registration/clitkGenericAffineTransform.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18
  19 #ifndef __clitkGenericAffineTransform_txx
  20 #define __clitkGenericAffineTransform_txx
  21
  22 #include "clitkTransformUtilities.h"
  23
  24 namespace clitk
  25 {
  26
  27 //=========================================================================================================================
  28 //constructor
  29 template<class args_info_type, class TCoordRep, unsigned int Dimension>
  30 GenericAffineTransform<args_info_type, TCoordRep, Dimension>::GenericAffineTransform()
  31 {
  32   m_Transform=NULL;
  33   m_Verbose=false;
  34 }
  35
  36 //=========================================================================================================================
  37 //Get the pointer
  38 template<class args_info_type, class TCoordRep, unsigned int Dimension>
  39 typename GenericAffineTransform<args_info_type, TCoordRep, Dimension>::TransformPointer
  40 GenericAffineTransform<args_info_type, TCoordRep, Dimension>::GetTransform()
  41 {
  42   //============================================================================
  43   // We retrieve the type of transform from the command line
  44   //============================================================================
  45   typedef itk::MatrixOffsetTransformBase<TCoordRep, Dimension, Dimension> MatrixXType;
  46   typename MatrixXType::Pointer tMatrix;
  47   typedef itk::TranslationTransform< TCoordRep, Dimension> TranslationXType;
  48   typename TranslationXType::Pointer tTranslation;
  49
  50   switch ( m_ArgsInfo.transform_arg ) {
  51   case 0:
  52     m_Transform= itk::IdentityTransform< TCoordRep, Dimension>::New();
  53     if (m_Verbose) std::cout<<"Using identity transform..."<<std::endl;
  54     break;
  55   case 1:
  56     tTranslation = TranslationXType::New();
  57     if (m_Verbose) std::cout<<"Using translation transform..."<<std::endl;
  58     break;
  59   case 2:
  60     tMatrix = GetNewEulerTransform();
  61     if (m_Verbose) std::cout<<"Using euler transform..."<<std::endl;
  62     break;
  63   case 3:
  64     tMatrix = itk::AffineTransform< TCoordRep, Dimension >::New();
  65     if (m_Verbose) std::cout<<"Using affine transform..."<<std::endl;
  66     break;
  67   }//end of switch
  68
  69
  70   typename MatrixXType::OutputVectorType offset;
  71   if(m_ArgsInfo.transform_arg>0) {
  72     //Initialize translations
  73     offset[0] = m_ArgsInfo.transX_arg;
  74     offset[1] = m_ArgsInfo.transY_arg;
  75     if(Dimension>2) offset[2] = m_ArgsInfo.transZ_arg;
  76     if(m_ArgsInfo.initMatrix_given) {
  77       itk::Matrix<double, Dimension+1 , Dimension+1> matHom = ReadMatrix<Dimension>(m_ArgsInfo.initMatrix_arg);
  78       offset = GetTranslationPartMatrix(matHom);
  79     }
  80   }
  81   switch(m_ArgsInfo.transform_arg) {
  82   case 1:
  83     tTranslation->SetOffset(offset);
  84     m_Transform=tTranslation;
  85     break;
  86   case 2:
  87   case 3:
  88     //Init rigid and affine transform center
  89     itk::Point<TCoordRep, Dimension> center;
  90     for (unsigned int i=0; i<Dimension; i++)
  91       center[i] = 0;
  92     tMatrix->SetCenter(center);
  93
  94     //Initialize transform
  95     if(m_ArgsInfo.initMatrix_given) {
  96       itk::Matrix<double, Dimension+1 , Dimension+1> matHom = ReadMatrix<Dimension>(m_ArgsInfo.initMatrix_arg);
  97       typename MatrixXType::MatrixType matrix = GetRotationalPartMatrix(matHom);
  98       tMatrix->SetOffset(offset);
  99       tMatrix->SetMatrix(matrix);
 100     }
 101     m_Transform=tMatrix;
 102     break;
 103   }
 104
 105   return m_Transform;
 106 }
 107 }
 108
 109 #endif