registration/clitkBLUTDIRGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2 Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4 Authors belong to:
   5 - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6 - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7 - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9 This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10 the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11 PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13 It is distributed under dual licence
  14
  15 - BSD        See included LICENSE.txt file
  16 - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkBLUTDIRGenericFilter_cxx
  19 #define clitkBLUTDIRGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBLUTDIRGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkBLUTDIRGenericFilter.h"
  31 #include "clitkBLUTDIRCommandIterationUpdateDVF.h"
  32 #include "itkCenteredTransformInitializer.h"
  33 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  34 #if (ITK_VERSION_MAJOR == 4) && (ITK_VERSION_MINOR < 6)
  35 # include "itkTransformToDisplacementFieldSource.h"
  36 #else
  37 # include "itkTransformToDisplacementFieldFilter.h"
  38 #endif
  39
  40 namespace clitk
  41 {
  42
  43   //==============================================================================
  44   // Creating an observer class that allows output at each iteration
  45   //==============================================================================
  46   class CommandIterationUpdate : public itk::Command
  47   {
  48     public:
  49       typedef  CommandIterationUpdate   Self;
  50       typedef  itk::Command             Superclass;
  51       typedef  itk::SmartPointer<Self>  Pointer;
  52       itkNewMacro( Self );
  53     protected:
  54       CommandIterationUpdate() {};
  55     public:
  56       typedef   clitk::GenericOptimizer<args_info_clitkBLUTDIR>     OptimizerType;
  57       typedef   const OptimizerType   *           OptimizerPointer;
  58
  59       // Set the generic optimizer
  60       void SetOptimizer(OptimizerPointer o){m_Optimizer=o;}
  61
  62       // Execute
  63       void Execute(itk::Object *caller, const itk::EventObject & event)
  64       {
  65         Execute( (const itk::Object *)caller, event);
  66       }
  67
  68       void Execute(const itk::Object * object, const itk::EventObject & event)
  69       {
  70         if( !(itk::IterationEvent().CheckEvent( &event )) )
  71         {
  72           return;
  73         }
  74
  75         m_Optimizer->OutputIterationInfo();
  76       }
  77
  78       OptimizerPointer m_Optimizer;
  79   };
  80
  81   //===========================================================================//
  82   //Constructor
  83   //==========================================================================//
  84   BLUTDIRGenericFilter::BLUTDIRGenericFilter():
  85     ImageToImageGenericFilter<Self>("Register DIR")
  86   {
  87     InitializeImageType<2>();
  88     InitializeImageType<3>();
  89     m_Verbose=false;
  90   }
  91
  92   //=========================================================================//
  93   //SetArgsInfo
  94   //==========================================================================//
  95   void BLUTDIRGenericFilter::SetArgsInfo(const args_info_clitkBLUTDIR & a){
  96     m_ArgsInfo=a;
  97     if (m_ArgsInfo.reference_given) AddInputFilename(m_ArgsInfo.reference_arg);
  98
  99     if (m_ArgsInfo.target_given) {
 100       AddInputFilename(m_ArgsInfo.target_arg);
 101     }
 102
 103     if (m_ArgsInfo.output_given) SetOutputFilename(m_ArgsInfo.output_arg);
 104
 105     if (m_ArgsInfo.verbose_given) m_Verbose=true;
 106   }
 107
 108   //=========================================================================//
 109   //===========================================================================//
 110   template<unsigned int Dim>
 111     void BLUTDIRGenericFilter::InitializeImageType()
 112     {
 113       ADD_DEFAULT_IMAGE_TYPES(3);
 114     }
 115   //--------------------------------------------------------------------
 116
 117   //==============================================================================
 118   //Creating an observer class that allows us to change parameters at subsequent levels
 119   //==============================================================================
 120   template <typename TRegistration,class args_info_clitkBLUTDIR>
 121     class RegistrationInterfaceCommand : public itk::Command
 122   {
 123     public:
 124       typedef RegistrationInterfaceCommand   Self;
 125       typedef itk::Command             Superclass;
 126       typedef itk::SmartPointer<Self>  Pointer;
 127       itkNewMacro( Self );
 128     protected:
 129       RegistrationInterfaceCommand() { };
 130     public:
 131
 132       // Registration
 133       typedef   TRegistration                              RegistrationType;
 134       typedef   RegistrationType *                         RegistrationPointer;
 135
 136       // Transform
 137       typedef typename RegistrationType::FixedImageType FixedImageType;
 138       typedef typename FixedImageType::RegionType RegionType;
 139       itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int,FixedImageType::ImageDimension);
 140       typedef clitk::MultipleBSplineDeformableTransform<double, ImageDimension, ImageDimension> TransformType;
 141       typedef clitk::MultipleBSplineDeformableTransformInitializer<TransformType, FixedImageType> InitializerType;
 142       typedef typename InitializerType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
 143       typedef itk::CastImageFilter<CoefficientImageType, CoefficientImageType> CastImageFilterType;
 144       typedef typename TransformType::ParametersType ParametersType;
 145       typedef typename InitializerType::Pointer InitializerPointer;
 146       typedef   CommandIterationUpdate::Pointer CommandIterationUpdatePointer;
 147
 148       // Optimizer
 149       typedef clitk::GenericOptimizer<args_info_clitkBLUTDIR> GenericOptimizerType;
 150       typedef typename GenericOptimizerType::Pointer GenericOptimizerPointer;
 151
 152       // Metric
 153       typedef typename RegistrationType::FixedImageType    InternalImageType;
 154       typedef clitk::GenericMetric<args_info_clitkBLUTDIR, InternalImageType, InternalImageType> GenericMetricType;
 155       typedef typename GenericMetricType::Pointer GenericMetricPointer;
 156
 157       // Two arguments are passed to the Execute() method: the first
 158       // is the pointer to the object which invoked the event and the
 159       // second is the event that was invoked.
