registration/clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef _clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter_h
  19 #define _clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter_h
  20 /**
  21    =================================================
  22    * @file   clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.h
  23    * @author Jef Vandemeulebroucke <jef@creatis.insa-lyon.fr>
  24    * @date   14 March 2009
  25    *
  26    * @brief
  27    *
  28    =================================================*/
  29
  30 // clitk
  31 #include "clitkBSplineDeformableRegistration_ggo.h"
  32 #include "clitkIO.h"
  33 #include "clitkImageCommon.h"
  34 #include "clitkDifferenceImageFilter.h"
  35 #include "clitkTransformUtilities.h"
  36 #include "clitkLBFGSBOptimizer.h"
  37 #include "clitkBSplineDeformableTransform.h"
  38 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  39 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  40 #include "clitkGenericMetric.h"
  41
  42 // itk include
  43 #include "itkMultiResolutionImageRegistrationMethod.h"
  44 #include "itkMultiResolutionPyramidImageFilter.h"
  45 #include "itkImage.h"
  46 #include "itkBSplineDeformableTransform.h"
  47 #include "itkImageFileReader.h"
  48 #include "itkImageFileWriter.h"
  49 #include "itkResampleImageFilter.h"
  50 #include "itkCommand.h"
  51 #include "itkImageMaskSpatialObject.h"
  52 #include "itkEuler3DTransform.h"
  53 #include "itkWarpImageFilter.h"
  54 #include "itkLightObject.h"
  55 #include "itkImageToImageMetric.h"
  56 #include "itkInterpolateImageFunction.h"
  57 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  58
  59
  60 namespace clitk
  61 {
  62
  63   class ITK_EXPORT BSplineDeformableRegistrationGenericFilter : public itk::LightObject
  64
  65   {
  66   public:
  67     typedef BSplineDeformableRegistrationGenericFilter  Self;
  68     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  69     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  70     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  71
  72     /** Method for creation through the object factory. */
  73     itkNewMacro(Self);
  74
  75     /** Run-time type information (and related methods) */
  76     itkTypeMacro( BSplineDeformableRegistrationGenericFilter, LightObject );
  77
  78
  79     //====================================================================
  80     // Set methods
  81     void SetArgsInfo(const args_info_clitkBSplineDeformableRegistration& a)
  82     {
  83       m_ArgsInfo=a;
  84       m_ReferenceFileName=m_ArgsInfo.reference_arg;
  85       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  86     }
  87
  88     //====================================================================
  89     // Update
  90     virtual void Update();
  91
  92   protected:
  93     //const char * GetNameOfClass() const { return "BSplineDeformableRegistrationGenericFilter"; }
  94
  95     //====================================================================
  96     // Constructor & Destructor
  97     BSplineDeformableRegistrationGenericFilter();
  98     ~BSplineDeformableRegistrationGenericFilter(){;}
  99
 100     //====================================================================
 101     //Protected member functions
 102     template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 103     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 104
 105     args_info_clitkBSplineDeformableRegistration m_ArgsInfo;
 106     bool m_Verbose;
 107     std::string m_ReferenceFileName;
 108
 109   };
 110
 111 } // end namespace clitk
 112 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 113 #include "clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter.txx"
 114 #endif
 115
 116 #endif //#define _clitkBSplineDeformableRegistrationGenericFilter_h
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