registration/clitkBSplineDeformableTransform.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkBSplineDeformableTransform_h
  19 #define __clitkBSplineDeformableTransform_h
  20 #include "clitkVectorBSplineResampleImageFunctionWithLUT.h"
  21
  22 //itk include
  23 #include "itkTransform.h"
  24 #include "itkImage.h"
  25 #include "itkImageRegion.h"
  26 #include "itkSpatialObject.h"
  27
  28 namespace clitk
  29 {
  30   // Forward declaration needed for friendship
  31   template <class TCoordRep, unsigned int NInputDimensions, unsigned int NOutputDimensions>
  32   class ITK_EXPORT MultipleBSplineDeformableTransform;
  33
  34   template <
  35     class TCoordRep = double,               // Data type for scalars, coordinate representation,vectors
  36     unsigned int NInputDimensions = 3,        // Number of input dimensions
  37     unsigned int NOutputDimensions = 3 >      // Number of output dimensions
  38   class ITK_EXPORT BSplineDeformableTransform :
  39     public itk::Transform< TCoordRep, NInputDimensions, NOutputDimensions >
  40   {
  41   public:
  42
  43     //====================================================================
  44     // Typedefs
  45     //====================================================================
  46     typedef BSplineDeformableTransform                         Self;
  47     typedef itk::Transform< TCoordRep, NInputDimensions, NOutputDimensions > Superclass;
  48     typedef itk::SmartPointer<Self>                                 Pointer;
  49     typedef itk::SmartPointer<const Self>                           ConstPointer;
  50
  51     /** New macro for creation of through the object factory.*/
  52     itkNewMacro( Self );
  53
  54     /** Run-time type information (and related methods). */
  55     itkTypeMacro( BSplineDeformableTransform, Transform );
  56
  57     /** Dimension of the domain space. */
  58     itkStaticConstMacro(OutputDimension, unsigned int, NOutputDimensions);
  59
  60     /** Dimension of the input model. */
  61     itkStaticConstMacro(InputDimension, unsigned int, NInputDimensions);
  62
  63     /** Standard scalar type for this class. */
  64     typedef typename Superclass::ScalarType ScalarType;
  65
  66     /** Standard parameters container. */
  67     typedef typename Superclass::ParametersType ParametersType;
  68 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  69     typedef typename Superclass::NumberOfParametersType NumberOfParametersType;
  70 #endif
  71
  72     /** Standard Jacobian container. */
  73     typedef typename Superclass::JacobianType JacobianType;
  74
  75     /** Standard vector type for this class. */
  76     typedef itk::Vector<TCoordRep,
  77                         InputDimension> InputVectorType;
  78     typedef itk::Vector<TCoordRep,
  79                         OutputDimension> OutputVectorType;
  80
  81     /** Standard covariant vector type for this class. */
  82     typedef itk::CovariantVector<TCoordRep,
  83                                  InputDimension> InputCovariantVectorType;
  84     typedef itk::CovariantVector<TCoordRep,
  85                                  OutputDimension> OutputCovariantVectorType;
  86
  87     /** Standard vnl_vector type for this class. */
  88     typedef vnl_vector_fixed<TCoordRep,
  89                              InputDimension> InputVnlVectorType;
  90     typedef vnl_vector_fixed<TCoordRep,
  91                              OutputDimension> OutputVnlVectorType;
  92
  93     /** Standard coordinate point type for this class. */
  94     typedef itk::Point<TCoordRep,
  95                        InputDimension> InputPointType;
  96     typedef itk::Point<TCoordRep,
  97                        OutputDimension> OutputPointType;
  98
  99     //JV Parameters as images with OutputDimension number of components per Pixel
 100     typedef typename ParametersType::ValueType                          ParametersValueType;
 101     typedef typename itk::Vector<ParametersValueType, OutputDimension>  PixelType;
 102     typedef itk::Image<PixelType, InputDimension>                       CoefficientImageType;
 103     typedef typename CoefficientImageType::Pointer                      CoefficientImagePointer;
 104
 105
 106     /** Typedefs for specifying the extend to the grid. */
 107     typedef itk::ImageRegion<InputDimension>                RegionType;
 108     typedef typename RegionType::IndexType                  IndexType;
 109     typedef typename RegionType::SizeType                   SizeType;
 110     typedef typename CoefficientImageType::SpacingType      SpacingType;
 111     typedef typename CoefficientImageType::DirectionType    DirectionType;
 112     typedef typename CoefficientImageType::PointType        OriginType;