 160       void Execute(itk::Object * object, const itk::EventObject & event)
 161       {
 162         if( !(itk::IterationEvent().CheckEvent( &event )) )
 163         {
 164           return;
 165         }
 166
 167         // Get the levels
 168         RegistrationPointer registration = dynamic_cast<RegistrationPointer>( object );
 169         unsigned int numberOfLevels=registration->GetNumberOfLevels();
 170         unsigned int currentLevel=registration->GetCurrentLevel()+1;
 171
 172         // Output the levels
 173         std::cout<<std::endl;
 174         std::cout<<"========================================"<<std::endl;
 175         std::cout<<"Starting resolution level "<<currentLevel<<" of "<<numberOfLevels<<"..."<<std::endl;
 176         std::cout<<"========================================"<<std::endl;
 177         std::cout<<std::endl;
 178
 179         // Higher level?
 180         if (currentLevel>1)
 181         {
 182           // fixed image region pyramid
 183           typedef clitk::MultiResolutionPyramidRegionFilter<InternalImageType> FixedImageRegionPyramidType;
 184           typename FixedImageRegionPyramidType::Pointer fixedImageRegionPyramid=FixedImageRegionPyramidType::New();
 185           fixedImageRegionPyramid->SetRegion(m_MetricRegion);
 186           fixedImageRegionPyramid->SetSchedule(registration->GetFixedImagePyramid()->GetSchedule());
 187
 188           // Reinitialize the metric (!= number of samples)
 189           m_GenericMetric= GenericMetricType::New();
 190           m_GenericMetric->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 191           m_GenericMetric->SetFixedImage(registration->GetFixedImagePyramid()->GetOutput(registration->GetCurrentLevel()));
 192           if (m_ArgsInfo.referenceMask_given)  m_GenericMetric->SetFixedImageMask(registration->GetMetric()->GetFixedImageMask());
 193           m_GenericMetric->SetFixedImageRegion(fixedImageRegionPyramid->GetOutput(registration->GetCurrentLevel()));
 194           typedef itk::ImageToImageMetric< InternalImageType, InternalImageType >  MetricType;
 195           typename  MetricType::Pointer metric=m_GenericMetric->GetMetricPointer();
 196           registration->SetMetric(metric);
 197
 198           // Get the current coefficient image and make a COPY
 199           typename itk::ImageDuplicator<CoefficientImageType>::Pointer caster = itk::ImageDuplicator<CoefficientImageType>::New();
 200           std::vector<typename CoefficientImageType::Pointer> currentCoefficientImages = m_Initializer->GetTransform()->GetCoefficientImages();
 201           for (unsigned i = 0; i < currentCoefficientImages.size(); ++i)
 202           {
 203             caster->SetInputImage(currentCoefficientImages[i]);
 204             caster->Update();
 205             currentCoefficientImages[i] = caster->GetOutput();
 206           }
 207
 208           /*
 209           // Write the intermediate result?
 210           if (m_ArgsInfo.intermediate_given>=numberOfLevels)
 211             writeImage<CoefficientImageType>(currentCoefficientImage, m_ArgsInfo.intermediate_arg[currentLevel-2], m_ArgsInfo.verbose_flag);
 212             */
 213
 214           // Set the new transform properties
 215           m_Initializer->SetImage(registration->GetFixedImagePyramid()->GetOutput(currentLevel-1));
 216           if( m_Initializer->m_ControlPointSpacingIsGiven)
 217             m_Initializer->SetControlPointSpacing(m_Initializer->m_ControlPointSpacingArray[registration->GetCurrentLevel()]);
 218           if( m_Initializer->m_NumberOfControlPointsIsGiven)
 219             m_Initializer->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(m_Initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[registration->GetCurrentLevel()]);
 220
 221           // Reinitialize the transform
 222           if (m_ArgsInfo.verbose_flag) std::cout<<"Initializing transform for level "<<currentLevel<<" of "<<numberOfLevels<<"..."<<std::endl;
 223           m_Initializer->InitializeTransform();
 224           ParametersType* newParameters= new typename TransformType::ParametersType(m_Initializer->GetTransform()->GetNumberOfParameters());
 225
 226           // DS : if we want to skip the last pyramid level, force to only 1 iteration
 227           DD(m_ArgsInfo.skipLastPyramidLevel_flag);
 228           if ((currentLevel == numberOfLevels) && (m_ArgsInfo.skipLastPyramidLevel_flag)) {
 229             DD(m_ArgsInfo.maxIt_arg);
 230             std::cout << "I skip the last pyramid level : set max iteration to 0" << std::endl;
 231             m_ArgsInfo.maxIt_arg = 0;
 232             DD(m_ArgsInfo.maxIt_arg);
 233           }
 234
 235           // Reinitialize an Optimizer (!= number of parameters)
 236           m_GenericOptimizer = GenericOptimizerType::New();
 237           m_GenericOptimizer->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 238           m_GenericOptimizer->SetMaximize(m_Maximize);
 239           m_GenericOptimizer->SetNumberOfParameters(m_Initializer->GetTransform()->GetNumberOfParameters());
 240
 241
 242           typedef itk::SingleValuedNonLinearOptimizer OptimizerType;
 243           OptimizerType::Pointer optimizer = m_GenericOptimizer->GetOptimizerPointer();
 244           optimizer->AddObserver( itk::IterationEvent(), m_CommandIterationUpdate);
 245           registration->SetOptimizer(optimizer);
 246           m_CommandIterationUpdate->SetOptimizer(m_GenericOptimizer);
 247
 248           // Set the previous transform parameters to the registration
 249           // if(m_Initializer->m_Parameters!=NULL )delete m_Initializer->m_Parameters;
 250           m_Initializer->SetInitialParameters(currentCoefficientImages, *newParameters);
 251           registration->SetInitialTransformParametersOfNextLevel(*newParameters);
 252         }
 253       }
 254
 255       void Execute(const itk::Object * , const itk::EventObject & )
 256       { return; }
 257
 258
 259       // Members
 260       void SetInitializer(InitializerPointer i){m_Initializer=i;}
 261       InitializerPointer m_Initializer;
 262
 263       void SetArgsInfo(args_info_clitkBLUTDIR a){m_ArgsInfo=a;}
 264       args_info_clitkBLUTDIR m_ArgsInfo;
