registration/clitkMatrixTransformToVFGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef clitkMatrixTransformToVFGenericFilter_txx
  19 #define clitkMatrixTransformToVFGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkMatrixTransformToVFGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   MatrixTransformToVFGenericFilter::UpdateWithDim()
  40   {
  41  //    if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<< PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43 //     if(PixelType == "short"){
  44 //       if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed short..." << std::endl;
  45 //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed short>();
  46 //     }
  47 //     //    else if(PixelType == "unsigned_short"){
  48 //     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_short..." << std::endl;
  49 //     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned short>();
  50 //     //     }
  51
  52 //     else if (PixelType == "unsigned_char"){
  53 //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and unsigned_char..." << std::endl;
  54 //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, unsigned char>();
  55 //     }
  56
  57 //     //     else if (PixelType == "char"){
  58 //     //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and signed_char..." << std::endl;
  59 //     //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, signed char>();
  60 //     //     }
  61 //     else {
  62 //       if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and float..." << std::endl;
  63 //       UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, float>();
  64 //     }
  65 //   }
  66
  67
  68 //   //-------------------------------------------------------------------
  69 //   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  70 //   //-------------------------------------------------------------------
  71 //   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  72 //   void
  73 //   MatrixTransformToVFGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  74 //   {
  75
  76     // ImageTypes
  77     typedef itk::Vector<float,Dimension> Displacement;
  78     typedef itk::Image<Displacement, Dimension> OutputImageType;
  79
  80     // Filter
  81 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
  82 #  if ITK_VERSION_MINOR < 6
  83     typedef itk::TransformToDisplacementFieldSource<OutputImageType, double> ConvertorType;
  84 #  else
  85     typedef itk::TransformToDisplacementFieldFilter<OutputImageType, double> ConvertorType;
  86 #  endif
  87 #else
  88     typedef itk::TransformToDeformationFieldSource<OutputImageType, double> ConvertorType;
  89 #endif
  90
  91     typename   ConvertorType::Pointer filter= ConvertorType::New();
  92
  93     // Output image info
  94     if (m_ArgsInfo.like_given)
  95       {
  96         typedef itk::ImageFileReader<OutputImageType> ReaderType;
  97         typename ReaderType::Pointer reader2=ReaderType::New();
  98         reader2->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
  99         reader2->Update();
 100
 101         typename OutputImageType::Pointer image=reader2->GetOutput();
 102 #if ITK_VERSION_MAJOR > 4 || (ITK_VERSION_MAJOR == 4 && ITK_VERSION_MINOR >= 6)
 103     filter->SetReferenceImage(image);
 104     filter->UseReferenceImageOn();
 105 #else
 106     filter->SetOutputParametersFromImage(image);
 107 #endif
 108       }
 109     else
 110       {
 111         unsigned int i=0;
 112         if(m_ArgsInfo.origin_given)
 113           {
 114             typename OutputImageType::PointType origin;
 115             for(i=0;i<Dimension;i++)
 116               origin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 117             filter->SetOutputOrigin(origin);
 118           }
 119         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 120           {
 121             typename OutputImageType::SpacingType spacing;
 122             for(i=0;i<Dimension;i++)
 123               spacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 124             filter->SetOutputSpacing(spacing);
 125           }
 126         if (m_ArgsInfo.size_given)
 127           {
 128             typename OutputImageType::SizeType size;
 129             for(i=0;i<Dimension;i++)
 130               size[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 131 #if ITK_VERSION_MAJOR > 4 || (ITK_VERSION_MAJOR == 4 && ITK_VERSION_MINOR >= 6)
 132         filter->SetSize(size);
 133 #else
 134         filter->SetOutputSize(size);
 135 #endif
 136       }
 137       }
 138
 139     // Transform
 140     typedef itk::AffineTransform<double, Dimension> TransformType;
 141     typename TransformType::Pointer transform =TransformType::New();
 142     itk::Matrix<double, Dimension+1, Dimension+1> homMatrix= ReadMatrix<Dimension>( m_ArgsInfo.matrix_arg);
 143     itk::Matrix<double, Dimension, Dimension> matrix =GetRotationalPartMatrix( homMatrix);
 144     itk::Vector<double, Dimension> offset= GetTranslationPartMatrix( homMatrix);
 145     transform->SetMatrix(matrix);
 146     transform->SetOffset(offset);
 147     filter->SetTransform(transform);
 148     filter->Update();
 149     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 150
 151     // Output
 152     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 153     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 154     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 155     writer->SetInput(output);
 156     writer->Update();
 157
 158   }
 159
 160
 161 }//end clitk
 162
 163 #endif //#define clitkMatrixTransformToVFGenericFilter_txx