 113     typedef itk::ContinuousIndex<TCoordRep, InputDimension> ContinuousIndexType;
 114
 115     //JV added for the BLUT interpolator
 116     //typedef itk::Vector<TCoordRep, InputDimension> OutputSpacingType;
 117
 118     //JV m_VectorInterpolator
 119     typedef VectorBSplineResampleImageFunctionWithLUT
 120     <CoefficientImageType, TCoordRep> VectorInterpolatorType;
 121     typedef  typename  VectorInterpolatorType::CoefficientDataType CoefficientDataType;
 122     typedef  typename  VectorInterpolatorType::CoefficientDataType WeightsDataType;
 123
 124     /** Typedef of the bulk transform. */
 125     typedef itk::Transform<ScalarType, InputDimension, OutputDimension> BulkTransformType;
 126     typedef BulkTransformType*                  BulkTransformPointer;
 127
 128     /** Typedef of the mask */
 129     typedef itk::SpatialObject<  InputDimension >   MaskType;
 130     typedef MaskType*    MaskPointer;
 131
 132     //====================================================================
 133     // Set et Gets
 134     //====================================================================
 135     //JV  added for the BLUT interpolator
 136     void SetSplineOrder(const unsigned int &  splineOrder);
 137     void SetSplineOrders(const SizeType &  splineOrders);
 138     itkGetMacro( SplineOrders, SizeType );
 139     itkGetConstMacro( SplineOrders, SizeType );
 140     void SetLUTSamplingFactor(const int &  samplingFactor);
 141     void SetLUTSamplingFactors(const SizeType &  samplingFactors);
 142     itkGetMacro( LUTSamplingFactors, SizeType );
 143     itkGetConstMacro( LUTSamplingFactors,SizeType );
 144     //void SetOutputSpacing(const OutputSpacingType & outputSpacing);
 145     //itkGetMacro( OutputSpacing, OutputSpacingType );
 146     //itkGetConstMacro( OutputSpacing, OutputSpacingType );
 147
 148     void SetParameters(const ParametersType & parameters);
 149
 150     void SetFixedParameters(const ParametersType & parameters);
 151
 152     void SetParametersByValue(const ParametersType & parameters);
 153
 154     void SetIdentity();
 155
 156     /** Get the Transformation Parameters. */
 157     virtual const ParametersType& GetParameters(void) const;
 158
 159     /** Get the Transformation Fixed Parameters. */
 160     virtual const ParametersType& GetFixedParameters(void) const;
 161
 162     // The coefficientImage
 163     virtual CoefficientImagePointer GetCoefficientImage()
 164     { return m_CoefficientImage; }
 165     virtual const CoefficientImagePointer  GetCoefficientImage() const
 166     { return m_CoefficientImage; }
 167     virtual void SetCoefficientImage(CoefficientImagePointer image);
 168
 169     /** This method specifies the region over which the grid resides. */
 170     virtual void SetGridRegion( const RegionType& region );
 171     itkGetMacro( GridRegion, RegionType );
 172     itkGetConstMacro( GridRegion, RegionType );
 173
 174     /** This method specifies the grid spacing or resolution. */
 175     virtual void SetGridSpacing( const SpacingType& spacing );
 176     itkGetMacro( GridSpacing, SpacingType );
 177     itkGetConstMacro( GridSpacing, SpacingType );
 178
 179     /** This method specifies the grid directions . */
 180     virtual void SetGridDirection( const DirectionType & spacing );
 181     itkGetMacro( GridDirection, DirectionType );
 182     itkGetConstMacro( GridDirection, DirectionType );
 183
 184     /** This method specifies the grid origin. */
 185     virtual void SetGridOrigin( const OriginType& origin );
 186     itkGetMacro( GridOrigin, OriginType );
 187     itkGetConstMacro( GridOrigin, OriginType );
 188
 189     // Set the bulk transform, real pointer
 190     // itkSetConstObjectMacro( BulkTransform, BulkTransformType );
 191     // itkGetConstObjectMacro( BulkTransform, BulkTransformType );
 192     void SetBulkTransform(BulkTransformPointer b){m_BulkTransform=b;}
 193     BulkTransformPointer GetBulkTransform(void) {return m_BulkTransform;}
 194
 195     // Set mask, inside transform applies, outside zero, real pointer
 196     void SetMask(MaskPointer m){m_Mask=m;}
 197     MaskPointer GetMask(void){return m_Mask;}
 198     // itkSetConstObjectMacro( Mask, MaskType );
 199     // itkGetConstObjectMacro( Mask, MaskType );
 200
 201     /** Transform points by a BSpline deformable transformation. */
 202     OutputPointType  TransformPoint(const InputPointType  &point ) const;
 203
 204     // JV added for just the deformable part, without bulk
 205     OutputPointType  DeformablyTransformPoint(const InputPointType  &point ) const;
 206
 207     /** Parameter index array type. */
 208     typedef itk::Array<unsigned long> ParameterIndexArrayType;
 209
 210     /** Transform points by a BSpline deformable transformation.