 265
 266       void SetCommandIterationUpdate(CommandIterationUpdatePointer c){m_CommandIterationUpdate=c;};
 267       CommandIterationUpdatePointer m_CommandIterationUpdate;
 268
 269       GenericOptimizerPointer m_GenericOptimizer;
 270       void SetMaximize(bool b){m_Maximize=b;}
 271       bool m_Maximize;
 272
 273       GenericMetricPointer m_GenericMetric;
 274       void SetMetricRegion(RegionType i){m_MetricRegion=i;}
 275       RegionType m_MetricRegion;
 276
 277
 278   };
 279
 280   //==============================================================================
 281   // Update with the number of dimensions and pixeltype
 282   //==============================================================================
 283   template<class InputImageType>
 284     void BLUTDIRGenericFilter::UpdateWithInputImageType()
 285     {
 286       if (m_Verbose) std::cout << "BLUTDIRGenericFilter::UpdateWithInputImageType()" << std::endl;
 287
 288       //=============================================================================
 289       //Input
 290       //=============================================================================
 291       bool threadsGiven=m_ArgsInfo.threads_given;
 292       int threads=m_ArgsInfo.threads_arg;
 293       typedef typename InputImageType::PixelType PixelType;
 294
 295       typedef double TCoordRep;
 296
 297       typename InputImageType::Pointer fixedImage = this->template GetInput<InputImageType>(0);
 298
 299       typename InputImageType::Pointer inputFixedImage = this->template GetInput<InputImageType>(0);
 300
 301       // typedef input2
 302       typename InputImageType::Pointer movingImage = this->template GetInput<InputImageType>(1);
 303
 304       typename InputImageType::Pointer inputMovingImage = this->template GetInput<InputImageType>(1);
 305
 306       typedef itk::Image< PixelType,InputImageType::ImageDimension >  FixedImageType;
 307       typedef itk::Image< PixelType, InputImageType::ImageDimension>  MovingImageType;
 308       const unsigned int SpaceDimension = InputImageType::ImageDimension;
 309       //Whatever the pixel type, internally we work with an image represented in float
 310       //Reading reference image
 311       if (m_Verbose) std::cout<<"Reading images..."<<std::endl;
 312       //=======================================================
 313       //Input
 314       //=======================================================
 315       typename FixedImageType::Pointer croppedFixedImage=fixedImage;
 316       //=======================================================
 317       // Regions
 318       //=======================================================
 319       // The original input region
 320       typename FixedImageType::RegionType fixedImageRegion = fixedImage->GetLargestPossibleRegion();
 321
 322       // The transform region with respect to the input region:
 323       // where should the transform be DEFINED (depends on mask)
 324       typename FixedImageType::RegionType transformRegion = fixedImage->GetLargestPossibleRegion();
 325       typename FixedImageType::RegionType::SizeType transformRegionSize=transformRegion.GetSize();
 326       typename FixedImageType::RegionType::IndexType transformRegionIndex=transformRegion.GetIndex();
 327       typename FixedImageType::PointType transformRegionOrigin=fixedImage->GetOrigin();
 328
 329       // The metric region with respect to the extracted transform region:
 330       // where should the metric be CALCULATED (depends on transform)
 331       typename FixedImageType::RegionType metricRegion = fixedImage->GetLargestPossibleRegion();
 332       typename FixedImageType::RegionType::IndexType metricRegionIndex=metricRegion.GetIndex();
 333       typename FixedImageType::PointType metricRegionOrigin=fixedImage->GetOrigin();
 334
 335
 336       //===========================================================================
 337       // If given, we connect a mask to reference or target
 338       //============================================================================
 339       typedef itk::ImageMaskSpatialObject< InputImageType::ImageDimension >   MaskType;
 340       typedef itk::Image< unsigned char, InputImageType::ImageDimension >   ImageLabelType;
 341       typename MaskType::Pointer        fixedMask = NULL;
 342       typename ImageLabelType::Pointer  labels = NULL;
 343       if (m_ArgsInfo.referenceMask_given)
 344       {
 345         fixedMask = MaskType::New();
 346         labels = ImageLabelType::New();
 347         typedef itk::ImageFileReader< ImageLabelType >    LabelReaderType;
 348         typename LabelReaderType::Pointer  labelReader = LabelReaderType::New();
 349         labelReader->SetFileName(m_ArgsInfo.referenceMask_arg);
 350         try
 351         {
 352           labelReader->Update();
 353         }
 354         catch( itk::ExceptionObject & err )
 355         {
 356           std::cerr << "ExceptionObject caught while reading mask or labels !" << std::endl;
 357           std::cerr << err << std::endl;
 358           return;
 359         }
 360         if (m_Verbose)std::cout <<"Reference image mask was read..." <<std::endl;
 361
 362         // Resample labels
 363         typedef itk::ResampleImageFilter<ImageLabelType, ImageLabelType> ResamplerType;
 364         typename ResamplerType::Pointer resampler = ResamplerType::New();
 365         typedef itk::NearestNeighborInterpolateImageFunction<ImageLabelType, TCoordRep> InterpolatorType;
 366         typename InterpolatorType::Pointer interpolator = InterpolatorType::New();
 367         resampler->SetOutputParametersFromImage(fixedImage);
 368         resampler->SetInterpolator(interpolator);
 369         resampler->SetInput(labelReader->GetOutput());
 370         resampler->Update();
 371         labels = resampler->GetOutput();
 372
 373         // Set the image to the spatialObject
 374         fixedMask->SetImage(labels);
 375
 376         // Find the bounding box of the "inside" label
 377         typedef itk::LabelStatisticsImageFilter<ImageLabelType, ImageLabelType> StatisticsImageFilterType;
