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF_h