registration/clitkBLUTDIRGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkBLUTDIRGenericFilter_h
  19 #define clitkBLUTDIRGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkBLUTDIRGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk
  32 #include "clitkBLUTDIR_ggo.h"
  33 #include "clitkIO.h"
  34 #include "clitkImageCommon.h"
  35 #include "clitkDifferenceImageFilter.h"
  36 #include "clitkTransformUtilities.h"
  37 #include "clitkLBFGSBOptimizer.h"
  38 #include "clitkBSplineDeformableTransform.h"
  39 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  40 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  41 #include "clitkGenericMetric.h"
  42 #include "clitkBSplineDeformableTransformInitializer.h"
  43 #include "clitkMultiResolutionPyramidRegionFilter.h"
  44
  45 // itk include
  46 #include "itkMultiResolutionImageRegistrationMethod.h"
  47 #include "itkMultiResolutionPyramidImageFilter.h"
  48 #include "itkImage.h"
  49 #include "itkImageFileReader.h"
  50 #include "itkImageFileWriter.h"
  51 #include "itkResampleImageFilter.h"
  52 #include "itkCommand.h"
  53 #include "itkImageMaskSpatialObject.h"
  54 #include "itkEuler3DTransform.h"
  55 #include "itkWarpImageFilter.h"
  56 #include "itkLightObject.h"
  57 #include "itkImageToImageMetric.h"
  58 #include "itkInterpolateImageFunction.h"
  59 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  60 #include "itkImageDuplicator.h"
  61 #include "itkExtractImageFilter.h"
  62 #include "itkTransformToDeformationFieldSource.h"
  63
  64 namespace clitk
  65 {
  66
  67
  68   class ITK_EXPORT BLUTDIRGenericFilter : public itk::LightObject
  69   {
  70   public:
  71     //----------------------------------------
  72     // ITK
  73     //----------------------------------------
  74     typedef BLUTDIRGenericFilter                   Self;
  75     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  76     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  77     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  78
  79     // Method for creation through the object factory
  80     itkNewMacro(Self);
  81
  82     // Run-time type information (and related methods)
  83     itkTypeMacro( BLUTDIRGenericFilter, LightObject );
  84
  85
  86     //----------------------------------------
  87     // Typedefs
  88     //----------------------------------------
  89
  90
  91     //----------------------------------------
  92     // Set & Get
  93     //----------------------------------------
  94     void SetArgsInfo(const args_info_clitkBLUTDIR & a)
  95     {
  96       m_ArgsInfo=a;
  97       m_ReferenceFileName=m_ArgsInfo.reference_arg;
  98       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  99     }
 100
 101
 102     //----------------------------------------
 103     // Update
 104     //----------------------------------------
 105     void Update();
 106
 107   protected:
 108
 109     //----------------------------------------
 110     // Constructor & Destructor
 111     //----------------------------------------
 112     BLUTDIRGenericFilter();
 113     ~BLUTDIRGenericFilter() {};
 114
 115
 116     //----------------------------------------
 117     // Templated members
 118     //----------------------------------------
 119     template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 120     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 121
 122
 123     //----------------------------------------
 124     // Data members
 125     //----------------------------------------
 126     args_info_clitkBLUTDIR m_ArgsInfo;
 127     bool m_Verbose;
 128     std::string m_ReferenceFileName;
 129
 130   };
 131
 132
 133 } // end namespace clitk
 134
 135 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 136 #include "clitkBLUTDIRGenericFilter.txx"
 137 #endif
 138
 139 #endif // #define clitkBLUTDIRGenericFilter_h