registration/clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter_h
  19 #define clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter_h
  20
  21 /* =================================================
  22  * @file   clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter.h
  23  * @author
  24  * @date
  25  *
  26  * @brief
  27  *
  28  ===================================================*/
  29
  30
  31 // clitk include
  32 #include "clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIR_ggo.h"
  33 #include "clitkIO.h"
  34 #include "clitkCommon.h"
  35 #include "clitkGenericOptimizer.h"
  36 #include "clitkGenericMetric.h"
  37 #include "clitkGenericInterpolator.h"
  38 #include "clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransform.h"
  39 #include "clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer.h"
  40 #include "clitkSpatioTemporalMultiResolutionImageRegistrationMethod.h"
  41 #include "clitkSpatioTemporalMultiResolutionPyramidImageFilter.h"
  42 #include "clitkDifferenceImageFilter.h"
  43 #include "clitkMultiResolutionPyramidRegionFilter.h"
  44
  45 //itk include
  46 #include "itkLightObject.h"
  47 #include "itkLabelStatisticsImageFilter.h"
  48 #include "itkImageMaskSpatialObject.h"
  49 #include "itkImageToImageMetric.h"
  50 #include "itkInterpolateImageFunction.h"
  51 #include "itkWarpImageFilter.h"
  52 #include "itkImageDuplicator.h"
  53 #include "itkExtractImageFilter.h"
  54 #include "itkCropImageFilter.h"
  55
  56 namespace clitk
  57 {
  58
  59
  60   class ITK_EXPORT ShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter : public itk::LightObject
  61   {
  62   public:
  63     //----------------------------------------
  64     // ITK
  65     //----------------------------------------
  66     typedef ShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter                   Self;
  67     typedef itk::LightObject                   Superclass;
  68     typedef itk::SmartPointer<Self>            Pointer;
  69     typedef itk::SmartPointer<const Self>      ConstPointer;
  70
  71     // Method for creation through the object factory
  72     itkNewMacro(Self);
  73
  74     // Run-time type information (and related methods)
  75     itkTypeMacro( ShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter, LightObject );
  76
  77
  78     //----------------------------------------
  79     // Typedefs
  80     //----------------------------------------
  81
  82
  83     //----------------------------------------
  84     // Set & Get
  85     //----------------------------------------
  86     void SetArgsInfo(const args_info_clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIR & a)
  87     {
  88       m_ArgsInfo=a;
  89       m_Verbose=m_ArgsInfo.verbose_flag;
  90       m_ReferenceFileName=m_ArgsInfo.reference_arg;
  91     }
  92
  93
  94     //----------------------------------------
  95     // Update
  96     //----------------------------------------
  97     void Update();
  98
  99   protected:
 100
 101     //----------------------------------------
 102     // Constructor & Destructor
 103     //----------------------------------------
 104     ShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter();
 105     ~ShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter() {};
 106
 107
 108     //----------------------------------------
 109     // Templated members
 110     //----------------------------------------
 111     template <unsigned int Dimension>  void UpdateWithDim(std::string PixelType);
 112     template <unsigned int Dimension, class PixelType>  void UpdateWithDimAndPixelType();
 113
 114
 115     //----------------------------------------
 116     // Data members
 117     //----------------------------------------
 118     args_info_clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIR m_ArgsInfo;
 119     bool m_Verbose;
 120     std::string m_ReferenceFileName;
 121   };
 122
 123
 124 } // end namespace clitk
 125
 126 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 127 #include "clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter.txx"
 128 #endif
 129
 130 #endif // #define clitkShapedBLUTSpatioTemporalDIRGenericFilter_h