 378         typename StatisticsImageFilterType::Pointer statisticsImageFilter=StatisticsImageFilterType::New();
 379         statisticsImageFilter->SetInput(labels);
 380         statisticsImageFilter->SetLabelInput(labels);
 381         statisticsImageFilter->Update();
 382         typename StatisticsImageFilterType::BoundingBoxType boundingBox = statisticsImageFilter->GetBoundingBox(1);
 383
 384         // Limit the transform region to the mask
 385         for (unsigned int i=0; i<InputImageType::ImageDimension; i++)
 386         {
 387           transformRegionIndex[i]=boundingBox[2*i];
 388           transformRegionSize[i]=boundingBox[2*i+1]-boundingBox[2*i]+1;
 389         }
 390         transformRegion.SetSize(transformRegionSize);
 391         transformRegion.SetIndex(transformRegionIndex);
 392         fixedImage->TransformIndexToPhysicalPoint(transformRegion.GetIndex(), transformRegionOrigin);
 393
 394         // Crop the fixedImage to the bounding box to facilitate multi-resolution
 395         typedef itk::ExtractImageFilter<FixedImageType,FixedImageType> ExtractImageFilterType;
 396         typename ExtractImageFilterType::Pointer extractImageFilter=ExtractImageFilterType::New();
 397         extractImageFilter->SetDirectionCollapseToSubmatrix();
 398         extractImageFilter->SetInput(fixedImage);
 399         extractImageFilter->SetExtractionRegion(transformRegion);
 400         extractImageFilter->Update();
 401         croppedFixedImage=extractImageFilter->GetOutput();
 402
 403         // Update the metric region
 404         metricRegion = croppedFixedImage->GetLargestPossibleRegion();
 405         metricRegionIndex=metricRegion.GetIndex();
 406         croppedFixedImage->TransformIndexToPhysicalPoint(metricRegionIndex, metricRegionOrigin);
 407
 408         // Set start index to zero (with respect to croppedFixedImage/transform region)
 409         metricRegionIndex.Fill(0);
 410         metricRegion.SetIndex(metricRegionIndex);
 411         croppedFixedImage->SetRegions(metricRegion);
 412         croppedFixedImage->SetOrigin(metricRegionOrigin);
 413       }
 414
 415       typedef itk::ImageMaskSpatialObject< InputImageType::ImageDimension >   MaskType;
 416       typename MaskType::Pointer  movingMask=NULL;
 417       if (m_ArgsInfo.targetMask_given)
 418       {
 419         movingMask= MaskType::New();
 420         typedef itk::Image< unsigned char, InputImageType::ImageDimension >   ImageMaskType;
 421         typedef itk::ImageFileReader< ImageMaskType >    MaskReaderType;
 422         typename MaskReaderType::Pointer  maskReader = MaskReaderType::New();
 423         maskReader->SetFileName(m_ArgsInfo.targetMask_arg);
 424         try
 425         {
 426           maskReader->Update();
 427         }
 428         catch( itk::ExceptionObject & err )
 429         {
 430           std::cerr << "ExceptionObject caught !" << std::endl;
 431           std::cerr << err << std::endl;
 432         }
 433         if (m_Verbose)std::cout <<"Target image mask was read..." <<std::endl;
 434
 435         movingMask->SetImage( maskReader->GetOutput() );
 436       }
 437
 438
 439       //=======================================================
 440       // Output Regions
 441       //=======================================================
 442
 443       if (m_Verbose)
 444       {
 445         // Fixed image region
 446         std::cout<<"The fixed image has its origin at "<<fixedImage->GetOrigin()<<std::endl
 447           <<"The fixed image region starts at index "<<fixedImageRegion.GetIndex()<<std::endl
 448           <<"The fixed image region has size "<< fixedImageRegion.GetSize()<<std::endl;
 449
 450         // Transform region
 451         std::cout<<"The transform has its origin at "<<transformRegionOrigin<<std::endl
 452           <<"The transform region will start at index "<<transformRegion.GetIndex()<<std::endl
 453           <<"The transform region has size "<< transformRegion.GetSize()<<std::endl;
 454
 455         // Metric region
 456         std::cout<<"The metric region has its origin at "<<metricRegionOrigin<<std::endl
 457           <<"The metric region will start at index "<<metricRegion.GetIndex()<<std::endl
 458           <<"The metric region has size "<< metricRegion.GetSize()<<std::endl;
 459
 460       }
 461
 462
 463       //=======================================================
 464       // Pyramids (update them for transform initializer)
 465       //=======================================================
 466       typedef itk::RecursiveMultiResolutionPyramidImageFilter< FixedImageType, FixedImageType>    FixedImagePyramidType;
 467       typedef itk::RecursiveMultiResolutionPyramidImageFilter< MovingImageType, MovingImageType>    MovingImagePyramidType;
 468       typename FixedImagePyramidType::Pointer fixedImagePyramid = FixedImagePyramidType::New();
 469       typename MovingImagePyramidType::Pointer movingImagePyramid = MovingImagePyramidType::New();
 470       fixedImagePyramid->SetUseShrinkImageFilter(false);
 471       fixedImagePyramid->SetInput(croppedFixedImage);
 472       fixedImagePyramid->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
 473       movingImagePyramid->SetUseShrinkImageFilter(false);
 474       movingImagePyramid->SetInput(movingImage);
 475       movingImagePyramid->SetNumberOfLevels(m_ArgsInfo.levels_arg);
 476       if (m_Verbose) std::cout<<"Creating the image pyramid..."<<std::endl;
 477       fixedImagePyramid->Update();
 478       movingImagePyramid->Update();
 479       typedef clitk::MultiResolutionPyramidRegionFilter<FixedImageType> FixedImageRegionPyramidType;
 480       typename FixedImageRegionPyramidType::Pointer fixedImageRegionPyramid=FixedImageRegionPyramidType::New();
 481       fixedImageRegionPyramid->SetRegion(metricRegion);
 482       fixedImageRegionPyramid->SetSchedule(fixedImagePyramid->GetSchedule());
 483
 484
 485       //=======================================================
 486       // Rigid or Affine Transform
 487       //=======================================================
 488       typedef itk::AffineTransform <double,3> RigidTransformType;
 489       RigidTransformType::Pointer rigidTransform=NULL;
