registration/clitkGenericAffineTransform.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef __clitkGenericAffineTransform_h
  20 #define __clitkGenericAffineTransform_h
  21
  22
  23 //itk include
  24 #include <itkIdentityTransform.h>
  25 #include <itkTranslationTransform.h>
  26 #include <itkAffineTransform.h>
  27
  28 /*
  29
  30 Requires at least the following section is the .ggo file
  31
  32 option "transform"  - "Type: 0=Identity, 1=Translation, 2=Rigid, 3=Affine" int no  default="2"
  33 option "transX"     x "1-3: Initial translation in mm along the X axis"  float no  default="0.0"
  34 option "transY"     y "1-3: Initial translation in mm along the Y axis"  float no  default="0.0"
  35 option "transZ"     z "1-3: Initial translation in mm along the Z axis"  float no  default="0.0"
  36 option "initMatrix" - "2-3: Initial matrix (reference to object space) filename " string  no
  37 option "moment"     - "2-3: Initialize translation by aligning the center of gravities for the respective intensities" flag off
  38
  39 The use will look something like
  40
  41   typedef clitk::GenericAffineTransform<args_info_clitkAffineRegistration, TCoordRep, Dimension > GenericAffineTransformType;
  42   typename GenericAffineTransformType::Pointer genericAffineTransform = GenericAffineTransformType::New();
  43   genericAffineTransform->SetArgsInfo(m_ArgsInfo);
  44   typedef itk::Transform< double, Dimension, Dimension > TransformType;
  45   typename TransformType::Pointer transform = genericAffineTransform->GetTransform();
  46 */
  47
  48 namespace clitk
  49 {
  50 template <class args_info_type, class TCoordRep, unsigned int Dimension>
  51 class GenericAffineTransform : public itk::LightObject
  52 {
  53 public:
  54   //==============================================
  55   typedef GenericAffineTransform     Self;
  56   typedef itk::LightObject     Superclass;
  57   typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  58   typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  59
  60   typedef itk::Transform< TCoordRep, Dimension, Dimension> TransformType;
  61   typedef typename TransformType::Pointer TransformPointer;
  62
  63   /** Method for creation through the object factory. */
  64   itkNewMacro(Self);
  65
  66   //==============================================
  67   //Set members
  68   void SetArgsInfo(args_info_type args_info) {
  69     m_ArgsInfo = args_info;
  70     m_Verbose = m_ArgsInfo.verbose_flag;
  71   }
  72
  73   //==============================================
  74   //Get members
  75   TransformPointer GetTransform(void);
  76
  77   //==============================================
  78 protected:
  79   GenericAffineTransform();
  80   ~GenericAffineTransform() {};
  81
  82   typename itk::MatrixOffsetTransformBase<TCoordRep, Dimension, Dimension>::Pointer GetNewEulerTransform();
  83
  84 private:
  85   args_info_type m_ArgsInfo;
  86   TransformPointer m_Transform;
  87   bool m_Verbose;
  88 };
  89 }
  90
  91 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
  92 #include "clitkGenericAffineTransform.txx"
  93 #endif
  94
  95 #endif // #define __clitkGenericAffineTransform_h