]> Creatis software - clitk.git/blob - registration/itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD.h
Debug try with ImageReslice update and autoCrop
[clitk.git] / registration / itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD.h
1 /*=========================================================================
2   Program:   vv                     http://www.creatis.insa-lyon.fr/rio/vv
3
4   Authors belong to:
5   - University of LYON              http://www.universite-lyon.fr/
6   - Léon Bérard cancer center       http://www.centreleonberard.fr
7   - CREATIS CNRS laboratory         http://www.creatis.insa-lyon.fr
8
9   This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
10   the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
11   PURPOSE.  See the copyright notices for more information.
12
13   It is distributed under dual licence
14
15   - BSD        See included LICENSE.txt file
16   - CeCILL-B   http://www.cecill.info/licences/Licence_CeCILL-B_V1-en.html
17 ===========================================================================**/
18
19 /*=========================================================================
20
21   Program:   Insight Segmentation & Registration Toolkit
22   Module:    $RCSfile: itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD.h,v $
23   Language:  C++
24   Date:      $Date: 2010/06/14 17:32:07 $
25   Version:   $Revision: 1.1 $
26
27   Copyright (c) Insight Software Consortium. All rights reserved.
28   See ITKCopyright.txt or http://www.itk.org/HTML/Copyright.htm for details.
29
30      This software is distributed WITHOUT ANY WARRANTY; without even
31      the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
32      PURPOSE.  See the above copyright notices for more information.
33
34 =========================================================================*/
35 #ifndef __itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD_h
36 #define __itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD_h
37
38 // First make sure that the configuration is available.
39 // This line can be removed once the optimized versions
40 // gets integrated into the main directories.
41 #include "itkConfigure.h"
42
43 #if defined(ITK_USE_OPTIMIZED_REGISTRATION_METHODS) || ITK_VERSION_MAJOR >= 4
44 #include "itkOptMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD.h"
45 #else
46
47 #include "itkImageToImageMetric.h"
48 #include "itkCovariantVector.h"
49 #include "itkPoint.h"
50 #include "itkIndex.h"
51 #include "itkBSplineKernelFunction.h"
52 #include "itkBSplineDerivativeKernelFunction.h"
53 #include "itkCentralDifferenceImageFunction.h"
54 #include "itkBSplineInterpolateImageFunction.h"
55 #include "itkBSplineDeformableTransform.h"
56 #include "itkArray2D.h"
57
58 namespace itk
59 {
60
61 /** \class MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD
62  * \brief Computes the mutual information between two images to be
63  * registered using the method of Mattes et al.
64  *
65  * MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD computes the mutual
66  * information between a fixed and moving image to be registered.
67  *
68  * This class is templated over the FixedImage type and the MovingImage
69  * type.
70  *
71  * The fixed and moving images are set via methods SetFixedImage() and
72  * SetMovingImage(). This metric makes use of user specified Transform and
73  * Interpolator. The Transform is used to map points from the fixed image to
74  * the moving image domain. The Interpolator is used to evaluate the image
75  * intensity at user specified geometric points in the moving image.
76  * The Transform and Interpolator are set via methods SetTransform() and
77  * SetInterpolator().
78  *
79  * If a BSplineInterpolationFunction is used, this class obtain
80  * image derivatives from the BSpline interpolator. Otherwise,
81  * image derivatives are computed using central differencing.
82  *
83  * \warning This metric assumes that the moving image has already been
84  * connected to the interpolator outside of this class.
85  *
86  * The method GetValue() computes of the mutual information
87  * while method GetValueAndDerivative() computes
88  * both the mutual information and its derivatives with respect to the
89  * transform parameters.
90  *
91  * The calculations are based on the method of Mattes et al [1,2]
92  * where the probability density distribution are estimated using
93  * Parzen histograms. Since the fixed image PDF does not contribute
94  * to the derivatives, it does not need to be smooth. Hence,
95  * a zero order (box car) BSpline kernel is used
96  * for the fixed image intensity PDF. On the other hand, to ensure
97  * smoothness a third order BSpline kernel is used for the
98  * moving image intensity PDF.
99  *
100  * On Initialize(), the FixedImage is uniformly sampled within
101  * the FixedImageRegion. The number of samples used can be set
102  * via SetNumberOfSpatialSamples(). Typically, the number of
103  * spatial samples used should increase with the image size.
104  *
105  * The option UseAllPixelOn() disables the random sampling and uses
106  * all the pixels of the FixedImageRegion in order to estimate the
107  * joint intensity PDF.
108  *
109  * During each call of GetValue(), GetDerivatives(),
110  * GetValueAndDerivatives(), marginal and joint intensity PDF's
111  * values are estimated at discrete position or bins.
112  * The number of bins used can be set via SetNumberOfHistogramBins().
113  * To handle data with arbitray magnitude and dynamic range,
114  * the image intensity is scale such that any contribution to the
115  * histogram will fall into a valid bin.
116  *
117  * One the PDF's have been contructed, the mutual information
118  * is obtained by doubling summing over the discrete PDF values.
119  *
120  *
121  * Notes:
122  * 1. This class returns the negative mutual information value.
123  * 2. This class in not thread safe due the private data structures
124  *     used to the store the sampled points and the marginal and joint pdfs.
125  *
126  * References:
127  * [1] "Nonrigid multimodality image registration"
128  *      D. Mattes, D. R. Haynor, H. Vesselle, T. Lewellen and W. Eubank
129  *      Medical Imaging 2001: Image Processing, 2001, pp. 1609-1620.