 490       if (m_ArgsInfo.initMatrix_given)
 491       {
 492         if(m_Verbose) std::cout<<"Reading the prior transform matrix "<< m_ArgsInfo.initMatrix_arg<<"..."<<std::endl;
 493         rigidTransform=RigidTransformType::New();
 494         itk::Matrix<double,4,4> rigidTransformMatrix=clitk::ReadMatrix3D(m_ArgsInfo.initMatrix_arg);
 495
 496         //Set the rotation
 497         itk::Matrix<double,3,3> finalRotation = clitk::GetRotationalPartMatrix3D(rigidTransformMatrix);
 498         rigidTransform->SetMatrix(finalRotation);
 499
 500         //Set the translation
 501         itk::Vector<double,3> finalTranslation = clitk::GetTranslationPartMatrix3D(rigidTransformMatrix);
 502         rigidTransform->SetTranslation(finalTranslation);
 503       }
 504       else if (m_ArgsInfo.centre_flag)
 505       {
 506         if(m_Verbose) std::cout<<"No itinial matrix given and \"centre\" flag switched on. Centering all images..."<<std::endl;
 507
 508         rigidTransform=RigidTransformType::New();
 509
 510         typedef itk::CenteredTransformInitializer<RigidTransformType, FixedImageType, MovingImageType > TransformInitializerType;
 511         typename TransformInitializerType::Pointer initializer = TransformInitializerType::New();
 512         initializer->SetTransform( rigidTransform );
 513         initializer->SetFixedImage( fixedImage );
 514         initializer->SetMovingImage( movingImage );
 515         initializer->GeometryOn();
 516         initializer->InitializeTransform();
 517       }
 518
 519
 520       //=======================================================
 521       // B-LUT FFD Transform
 522       //=======================================================
 523       typedef  clitk::MultipleBSplineDeformableTransform<TCoordRep,InputImageType::ImageDimension, SpaceDimension > TransformType;
 524       typename TransformType::Pointer transform = TransformType::New();
 525       if (labels) transform->SetLabels(labels);
 526       if (rigidTransform) transform->SetBulkTransform(rigidTransform);
 527
 528       //-------------------------------------------------------------------------
 529       // The transform initializer
 530       //-------------------------------------------------------------------------
 531       typedef clitk::MultipleBSplineDeformableTransformInitializer< TransformType,FixedImageType> InitializerType;
 532       typename InitializerType::Pointer initializer = InitializerType::New();
 533       initializer->SetVerbose(m_Verbose);
 534       initializer->SetImage(fixedImagePyramid->GetOutput(0));
 535       initializer->SetTransform(transform);
 536
 537       //-------------------------------------------------------------------------
 538       // Order
 539       //-------------------------------------------------------------------------
 540       typename FixedImageType::RegionType::SizeType splineOrders ;
 541       splineOrders.Fill(3);
 542       if (m_ArgsInfo.order_given)
 543         for(unsigned int i=0; i<InputImageType::ImageDimension;i++)
 544           splineOrders[i]=m_ArgsInfo.order_arg[i];
 545       if (m_Verbose) std::cout<<"Setting the spline orders  to "<<splineOrders<<"..."<<std::endl;
 546       initializer->SetSplineOrders(splineOrders);
 547
 548       //-------------------------------------------------------------------------
 549       // Levels
 550       //-------------------------------------------------------------------------
 551
 552       // Spacing
 553       if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 554       {
 555         initializer->m_ControlPointSpacingArray.resize(m_ArgsInfo.levels_arg);
 556         initializer->SetControlPointSpacing(m_ArgsInfo.spacing_arg);
 557         initializer->m_ControlPointSpacingArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1]=initializer->m_ControlPointSpacing;
 558         if (m_Verbose) std::cout<<"Using a control point spacing of "<<initializer->m_ControlPointSpacingArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1]
 559           <<" at level "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<" of "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 560
 561         for (int i=1; i<m_ArgsInfo.levels_arg; i++ )
 562         {
 563           initializer->m_ControlPointSpacingArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1-i]=initializer->m_ControlPointSpacingArray[m_ArgsInfo.levels_arg-i]*2;
 564           if (m_Verbose) std::cout<<"Using a control point spacing of "<<initializer->m_ControlPointSpacingArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1-i]
 565             <<" at level "<<m_ArgsInfo.levels_arg-i<<" of "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 566         }
 567
 568       }
 569
 570       // Control
 571       if (m_ArgsInfo.control_given)
 572       {
 573         initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray.resize(m_ArgsInfo.levels_arg);
 574         initializer->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(m_ArgsInfo.control_arg);
 575         initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1]=initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImage;
 576         if (m_Verbose) std::cout<<"Using "<< initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1]<<"control points inside the image"
 577           <<" at level "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<" of "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 578
 579         for (int i=1; i<m_ArgsInfo.levels_arg; i++ )
 580         {
 581           for(unsigned int j=0;j<InputImageType::ImageDimension;j++)
 582             initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1-i][j]=ceil ((double)initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-i][j]/2.);
 583           //        initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1-i]=ceil ((double)initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-i]/2.);
 584           if (m_Verbose) std::cout<<"Using "<< initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[m_ArgsInfo.levels_arg-1-i]<<"control points inside the image"
 585             <<" at level "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<" of "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 586