 211      * On return, weights contains the interpolation weights used to compute the
 212      * deformation and indices of the x (zeroth) dimension coefficient parameters
 213      * in the support region used to compute the deformation.
 214      * Parameter indices for the i-th dimension can be obtained by adding
 215      * ( i * this->GetNumberOfParametersPerDimension() ) to the indices array.
 216      */
 217
 218     // JV not implemented
 219     //  virtual void TransformPoint( const InputPointType & inputPoint,
 220     //                           OutputPointType & outputPoint,
 221     //                           WeightsType & weights,
 222     //                           ParameterIndexArrayType & indices,
 223     //                           bool & inside ) const;
 224     //     virtual void DeformablyTransformPoint( const InputPointType & inputPoint,
 225     //                                     OutputPointType & outputPoint,
 226     //                                     WeightsType & weights,
 227     //                                     ParameterIndexArrayType & indices,
 228     //                                     bool & inside ) const;
 229     //     virtual void GetJacobian( const InputPointType & inputPoint,
 230     //                                WeightsType & weights,
 231     //                                ParameterIndexArrayType & indices
 232     //                                ) const;
 233
 234     /** Method to transform a vector -
 235      *  not applicable for this type of transform. */
 236     virtual OutputVectorType TransformVector(const InputVectorType &) const
 237     {
 238       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transform." );
 239       return OutputVectorType();
 240     }
 241
 242     /** Method to transform a vnl_vector -
 243      *  not applicable for this type of transform */
 244     virtual OutputVnlVectorType TransformVector(const InputVnlVectorType &) const
 245     {
 246       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transform. ");
 247       return OutputVnlVectorType();
 248     }
 249
 250     /** Method to transform a CovariantVector -
 251      *  not applicable for this type of transform */
 252     virtual OutputCovariantVectorType TransformCovariantVector(
 253                                                                const InputCovariantVectorType &) const
 254     {
 255       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transfrom. ");
 256       return OutputCovariantVectorType();
 257     }
 258
 259     /** Compute the Jacobian Matrix of the transformation at one point */
 260 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 261     virtual void ComputeJacobianWithRespectToParameters (const InputPointType &p, JacobianType &jacobian) const;
 262     virtual void ComputeJacobianWithRespectToPosition (const InputPointType &p, JacobianType &jacobian) const
 263     {
 264       itkExceptionMacro( "ComputeJacobianWithRespectToPosition not yet implemented for " << this->GetNameOfClass() );
 265     }
 266 #else
 267     virtual const JacobianType& GetJacobian(const InputPointType  &point ) const;
 268 #endif
 269
 270     /** Return the number of parameters that completely define the Transfom */
 271 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 272     virtual NumberOfParametersType GetNumberOfParameters(void) const;
 273 #else
 274     virtual unsigned int GetNumberOfParameters(void) const;
 275 #endif
 276
 277     /** Return the number of parameters per dimension */
 278     unsigned int GetNumberOfParametersPerDimension(void) const;
 279
 280     /** Return the region of the grid wholly within the support region */
 281     itkGetConstReferenceMacro( ValidRegion, RegionType );
 282
 283     /** Indicates that this transform is linear. That is, given two
 284      * points P and Q, and scalar coefficients a and b, then
 285      *
 286      *           T( a*P + b*Q ) = a * T(P) + b * T(Q)
 287      */
 288     virtual bool IsLinear() const { return false; }
 289
 290    //unsigned int GetNumberOfAffectedWeights() const;
 291
