registration/clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer.h

   1 /*=========================================================================
   2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
   3
   4   Authors belong to:
   5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
   6   - Léon Bérard cancer center       http://oncora1.lyon.fnclcc.fr
   7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
   8
   9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
  10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
  12
  13   It is distributed under dual licence
  14
  15   - BSD        See included LICENSE.txt file
  16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
  17 ======================================================================-====*/
  18 #ifndef __clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer_h
  19 #define __clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer_h
  20 #include "clitkResampleBSplineDeformableTransformImageFilter.h"
  21
  22 #include "itkObject.h"
  23 #include "itkObjectFactory.h"
  24 #include "itkImageFileReader.h"
  25 #include <iostream>
  26
  27 namespace clitk
  28 {
  29
  30
  31 template < class TTransform, class TImage >
  32 class ITK_EXPORT ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer : public itk::Object
  33 {
  34 public:
  35   /** Standard class typedefs. */
  36   typedef ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer     Self;
  37   typedef itk::Object                               Superclass;
  38   typedef itk::SmartPointer<Self>                   Pointer;
  39   typedef itk::SmartPointer<const Self>             ConstPointer;
  40
  41   /** New macro for creation of through a Smart Pointer. */
  42   itkNewMacro( Self );
  43
  44   /** Run-time type information (and related methods). */
  45   itkTypeMacro( ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer, Object );
  46
  47   // Typedefs
  48   typedef TTransform                                TransformType;
  49   typedef typename TransformType::Pointer           TransformPointer;
  50   typedef typename TransformType::RegionType        RegionType;
  51   typedef typename TransformType::OriginType        OriginType;
  52   typedef typename TransformType::DirectionType        DirectionType;
  53   typedef typename RegionType::SizeType             SizeType;
  54   typedef typename TransformType::SpacingType       SpacingType;
  55   itkStaticConstMacro(InputDimension, unsigned int, TransformType::InputDimension);
  56   typedef   TImage                                  ImageType;
  57   typedef typename ImageType::ConstPointer        ImagePointer;
  58   typedef typename TransformType::CoefficientImageType CoefficientImageType;
  59   typedef typename TransformType::ParametersType ParametersType;
  60
  61   // Set and Get
  62   itkBooleanMacro(Verbose);
  63   itkSetMacro( Verbose, bool);
  64   itkGetConstReferenceMacro( Verbose, bool);
  65   itkSetObjectMacro( Transform,   TransformType   );
  66   itkGetConstObjectMacro( Transform,   TransformType   );
  67   itkSetObjectMacro( Image,  ImageType  );
  68   itkGetConstObjectMacro( Image,  ImageType  );
  69
  70   void SetSplineOrder(const unsigned int & splineOrder)
  71   {
  72     SizeType s;
  73     s.Fill(splineOrder);
  74     this->SetSplineOrders(s);
  75   }
  76   void SetSplineOrders(const SizeType & splineOrders)
  77   {
  78     m_SplineOrders=splineOrders;
  79   }
  80   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  SizeType & n  )
  81   {
  82     m_NumberOfControlPointsInsideTheImage=n;
  83     m_NumberOfControlPointsIsGiven=true;
  84     this->Modified();
  85   }
  86   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  int * n)
  87   {
  88     SizeType s;
  89     for (unsigned int i=0;i<InputDimension;i++)
  90       s[i]=n[i];
  91     this->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage( s );
  92   }
  93   void SetNumberOfControlPointsInsideTheImage(  unsigned int & n )
  94   {
  95     SizeType s;
  96     s.Fill( n );;
  97     this->SetNumberOfControlPointsInsideTheImage( s );
  98   }
  99   void SetControlPointSpacing( SpacingType n )
 100   {
 101     m_ControlPointSpacing= n;
 102     m_ControlPointSpacingIsGiven=true;
 103     this->Modified();
 104   }
 105   void SetControlPointSpacing( double*& n )
 106   {
 107     SpacingType s( n );
 108     this->SetControlPointSpacing(s);
 109   }
 110   void SetControlPointSpacing( double n )
 111   {
 112     SpacingType s;
 113     s.Fill( n );
 114     this->SetControlPointSpacing(s);
 115   }
 116   void SetSamplingFactors(  SizeType n  )
 117   {
 118     m_SamplingFactors=n;
 119     m_SamplingFactorIsGiven=true;
 120     this->Modified();
 121   }
 122   void SetSamplingFactors(  int *& n)
 123   {
 124     SizeType s;
 125     for (unsigned int i=0;i<InputDimension;i++)
 126       s[i]=n[i];
 127     this-> SetSamplingFactors( s );
 128   }
 129   void SetSamplingFactors( unsigned  int n )
 130   {
 131     SizeType s;
 132     s.Fill( n );
 133     this-> SetSamplingFactors( s );
 134   }
 135   virtual void InitializeTransform();
 136   void SetInitialParameters(const typename CoefficientImageType::Pointer coefficientImage, ParametersType& params);
 137   void SetInitialParameters(const std::string & s, ParametersType& params);
 138 //   void SetInitialPaddedParameters(const typename CoefficientImageType::Pointer coefficientImage, ParametersType& params);
 139 //   void SetInitialPaddedParameters(const std::string & s, ParametersType& params);
 140
 141   // For easy acces, declared public
 142   std::vector<SizeType> m_NumberOfControlPointsInsideTheImageArray;
 143   std::vector<SizeType> m_SamplingFactorsArray;
 144   std::vector<SpacingType> m_ControlPointSpacingArray;
 145
 146   SpacingType   m_ControlPointSpacing;
 147   SizeType   m_SamplingFactors;
 148   SizeType   m_SplineOrders;
 149   SpacingType   m_ChosenSpacing;
 150   SizeType   m_NumberOfControlPointsInsideTheImage;
 151   bool m_NumberOfControlPointsIsGiven;
 152   bool m_ControlPointSpacingIsGiven;
 153   bool m_SamplingFactorIsGiven;
 154   bool m_TransformRegionIsGiven;
 155   unsigned int m_TrajectoryShape;
 156
 157   typename TransformType::ParametersType* m_Parameters;
 158
 159 protected:
 160   ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer();
 161   ~ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer(){};
 162
 163 private:
 164   ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer(const Self&); //purposely not implemented
 165   void operator=(const Self&); //purposely not implemented
 166
 167   bool m_Verbose;
 168   TransformPointer    m_Transform;
 169   ImagePointer        m_Image;
 170   bool m_BC1;
 171   bool m_BC2;
 172
 173 }; //class ShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer
 174
 175
 176 }  // namespace clitk
 177
 178
 179 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
 180 #include "clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer.txx"
 181 #endif
 182
 183 #endif /* __clitkShapedBLUTSpatioTemporalDeformableTransformInitializer_h */