registration/clitkCalculateTRE.ggo

   1 #File clitkCalculateTRE.ggo
   2 package "clitkCalculateTRE"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Calculate TRE: give a reference point list and 1 or more target point lists. In case of the latter, the number of DVF (or the size of the 4th D) given should match the number of lists. Use --shipFirst to skip the first phase of a 4D DVF. General summarizes for all points (mean, SD, max) in magnitude and par component. Tre and warp gives all values for all points. "
   5
   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
   8
   9
  10 section "Input"
  11
  12 option "ref"            -       "List of points in reference"           string          yes
  13 option "input"          i       "Lists of points in targets"            string          multiple        yes
  14 option "vf"             -       "Input deformation fields"              string          multiple        no
  15 option "coeff"          -       "Input coefficient images"              string          multiple        no
  16 option "skip"           -       "Skip a phase of a 4D DVF"              int             no
  17
  18 section "Interpolation"
  19
  20 option "interpVF"       -       "Interpolation: 0=NN, 1=Linear, 2=BSpline, 3=BLUT"      int     no  default="1"
  21 option "interpVFOrder"  -       "Order if BLUT or BSpline (0-5)"                        int     no  default="3"
  22 option "interpVFSF"     -       "Sampling factor if BLUT"                               int     no  default="20"
  23
  24
  25 section "Output"
  26
  27 option "general"                -       "Summarized TRE values (mean, SD, max)" string          no
  28 option "original"               -       "Original distances: base filename"     string          no
  29 option "originalMag"            -       "Original magnitude of distances: base filename"        string          no
  30 option "displacement"           -       "Estmated displacements: base filename" string          no
  31 option "displacementMag"        -       "Estimated magnitude displacements: base filename"      string          no
  32 option "tre"                    -       "All TRE values: base filename"         string          no
  33 option "treMag"                 -       "All TRE magnitude values: base filename"               string          no
  34 option "warp"                   -       "All warped points: base filename"      string          no