registration/clitkPointListTransform.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ===========================================================================**/
  18 #ifndef __clitkPointListTransform_h
  19 #define __clitkPointListTransform_h
  20 #include "clitkList.h"
  21 #include "clitkLists.h"
  22
  23 // itk
  24 #include "itkTransform.h"
  25 #include "itkVectorInterpolateImageFunction.h"
  26
  27 namespace clitk
  28 {
  29
  30   template < class TScalarType=double, unsigned int NDimensions=4,unsigned int NOutputDimensions=4 >
  31   class ITK_EXPORT PointListTransform : public itk::Transform< TScalarType, NDimensions, NOutputDimensions >
  32   {
  33   public:
  34     /** Standard class typedefs. */
  35     typedef PointListTransform                                      Self;
  36     typedef itk::Transform< TScalarType, NDimensions, NOutputDimensions > Superclass;
  37     typedef itk::SmartPointer<Self>                                 Pointer;
  38     typedef itk::SmartPointer<const Self>                           ConstPointer;
  39
  40     /** New macro for creation of through the object factory. */
  41     itkNewMacro( Self );
  42
  43     /** Run-time type information (and related methods). */
  44     itkTypeMacro( PointListTransform, Transform );
  45
  46     /** Dimension of the domain space. */
  47     itkStaticConstMacro(SpaceDimension, unsigned int, NDimensions-1);
  48     itkStaticConstMacro(ImageDimension, unsigned int, NDimensions);
  49
  50     // typedef
  51     typedef  itk::Point<double, SpaceDimension> SpacePointType;
  52     typedef  itk::Point<double, ImageDimension> SpaceTimePointType;
  53     typedef clitk::List<SpacePointType> PointListType;
  54     typedef clitk::Lists<SpacePointType> PointListsType;
  55     typedef itk::Vector<double, SpaceDimension> PointListImagePixelType;
  56     typedef itk::Image<PointListImagePixelType, 1> PointListImageType;
  57     typedef itk::VectorInterpolateImageFunction<PointListImageType, double> InterpolatorType;
  58
  59     void SetPointList (PointListType p){m_PointList=p;}
  60     void SetPointLists (PointListsType p){m_PointLists=p;}
  61     void SetInterpolator (typename InterpolatorType::Pointer i){ m_Interpolator=i;}
  62
  63     /** Standard coordinate point type for this class. */
  64     typedef itk::Point<TScalarType, itkGetStaticConstMacro(ImageDimension)> InputPointType;
  65     typedef itk::Point<TScalarType, itkGetStaticConstMacro(ImageDimension)> OutputPointType;
  66
  67
  68     PointListType GetCorrespondingPointList(const InputPointType &inputPoint) const;
  69     OutputPointType TransformPoint(const InputPointType  &point ) const;
  70
  71     // Methods needed to inherit from an itk::Transform which should not be used
  72     // in this class
  73     /** Type of the input parameters. */
  74     typedef typename Superclass::ParametersType        ParametersType;
  75     typedef typename Superclass::ParametersValueType   ParametersValueType;
  76
  77     /** Type of the Jacobian matrix. */
  78     typedef typename Superclass::JacobianType           JacobianType;
  79
  80     /** Standard vector type for this class. */
  81     typedef typename Superclass::InputVectorType InputVectorType;
  82     typedef typename Superclass::OutputVectorType OutputVectorType;
  83
  84     /** Standard covariant vector type for this class */
  85     typedef typename Superclass::InputCovariantVectorType       InputCovariantVectorType;
  86     typedef typename Superclass::OutputCovariantVectorType      OutputCovariantVectorType;
  87
  88     /** Standard vnl_vector type for this class. */
  89     typedef typename Superclass::InputVnlVectorType     InputVnlVectorType;
  90     typedef typename Superclass::OutputVnlVectorType    OutputVnlVectorType;
  91
  92     void SetParameters(const ParametersType&)
  93     {
  94       itkExceptionMacro( << "PointListTransform doesn't declare SetParameters" );
  95     }
  96
  97     void SetFixedParameters(const ParametersType&)
  98     {
  99       itkExceptionMacro( << "PointListTransform doesn't declare SetFixedParameters" );
 100     }
 101
 102     virtual OutputVectorType TransformVector(const InputVectorType &) const
 103     {
 104       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transform." );
 105       return OutputVectorType();
 106     }
 107
 108     virtual OutputVnlVectorType TransformVector(const InputVnlVectorType &) const
 109     {
 110       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transform. ");
 111       return OutputVnlVectorType();
 112     }
 113
 114     virtual OutputCovariantVectorType TransformCovariantVector(const InputCovariantVectorType &) const
 115     {
 116       itkExceptionMacro(<< "Method not applicable for deformable transfrom. ");
 117       return OutputCovariantVectorType();
 118     }
 119
 120 #if ITK_VERSION_MAJOR >= 4
 121     virtual void ComputeJacobianWithRespectToParameters (const InputPointType &p, JacobianType &jacobian) const
 122     {
 123       itkExceptionMacro( << "PointListTransform doesn't declare ComputeJacobianWithRespectToParameters" );
 124     }
 125     virtual void ComputeJacobianWithRespectToPosition (const InputPointType &p, JacobianType &jacobian) const
 126     {
 127       itkExceptionMacro( << "PointListTransform doesn't declare ComputeJacobianWithRespectToPosition" );
 128     }
 129 #else
 130     virtual const JacobianType& GetJacobian(const InputPointType  &point ) const
 131     {
 132       itkExceptionMacro( << "PointListTransform doesn't declare GetJacobian" );
 133       return this->m_Jacobian;
 134     }
 135 #endif
 136
 137   protected:
 138     PointListTransform();
 139     ~PointListTransform(){;}
 140
 141   private:
 142     PointListTransform(const Self&); //purposely not implemented
 143     void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 144
 145     PointListsType m_PointLists;
 146     mutable PointListType m_PointList;
 147     typename InterpolatorType::Pointer m_Interpolator;
 148
 149
 150   }; //class PointListTransform
 151
 152
 153
 154 }  // namespace itk
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 156
 157 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 158 #include "clitkPointListTransform.txx"
 159 #endif
 160
 161 #endif /* __clitkPointListTransform_h */