registration/clitkCalculateTREGenericFilter.cxx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkCalculateTREGenericFilter_cxx
  19 #define clitkCalculateTREGenericFilter_cxx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkCalculateTREGenericFilter.cxx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30 #include "clitkCalculateTREGenericFilter.h"
  31
  32
  33 namespace clitk
  34 {
  35
  36
  37   //-----------------------------------------------------------
  38   // Constructor
  39   //-----------------------------------------------------------
  40   CalculateTREGenericFilter::CalculateTREGenericFilter()
  41   {
  42     m_Verbose=false;
  43     m_InputFileName="";
  44   }
  45
  46
  47   //-----------------------------------------------------------
  48   // Update
  49   //-----------------------------------------------------------
  50   void CalculateTREGenericFilter::Update()
  51   {
  52     // Read the Dimension and PixelType
  53     int Dimension, Components;
  54     std::string PixelType;
  55     ReadImageDimensionAndPixelType(m_InputFileName, Dimension, PixelType, Components);
  56
  57
  58     // Call UpdateWithDim
  59     if(Dimension==2) ReadVectorFields<2,2>();
  60     else if(Dimension==3) ReadVectorFields<3,3>();
  61     else if (Dimension==4)ReadVectorFields<4,3>();
  62     else
  63       {
  64         std::cout<<"Error, Only for 2, 3 or 4  Dimensions!!!"<<std::endl ;
  65         return;
  66       }
  67   }
  68
  69
  70
  71   //-----------------------------
  72   // Process DVF
  73   //-----------------------------
  74   template< >
  75   void
  76   CalculateTREGenericFilter::ProcessVectorFields<4,3>(std::vector<itk::Image<itk::Vector<float, 3>, 4>::Pointer > dvfs,  char** filenames )
  77   {
  78     // Typedefs
  79     typedef itk::Vector<float,3> PixelType;
  80     typedef itk::Image<PixelType, 4> InputImageType;
  81     typedef itk::Image<PixelType, 3> OutputImageType;
  82
  83     // IO
  84     InputImageType::Pointer input=dvfs[0];
  85     std::vector<itk::Image<itk::Vector<float, 3>, 3>::Pointer > new_dvfs;
  86
  87     // Split vector field
  88     typedef itk::ExtractImageFilter<InputImageType,OutputImageType> FilterType;
  89     unsigned int splitDimension=3;
  90
  91     // Make new file names
  92     std::vector<std::string> new_filenames;
  93     std::string base = filenames[0];
  94
  95     // Set the extract region
  96     InputImageType::SizeType size=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
  97     size[splitDimension]=0;
  98     InputImageType::RegionType extracted_region;
  99     extracted_region.SetSize(size);
 100     InputImageType::IndexType index=input->GetLargestPossibleRegion().GetIndex();
 101
 102
 103     // Loop
 104     for (unsigned int i=0;i<input->GetLargestPossibleRegion().GetSize()[splitDimension];i++)
 105       {
 106
 107         // Skip?
 108         if (m_ArgsInfo.skip_given && i==(unsigned int) m_ArgsInfo.skip_arg) continue;
 109
 110         // extract dvf
 111          FilterType::Pointer filter= FilterType::New();
 112         filter->SetInput(input);
 113         index[splitDimension]=i;
 114         extracted_region.SetIndex(index);
 115         filter->SetExtractionRegion(extracted_region);
 116         filter->Update();
 117         new_dvfs.push_back(filter->GetOutput());
 118
 119         // make name
 120         std::ostringstream number_dvf;
 121         number_dvf << i;
 122         std::string number =  number_dvf.str();
 123         new_filenames.push_back(base+"_"+number);
 124       }
 125
 126     // Update
 127     this->UpdateWithDim<3>(new_dvfs, new_filenames);
 128
 129   }
 130
 131
 132
 133
 134
 135 } //end clitk
 136
 137 #endif  //#define clitkCalculateTREGenericFilter_cxx