 292   protected:
 293     /** Print contents of an BSplineDeformableTransform. */
 294     void PrintSelf(std::ostream &os, itk::Indent indent) const;
 295
 296
 297     BSplineDeformableTransform();
 298     virtual ~BSplineDeformableTransform();
 299
 300     /** Wrap flat array into images of coefficients. */
 301     void WrapAsImages();
 302
 303     /** Convert an input point to a continuous index inside the BSpline grid */
 304     void TransformPointToContinuousIndex( const InputPointType & point, ContinuousIndexType & index ) const;
 305
 306   private:
 307     BSplineDeformableTransform(const Self&); //purposely not implemented
 308     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 309
 310     /** The bulk transform. */
 311     BulkTransformPointer  m_BulkTransform;
 312     MaskPointer m_Mask;
 313
 314     // JV added for BLUT interpolator
 315     SizeType m_SplineOrders;
 316     SizeType m_LUTSamplingFactors;
 317
 318     /** Variables defining the coefficient grid extend. */
 319     RegionType    m_GridRegion;
 320     SpacingType   m_GridSpacing;
 321     DirectionType m_GridDirection;
 322     OriginType    m_GridOrigin;
 323
 324     DirectionType m_PointToIndex;
 325     DirectionType m_IndexToPoint;
 326
 327     RegionType    m_ValidRegion;
 328
 329     /** Variables defining the interpolation support region. */
 330     SizeType m_Offset;
 331     itk::FixedArray<bool,InputDimension>    m_SplineOrderOdd;
 332     SizeType      m_SupportSize;
 333     IndexType     m_ValidRegionLast;
 334
 335     /** Array holding images wrapped from the flat parameters. */
 336     CoefficientImagePointer   m_WrappedImage;
 337
 338     /** Vector image representing the B-spline coefficients
 339      *  in each dimension. */
 340     CoefficientImagePointer   m_CoefficientImage;
 341
 342     /** Jacobian as OutputDimension number of images. */
 343     typedef typename JacobianType::ValueType JacobianValueType;
 344     typedef typename itk::Vector<JacobianValueType,OutputDimension> JacobianPixelType;
 345     typedef itk::Image<JacobianPixelType, OutputDimension> JacobianImageType;
 346     typename JacobianImageType::Pointer m_JacobianImage[OutputDimension];
 347     typedef itk::ImageRegionIterator<JacobianImageType> IteratorType;
 348
 349     /** Keep track of last support region used in computing the Jacobian
 350      * for fast resetting of Jacobian to zero.
 351      */
 352     //JV for J calculation
 353     mutable RegionType    m_SupportRegion;
 354     mutable IndexType     m_SupportIndex;
 355     mutable IndexType m_LastJacobianIndex;
 356     mutable IteratorType m_Iterator[OutputDimension];
 357     mutable JacobianPixelType m_ZeroVector;
 358     mutable ContinuousIndexType m_Index;
 359     mutable bool m_NeedResetJacobian;
 360
 361     /** Keep a pointer to the input parameters. */
 362     const ParametersType *  m_InputParametersPointer;
 363
 364     /** Internal parameters buffer. */
 365     ParametersType          m_InternalParametersBuffer;
 366
 367     //JV  the BLUT interpolator
 368     typename VectorInterpolatorType::Pointer m_VectorInterpolator;
 369
 370     /** Check if a continuous index is inside the valid region. */
 371     bool InsideValidRegion( const ContinuousIndexType& index ) const;
 372
 373     // VD Use external data container for JacobianImage
 374     unsigned SetJacobianImageData(JacobianPixelType * jacobianDataPointer, unsigned dim);
 375
 376     // VD Reset Jacobian
 377     void ResetJacobian() const;
 378
 379     // VD Add MultipleBSplineDeformableTransform as friend to facilitate wrapping
 380     friend class MultipleBSplineDeformableTransform<TCoordRep, NInputDimensions, NOutputDimensions>;
 381 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 382     mutable JacobianType                            m_SharedDataBSplineJacobian;
 383 #endif
 384
 385   }; //class BSplineDeformableTransform
 386
 387
 388 }  // namespace itk
 389
 390 #if ITK_TEMPLATE_TXX
 391 # include "clitkBSplineDeformableTransform.txx"
 392 #endif
 393
 394
 395 #endif // __clitkBSplineDeformableTransform_h