 587         }
 588       }
 589
 590       // Inialize on the first level
 591       if (m_ArgsInfo.verbose_flag) std::cout<<"Initializing transform for level 1 of "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 592       if (m_ArgsInfo.spacing_given) initializer->SetControlPointSpacing(        initializer->m_ControlPointSpacingArray[0]);
 593       if (m_ArgsInfo.control_given) initializer->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(initializer->m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray[0]);
 594       if (m_ArgsInfo.samplingFactor_given) initializer->SetSamplingFactors(m_ArgsInfo.samplingFactor_arg);
 595
 596       // Initialize
 597       initializer->InitializeTransform();
 598
 599       //-------------------------------------------------------------------------
 600       // Initial parameters (passed by reference)
 601       //-------------------------------------------------------------------------
 602       typedef typename TransformType::ParametersType     ParametersType;
 603       const unsigned int numberOfParameters =    transform->GetNumberOfParameters();
 604       ParametersType parameters(numberOfParameters);
 605       parameters.Fill( 0.0 );
 606       transform->SetParameters( parameters );
 607       if (m_ArgsInfo.initCoeff_given) initializer->SetInitialParameters(m_ArgsInfo.initCoeff_arg, parameters);
 608
 609       //-------------------------------------------------------------------------
 610       // DEBUG: use an itk BSpline instead of multilabel BLUTs
 611       //-------------------------------------------------------------------------
 612       typedef itk::Transform< TCoordRep, 3, 3 > RegistrationTransformType;
 613       RegistrationTransformType::Pointer regTransform(transform);
 614       typedef itk::BSplineDeformableTransform<TCoordRep,SpaceDimension, 3> SingleBSplineTransformType;
 615       typename SingleBSplineTransformType::Pointer sTransform;
 616       if(m_ArgsInfo.itkbspline_flag) {
 617         if( transform->GetTransforms().size()>1)
 618           itkExceptionMacro(<< "invalid --itkbspline option if there is more than 1 label")
 619         sTransform = SingleBSplineTransformType::New();
 620         sTransform->SetBulkTransform( transform->GetTransforms()[0]->GetBulkTransform() );
 621         sTransform->SetGridSpacing( transform->GetTransforms()[0]->GetGridSpacing() );
 622         sTransform->SetGridOrigin( transform->GetTransforms()[0]->GetGridOrigin() );
 623         sTransform->SetGridRegion( transform->GetTransforms()[0]->GetGridRegion() );
 624         sTransform->SetParameters( transform->GetTransforms()[0]->GetParameters() );
 625         regTransform = sTransform;
 626         transform = NULL; // free memory
 627       }
 628
 629       //=======================================================
 630       // Interpolator
 631       //=======================================================
 632       typedef clitk::GenericInterpolator<args_info_clitkBLUTDIR, FixedImageType, TCoordRep > GenericInterpolatorType;
 633       typename   GenericInterpolatorType::Pointer genericInterpolator=GenericInterpolatorType::New();
 634       genericInterpolator->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 635       typedef itk::InterpolateImageFunction< FixedImageType, TCoordRep >  InterpolatorType;
 636       typename  InterpolatorType::Pointer interpolator=genericInterpolator->GetInterpolatorPointer();
 637
 638
 639       //=======================================================
 640       // Metric
 641       //=======================================================
 642       typedef clitk::GenericMetric<args_info_clitkBLUTDIR, FixedImageType,MovingImageType > GenericMetricType;
 643       typename GenericMetricType::Pointer genericMetric=GenericMetricType::New();
 644       genericMetric->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 645       genericMetric->SetFixedImage(fixedImagePyramid->GetOutput(0));
 646       if (fixedMask) genericMetric->SetFixedImageMask(fixedMask);
 647       genericMetric->SetFixedImageRegion(fixedImageRegionPyramid->GetOutput(0));
 648       typedef itk::ImageToImageMetric< FixedImageType, MovingImageType >  MetricType;
 649       typename  MetricType::Pointer metric=genericMetric->GetMetricPointer();
 650       if (movingMask) metric->SetMovingImageMask(movingMask);
 651       if (threadsGiven) {
 652         metric->SetNumberOfThreads( threads );
 653         if (m_Verbose) std::cout<< "Using " << threads << " threads." << std::endl;
 654       }
 655
 656       //=======================================================
 657       // Optimizer
 658       //=======================================================
 659       typedef clitk::GenericOptimizer<args_info_clitkBLUTDIR> GenericOptimizerType;
 660       GenericOptimizerType::Pointer genericOptimizer = GenericOptimizerType::New();
 661       genericOptimizer->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 662       genericOptimizer->SetMaximize(genericMetric->GetMaximize());
 663       genericOptimizer->SetNumberOfParameters(regTransform->GetNumberOfParameters());
 664       typedef itk::SingleValuedNonLinearOptimizer OptimizerType;
 665       OptimizerType::Pointer optimizer = genericOptimizer->GetOptimizerPointer();
 666
 667
 668       //=======================================================
 669       // Registration
 670       //=======================================================
 671       typedef itk::MultiResolutionImageRegistrationMethod<  FixedImageType, MovingImageType >    RegistrationType;
 672       typename RegistrationType::Pointer   registration  = RegistrationType::New();
 673       registration->SetMetric(        metric        );
 674       registration->SetOptimizer(     optimizer     );
 675       registration->SetInterpolator(  interpolator  );
 676       registration->SetTransform (regTransform );
 677       if(threadsGiven) {
 678         registration->SetNumberOfThreads(threads);
 679         if (m_Verbose) std::cout<< "Using " << threads << " threads." << std::endl;
 680       }
 681       registration->SetFixedImage(  croppedFixedImage   );
