registration/clitkResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter.txx

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter_txx
  19 #define clitkResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter_txx
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter.txx
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 namespace clitk
  32 {
  33
  34   //-------------------------------------------------------------------
  35   // Update with the number of dimensions
  36   //-------------------------------------------------------------------
  37   template<unsigned int Dimension>
  38   void
  39   ResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter::UpdateWithDim(std::string PixelType, int Components)
  40   {
  41     if (m_Verbose) std::cout << "Image was detected to be "<<Dimension<<"D and "<<Components<<" component(s) of "<<  PixelType<<"..."<<std::endl;
  42
  43     if (Components==2)
  44       {
  45         if(PixelType == "double"){
  46           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 2D double..." << std::endl;
  47           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<double,2 > >();
  48         }
  49         else {
  50           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 2D float..." << std::endl;
  51           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float,2 > >();
  52         }
  53       }
  54     else if (Components==3)
  55       {
  56         if(PixelType == "double"){
  57           if (m_Verbose) std::cout << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D double..." << std::endl;
  58           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<double,3 > >();
  59         }
  60         else {
  61           if (m_Verbose) std::cout  << "Launching filter in "<< Dimension <<"D and 3D float..." << std::endl;
  62           UpdateWithDimAndPixelType<Dimension, itk::Vector<float,3 > >();
  63         }
  64       }
  65     else std::cerr<<"Number of components is "<<Components<<", not supported!"<<std::endl;
  66   }
  67
  68
  69   //-------------------------------------------------------------------
  70   // Update with the number of dimensions and the pixeltype
  71   //-------------------------------------------------------------------
  72   template <unsigned int Dimension, class  PixelType>
  73   void
  74   ResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter::UpdateWithDimAndPixelType()
  75   {
  76
  77     // ImageTypes
  78     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> InputImageType;
  79     typedef itk::Image<PixelType, Dimension> OutputImageType;
  80
  81     // Read the input
  82     typedef itk::ImageFileReader<InputImageType> InputReaderType;
  83     typename InputReaderType::Pointer reader = InputReaderType::New();
  84     reader->SetFileName( m_InputFileName);
  85     reader->Update();
  86     typename InputImageType::Pointer input= reader->GetOutput();
  87
  88     // Filter
  89     typedef clitk::ResampleBSplineDeformableTransformImageFilter<InputImageType,OutputImageType> ResampleFilterType;
  90     typename   ResampleFilterType::Pointer filter=ResampleFilterType::New();
  91     filter->SetInput(input);
  92
  93     // Output image info
  94     if (m_ArgsInfo.like_given)
  95       {
  96         typename InputReaderType::Pointer likeReader=InputReaderType::New();
  97         likeReader->SetFileName(m_ArgsInfo.like_arg);
  98         likeReader->Update();
  99         filter->SetOutputParametersFromImage(likeReader->GetOutput());
 100       }
 101     else
 102       {
 103         // Size
 104         typename OutputImageType::SizeType outputSize;
 105         if (m_ArgsInfo.size_given)
 106           {
 107             for(unsigned int i=0; i< Dimension; i++)
 108               outputSize[i]=m_ArgsInfo.size_arg[i];
 109           }
 110         else outputSize=input->GetLargestPossibleRegion().GetSize();
 111         if (m_Verbose) std::cout<<"Setting the size to "<<outputSize<<"..."<<std::endl;
 112
 113         // Spacing
 114         typename OutputImageType::SpacingType outputSpacing;
 115         if (m_ArgsInfo.spacing_given)
 116           {
 117             for(unsigned int i=0; i< Dimension; i++)
 118               outputSpacing[i]=m_ArgsInfo.spacing_arg[i];
 119           }
 120         else outputSpacing=input->GetSpacing();
 121         if (m_Verbose) std::cout<<"Setting the spacing to "<<outputSpacing<<"..."<<std::endl;
 122
 123         // Origin
 124         typename OutputImageType::PointType outputOrigin;
 125         if (m_ArgsInfo.origin_given)
 126           {
 127             for(unsigned int i=0; i< Dimension; i++)
 128               outputOrigin[i]=m_ArgsInfo.origin_arg[i];
 129           }
 130         else outputOrigin=input->GetOrigin();
 131         if (m_Verbose) std::cout<<"Setting the origin to "<<outputOrigin<<"..."<<std::endl;
 132
 133         // Set
 134         filter->SetSize( outputSize );
 135         filter->SetOutputSpacing( outputSpacing );
 136         filter->SetOutputOrigin(  outputOrigin );
 137
 138       }
 139
 140     // Go
 141     filter->Update();
 142
 143     // Get the output
 144     typename OutputImageType::Pointer output=filter->GetOutput();
 145
 146     // Output
 147     typedef itk::ImageFileWriter<OutputImageType> WriterType;
 148     typename WriterType::Pointer writer = WriterType::New();
 149     writer->SetFileName(m_ArgsInfo.output_arg);
 150     writer->SetInput(output);
 151     writer->Update();
 152
 153   }
 154
 155
 156 }//end clitk
 157
 158 #endif //#define clitkResampleBSplineDeformableTransformGenericFilter_txx