registration/clitkPointTrajectory.ggo

   1 #File clitkPointTrajectory.ggo
   2 package "clitkPointTrajectory"
   3 version "1.0"
   4 purpose "Compute the cyclic trajectory of a point based input transform. The transform can be given by N lists of (manually identified) landmarks, a 4DDVF or a ST transform. Interpolation is performed between "
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   6 option "config"         -       "Config file"                     string        no
   7 option "verbose"        v       "Verbose"                         flag          off
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   9 section "IO"
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  11 option "ref"            r       "Reference point list"                          string          no
  12 option "phaseIncrement" p       "Phase step size for the trajectory [0,10)"     double          no      default="0.1"
  13 option "trajectory"     o       "Base filename for the trajectory files(+pointNumber) "          string         yes
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  16 section "Transform: either given n lists of points; a 4DVF or the coefficient image of a spatiotemporal transform"
  17 option  "transform"     t       "Transform type: 0=points, 1=4DVF, 2=coeff"     int     no      default="0"
  18 option  "points"        -       "0:Lists of points"                                     string          no multiple
  19 option  "input"         i       "1,2: 4DVF or coeff image"              string          no
  20 option  "interpVF"      -       "0,1: Interpolation: 0=NN, 1=Linear, 2=BSpline, 3=BLUT" int     no  default="1"
  21 option  "interpVFOrder" -       "0,1: Order if BLUT or BSpline (0-5)"                   int     no  default="3"
  22 option  "interpVFSF"    -       "0,1: Sampling factor if BLUT"                          int     no  default="20"
  23 option  "order"         -       "2: Spline order"                                       int             multiple        no
  24 option  "mask"          m       "2: Mask image filename"                                string          no
  25 option  "spacing"       -       "2: Spacing of the ref image for the sampling factor"   double          no      default="2"
  26 option  "shape"         -       "2: Shape of the transform: 0=egg, 1=diamond"           int             no      default="0"