 682       registration->SetMovingImage(  movingImage   );
 683       registration->SetFixedImageRegion( metricRegion );
 684       registration->SetFixedImagePyramid( fixedImagePyramid );
 685       registration->SetMovingImagePyramid( movingImagePyramid );
 686       registration->SetInitialTransformParameters( regTransform->GetParameters() );
 687       registration->SetNumberOfLevels( m_ArgsInfo.levels_arg );
 688       if (m_Verbose) std::cout<<"Setting the number of resolution levels to "<<m_ArgsInfo.levels_arg<<"..."<<std::endl;
 689
 690
 691       //================================================================================================
 692       // Observers
 693       //================================================================================================
 694       if (m_Verbose)
 695       {
 696         // Output iteration info
 697         CommandIterationUpdate::Pointer observer = CommandIterationUpdate::New();
 698         observer->SetOptimizer(genericOptimizer);
 699         optimizer->AddObserver( itk::IterationEvent(), observer );
 700
 701         // Output level info
 702         typedef RegistrationInterfaceCommand<RegistrationType,args_info_clitkBLUTDIR> CommandType;
 703         typename CommandType::Pointer command = CommandType::New();
 704         command->SetInitializer(initializer);
 705         command->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 706         command->SetCommandIterationUpdate(observer);
 707         command->SetMaximize(genericMetric->GetMaximize());
 708         command->SetMetricRegion(metricRegion);
 709         registration->AddObserver( itk::IterationEvent(), command );
 710
 711         if (m_ArgsInfo.coeff_given)
 712         {
 713           if(m_ArgsInfo.itkbspline_flag) {
 714             itkExceptionMacro("--coeff and --itkbpline are incompatible");
 715           }
 716
 717           std::cout << std::endl << "Output coefficient images every " << m_ArgsInfo.coeffEveryN_arg << " iterations." << std::endl;
 718           typedef CommandIterationUpdateDVF<FixedImageType, OptimizerType, TransformType> DVFCommandType;
 719           typename DVFCommandType::Pointer observerdvf = DVFCommandType::New();
 720           observerdvf->SetFixedImage(fixedImage);
 721           observerdvf->SetTransform(transform);
 722           observerdvf->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
 723           optimizer->AddObserver( itk::IterationEvent(), observerdvf );
 724         }
 725       }
 726
 727
 728       //=======================================================
 729       // Let's go
 730       //=======================================================
 731       if (m_Verbose) std::cout << std::endl << "Starting Registration" << std::endl;
 732
 733       try
 734       {
 735         registration->Update();
 736       }
 737       catch( itk::ExceptionObject & err )
 738       {
 739         std::cerr << "ExceptionObject caught while registering!" << std::endl;
 740         std::cerr << err << std::endl;
 741         return;
 742       }
 743
 744
 745       //=======================================================
 746       // Get the result
 747       //=======================================================
 748       OptimizerType::ParametersType finalParameters =  registration->GetLastTransformParameters();
 749       regTransform->SetParameters( finalParameters );
 750       if (m_Verbose)
 751       {
 752         std::cout<<"Stop condition description: "
 753           <<registration->GetOptimizer()->GetStopConditionDescription()<<std::endl;
 754       }
 755
 756
 757       //=======================================================
 758       // Get the BSpline coefficient images and write them
 759       //=======================================================
 760       if (m_ArgsInfo.coeff_given)
 761       {
 762         typedef typename TransformType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
 763         std::vector<typename CoefficientImageType::Pointer> coefficientImages = transform->GetCoefficientImages();
 764         typedef itk::ImageFileWriter<CoefficientImageType> CoeffWriterType;
 765         typename CoeffWriterType::Pointer coeffWriter = CoeffWriterType::New();
 766         unsigned nLabels = transform->GetnLabels();
 767
 768         std::string fname(m_ArgsInfo.coeff_arg);
 769         int dotpos = fname.length() - 1;
 770         while (dotpos >= 0 && fname[dotpos] != '.')
 771           dotpos--;
 772
 773         for (unsigned i = 0; i < nLabels; ++i)
 774         {
 775           std::ostringstream osfname;
 776           osfname << fname.substr(0, dotpos) << '_' << i << fname.substr(dotpos);
 777           coeffWriter->SetInput(coefficientImages[i]);
 778           coeffWriter->SetFileName(osfname.str());
 779           coeffWriter->Update();
 780         }
 781       }
 782
 783
 784
 785       //=======================================================
 786       // Compute the DVF (only deformable transform)
 787       //=======================================================
 788       typedef itk::Vector< float, SpaceDimension >  DisplacementType;
 789       typedef itk::Image< DisplacementType, InputImageType::ImageDimension >  DisplacementFieldType;
 790 #if (ITK_VERSION_MAJOR == 4) && (ITK_VERSION_MINOR < 6)
 791       typedef itk::TransformToDisplacementFieldSource<DisplacementFieldType, double> ConvertorType;
 792 #else
 793       typedef itk::TransformToDisplacementFieldFilter<DisplacementFieldType, double> ConvertorType;
 794 #endif
 795       typename ConvertorType::Pointer filter= ConvertorType::New();
 796       filter->SetNumberOfThreads(1);
 797       if(m_ArgsInfo.itkbspline_flag)
 798         sTransform->SetBulkTransform(NULL);
 799       else
 800         transform->SetBulkTransform(NULL);
 801       filter->SetTransform(regTransform);
 802 #if ITK_VERSION_MAJOR > 4 || (ITK_VERSION_MAJOR == 4 && ITK_VERSION_MINOR >= 6)
 803       filter->SetReferenceImage(fixedImage);
 804 #else
 805       filter->SetOutputParametersFromImage(fixedImage);
 806 #endif
 807       filter->Update();
