registration/clitkBSplineDeformableTransformInitializer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef __clitkBSplineDeformableTransformInitializer_h
  19 #define __clitkBSplineDeformableTransformInitializer_h
  20 #include "clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.h"
  21
  22 #include "itkObject.h"
  23 #include "itkObjectFactory.h"
  24 #include <iostream>
  25
  26 namespace clitk
  27 {
  28
  29
  30 template < class TTransform, class TImage >
  31 class ITK_EXPORT BSplineDeformableTransformInitializer : public itk::Object
  32 {
  33 public:
  34   /** Standard class typedefs. */
  35   typedef BSplineDeformableTransformInitializer     Self;
  36   typedef itk::Object                               Superclass;
  37   typedef itk::SmartPointer<Self>                   Pointer;
  38   typedef itk::SmartPointer<const Self>             ConstPointer;
  39
  40   /** New macro for creation of through a Smart Pointer. */
  41   itkNewMacro( Self );
  42
  43   /** Run-time type information (and related methods). */
  44   itkTypeMacro( BSplineDeformableTransformInitializer, Object );
  45
  46   // Typedefs
  47   typedef TTransform                                TransformType;
  48   typedef typename TransformType::Pointer           TransformPointer;
  49   typedef typename TransformType::RegionType        RegionType;
  50   typedef typename RegionType::SizeType             SizeType;
  51   typedef typename TransformType::SpacingType       SpacingType;
  52   itkStaticConstMacro(InputDimension, unsigned int, TransformType::InputDimension);
  53   typedef   TImage                                  ImageType;
  54   typedef typename ImageType::ConstPointer        ImagePointer;
  55   typedef typename TransformType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
  56   typedef typename TransformType::ParametersType ParametersType;
  57
  58   // Set and Get
  59   itkBooleanMacro(Verbose);
  60   itkSetMacro( Verbose, bool);
  61   itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  62    itkSetObjectMacro( Transform,   TransformType   );
  63   itkGetConstObjectMacro( Transform,   TransformType   );
  64   itkSetObjectMacro( Image,  ImageType  );
  65   itkGetConstObjectMacro( Image,  ImageType  );
  66   void SetSplineOrder(const unsigned int & splineOrder)
  67   {
  68     SizeType s;
  69     s.Fill(splineOrder);
  70     this->SetSplineOrders(s);
  71   }
  72   void SetSplineOrders(const SizeType & splineOrders)
  73   {
  74     m_SplineOrders=splineOrders;
  75   }
  76   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  SizeType & n  )
  77   {
  78     m_NumberOfControlPointsInsideTheImage=n;
  79     m_NumberOfControlPointsIsGiven=true;
  80     this->Modified();
  81   }
  82   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  int * n)
  83   {
  84     SizeType s;
  85     for (unsigned int i=0;i<InputDimension;i++)
  86       s[i]=n[i];
  87     this->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage( s );
  88   }
  89   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  unsigned int & n )
  90   {
  91     SizeType s;
  92     s.Fill( n );;
  93     this->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage( s );
  94   }
  95   void SetControlPointSpacing( SpacingType n )
  96   {
  97     m_ControlPointSpacing= n;
  98     m_ControlPointSpacingIsGiven=true;
  99     this->Modified();
 100   }
 101   void SetControlPointSpacing( double*& n )
 102   {
 103     SpacingType s( n );
 104     this->SetControlPointSpacing(s);
 105   }
 106   void SetControlPointSpacing( double n )
 107   {
 108     SpacingType s;
 109     s.Fill( n );
 110     this->SetControlPointSpacing(s);
 111   }
 112   void SetSamplingFactors(  SizeType n  )
 113   {
 114     m_SamplingFactors=n;
 115     m_SamplingFactorIsGiven=true;
 116     this->Modified();
 117   }
 118   void SetSamplingFactors(  int *& n)
 119   {
 120     SizeType s;
 121     for (unsigned int i=0;i<InputDimension;i++)
 122       s[i]=n[i];
 123     this-> SetSamplingFactors( s );
 124   }
 125   void SetSamplingFactors( unsigned  int n )
 126   {
 127     SizeType s;
 128     s.Fill( n );
 129     this-> SetSamplingFactors( s );
 130   }
 131   virtual void InitializeTransform();
 132   void SetInitialParameters(const typename CoefficientImageType::Pointer coefficientImage, ParametersType& params);
 133   void SetInitialParameters(const std::string & s, ParametersType& params);
 134
 135   // For easy acces, declared public
 136   std::vector<SizeType> m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray;
 137   std::vector<SizeType> m_SamplingFactorsArray;
 138   std::vector<SpacingType> m_ControlPointSpacingArray;
 139
 140   SpacingType   m_ControlPointSpacing;
 141   SizeType   m_SamplingFactors;
 142   SizeType   m_SplineOrders;
 143   SpacingType   m_ChosenSpacing;
 144   SizeType   m_NumberOfControlPointsInsideTheImage;
 145   bool m_NumberOfControlPointsIsGiven;
 146   bool m_ControlPointSpacingIsGiven;
 147   bool m_SamplingFactorIsGiven;
 148   bool m_TransformRegionIsGiven;
 149
 150   typename TransformType::ParametersType* m_Parameters;
 151
 152 protected:
 153   BSplineDeformableTransformInitializer();
 154   ~BSplineDeformableTransformInitializer(){};
 155
 156 private:
 157   BSplineDeformableTransformInitializer(const Self&); //purposely not implemented
 158   void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 159
 160   bool m_Verbose;
 161   TransformPointer    m_Transform;
 162   ImagePointer        m_Image;
 163
 164 }; //class BSplineDeformableTransformInitializer
 165
 166
 167 }  // namespace clitk
 168
 169
 170 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 171 #include "clitkBSplineDeformableTransformInitializer.txx"
 172 #endif
 173
 174 #endif /* __clitkBSplineDeformableTransformInitializer_h */