 808       typename DisplacementFieldType::Pointer field = filter->GetOutput();
 809
 810
 811       //=======================================================
 812       // Write the DVF
 813       //=======================================================
 814       typedef itk::ImageFileWriter< DisplacementFieldType >  FieldWriterType;
 815       typename FieldWriterType::Pointer fieldWriter = FieldWriterType::New();
 816       fieldWriter->SetFileName( m_ArgsInfo.vf_arg );
 817       fieldWriter->SetInput( field );
 818       try
 819       {
 820         fieldWriter->Update();
 821       }
 822       catch( itk::ExceptionObject & excp )
 823       {
 824         std::cerr << "Exception thrown writing the DVF" << std::endl;
 825         std::cerr << excp << std::endl;
 826         return;
 827       }
 828
 829
 830       //=======================================================
 831       // Resample the moving image
 832       //=======================================================
 833       typedef itk::ResampleImageFilter< MovingImageType, FixedImageType >    ResampleFilterType;
 834       typename ResampleFilterType::Pointer resampler = ResampleFilterType::New();
 835       if (rigidTransform) {
 836         if(m_ArgsInfo.itkbspline_flag)
 837           sTransform->SetBulkTransform(rigidTransform);
 838         else
 839           transform->SetBulkTransform(rigidTransform);
 840       }
 841       resampler->SetTransform( regTransform );
 842       resampler->SetInput( movingImage);
 843       resampler->SetOutputParametersFromImage(fixedImage);
 844       resampler->Update();
 845       typename FixedImageType::Pointer result=resampler->GetOutput();
 846
 847       //     typedef itk::WarpImageFilter< MovingImageType, FixedImageType, DeformationFieldType >    WarpFilterType;
 848       //     typename WarpFilterType::Pointer warp = WarpFilterType::New();
 849
 850       //     warp->SetDeformationField( field );
 851       //     warp->SetInput( movingImageReader->GetOutput() );
 852       //     warp->SetOutputOrigin(  fixedImage->GetOrigin() );
 853       //     warp->SetOutputSpacing( fixedImage->GetSpacing() );
 854       //     warp->SetOutputDirection( fixedImage->GetDirection() );
 855       //     warp->SetEdgePaddingValue( 0.0 );
 856       //     warp->Update();
 857
 858
 859       //=======================================================
 860       // Write the warped image
 861       //=======================================================
 862       typedef itk::ImageFileWriter< FixedImageType >  WriterType;
 863       typename WriterType::Pointer      writer =  WriterType::New();
 864       writer->SetFileName( m_ArgsInfo.output_arg );
 865       writer->SetInput( result    );
 866
 867       try
 868       {
 869         writer->Update();
 870       }
 871       catch( itk::ExceptionObject & err )
 872       {
 873         std::cerr << "ExceptionObject caught !" << std::endl;
 874         std::cerr << err << std::endl;
 875         return;
 876       }
 877
 878
 879       //=======================================================
 880       // Calculate the difference after the deformable transform
 881       //=======================================================
 882       typedef clitk::DifferenceImageFilter<  FixedImageType, FixedImageType> DifferenceFilterType;
 883       if (m_ArgsInfo.after_given)
 884       {
 885         typename DifferenceFilterType::Pointer difference = DifferenceFilterType::New();
 886         difference->SetValidInput( fixedImage );
 887         difference->SetTestInput( result );
 888
 889         try
 890         {
 891           difference->Update();
 892         }
 893         catch( itk::ExceptionObject & err )
 894         {
 895           std::cerr << "ExceptionObject caught calculating the difference !" << std::endl;
 896           std::cerr << err << std::endl;
 897           return;
 898         }
 899
 900         typename WriterType::Pointer differenceWriter=WriterType::New();
 901         differenceWriter->SetInput(difference->GetOutput());
 902         differenceWriter->SetFileName(m_ArgsInfo.after_arg);
 903         differenceWriter->Update();
 904
 905       }
 906
 907
 908       //=======================================================
 909       // Calculate the difference before the deformable transform
 910       //=======================================================
 911       if( m_ArgsInfo.before_given )
 912       {
 913
 914         typename FixedImageType::Pointer moving=FixedImageType::New();
 915         if (m_ArgsInfo.initMatrix_given)
 916         {
 917           typedef itk::ResampleImageFilter<MovingImageType, FixedImageType> ResamplerType;
 918           typename ResamplerType::Pointer resampler=ResamplerType::New();
 919           resampler->SetInput(movingImage);
 920           resampler->SetOutputOrigin(fixedImage->GetOrigin());
 921           resampler->SetSize(fixedImage->GetLargestPossibleRegion().GetSize());
 922           resampler->SetOutputSpacing(fixedImage->GetSpacing());
 923           resampler->SetDefaultPixelValue( 0. );
 924           if (rigidTransform ) resampler->SetTransform(rigidTransform);
 925           resampler->Update();
 926           moving=resampler->GetOutput();
 927         }
 928         else
 929           moving=movingImage;
 930
 931         typename DifferenceFilterType::Pointer difference = DifferenceFilterType::New();
 932         difference->SetValidInput( fixedImage );
 933         difference->SetTestInput( moving );
 934
 935         try
 936         {
 937           difference->Update();
 938         }
 939         catch( itk::ExceptionObject & err )
 940         {
 941           std::cerr << "ExceptionObject caught calculating the difference !" << std::endl;
 942           std::cerr << err << std::endl;
 943           return;
 944         }
 945
 946         typename WriterType::Pointer differenceWriter=WriterType::New();
 947         writer->SetFileName( m_ArgsInfo.before_arg  );
 948         writer->SetInput( difference->GetOutput()  );
 949         writer->Update( );
 950       }
 951
 952       return;
 953
 954     }
 955 }//end clitk
 956
 957 #endif // #define clitkBLUTDIRGenericFilter_txx