130  * [2] "PET-CT Image Registration in the Chest Using Free-form Deformations"
131  *      D. Mattes, D. R. Haynor, H. Vesselle, T. Lewellen and W. Eubank
132  *      IEEE Transactions in Medical Imaging. Vol.22, No.1,
133         January 2003. pp.120-128.
134  * [3] "Optimization of Mutual Information for MultiResolution Image
135  *      Registration"
136  *      P. Thevenaz and M. Unser
137  *      IEEE Transactions in Image Processing, 9(12) December 2000.
138  *
139  * \ingroup RegistrationMetrics
140  * \ingroup ThreadUnSafe
141  */
142 template <class TFixedImage,class TMovingImage >
143 class ITK_EXPORT MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD :
144   public ImageToImageMetric< TFixedImage, TMovingImage >
145 {
146 public:
147
148   /** Standard class typedefs. */
149   typedef MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD           Self;
150   typedef ImageToImageMetric< TFixedImage, TMovingImage >     Superclass;
151   typedef SmartPointer<Self>                                  Pointer;
152   typedef SmartPointer<const Self>                            ConstPointer;
153
154   /** Method for creation through the object factory. */
155   itkNewMacro(Self);
156
157   /** Run-time type information (and related methods). */
158   itkTypeMacro(MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD, ImageToImageMetric);
159
160   /** Types inherited from Superclass. */
161   typedef typename Superclass::TransformType            TransformType;
162   typedef typename Superclass::TransformPointer         TransformPointer;
163   typedef typename Superclass::TransformJacobianType    TransformJacobianType;
164   typedef typename Superclass::InterpolatorType         InterpolatorType;
165   typedef typename Superclass::MeasureType              MeasureType;
166   typedef typename Superclass::DerivativeType           DerivativeType;
167   typedef typename Superclass::ParametersType           ParametersType;
168   typedef typename Superclass::FixedImageType           FixedImageType;
169   typedef typename Superclass::MovingImageType          MovingImageType;
170   typedef typename Superclass::FixedImageConstPointer   FixedImageConstPointer;
171   typedef typename Superclass::MovingImageConstPointer  MovingImageCosntPointer;
172   typedef typename Superclass::InputPointType           InputPointType;
173   typedef typename Superclass::OutputPointType          OutputPointType;
174
175   typedef typename Superclass::CoordinateRepresentationType
176   CoordinateRepresentationType;
177
178   /** Index and Point typedef support. */
179   typedef typename FixedImageType::IndexType           FixedImageIndexType;
180   typedef typename FixedImageIndexType::IndexValueType FixedImageIndexValueType;
181   typedef typename MovingImageType::IndexType          MovingImageIndexType;
182   typedef typename TransformType::InputPointType       FixedImagePointType;
183   typedef typename TransformType::OutputPointType      MovingImagePointType;
184
185   /** The moving image dimension. */
186   itkStaticConstMacro( MovingImageDimension, unsigned int,
187                        MovingImageType::ImageDimension );
188
189   /**
190    *  Initialize the Metric by
191    *  (1) making sure that all the components are present and plugged
192    *      together correctly,
193    *  (2) uniformly select NumberOfSpatialSamples within
194    *      the FixedImageRegion, and
195    *  (3) allocate memory for pdf data structures. */
196   virtual void Initialize(void) throw ( ExceptionObject );
197
198   /** Get the derivatives of the match measure. */
199   void GetDerivative( const ParametersType& parameters,
200                       DerivativeType & Derivative ) const;
201
202   /**  Get the value. */
203   MeasureType GetValue( const ParametersType& parameters ) const;
204
205   /**  Get the value and derivatives for single valued optimizers. */
206   void GetValueAndDerivative( const ParametersType& parameters,
207                               MeasureType& Value,
208                               DerivativeType& Derivative ) const;
209
210   /** Number of spatial samples to used to compute metric */
211   itkSetClampMacro( NumberOfSpatialSamples, unsigned long,
212                     1, NumericTraits<unsigned long>::max() );
213   itkGetConstReferenceMacro( NumberOfSpatialSamples, unsigned long);
214
215   /** Number of bins to used in the histogram. Typical value is 50. */
216   itkSetClampMacro( NumberOfHistogramBins, unsigned long,
217                     1, NumericTraits<unsigned long>::max() );
218   itkGetConstReferenceMacro( NumberOfHistogramBins, unsigned long);
219
220   /** Reinitialize the seed of the random number generator that selects the
221    * sample of pixels used for estimating the image histograms and the joint
222    * histogram. By nature, this metric is not deterministic, since at each run
223    * it may select a different set of pixels. By initializing the random number
224    * generator seed to the same value you can restore determinism. On the other
225    * hand, calling the method ReinitializeSeed() without arguments will use the
226    * clock from your machine in order to have a very random initialization of
227    * the seed. This will indeed increase the non-deterministic behavior of the
228    * metric. */
229   void ReinitializeSeed();
230   void ReinitializeSeed(int);
231
232   /** Select whether the metric will be computed using all the pixels on the
233    * fixed image region, or only using a set of randomly selected pixels. */
234   itkSetMacro(UseAllPixels,bool);
235   itkGetConstReferenceMacro(UseAllPixels,bool);
236   itkBooleanMacro(UseAllPixels);
237
238   /** This variable selects the method to be used for computing the Metric
239    * derivatives with respect to the Transform parameters. Two modes of
240    * computation are available. The choice between one and the other is a
241    * trade-off between computation speed and memory allocations. The two modes
242    * are described in detail below:
243    *
244    * UseExplicitPDFDerivatives = True
245    * will compute the Metric derivative by first calculating the derivatives of
246    * each one of the Joint PDF bins with respect to each one of the Transform
247    * parameters and then accumulating these contributions in the final metric
248    * derivative array by using a bin-specific weight.  The memory required for
249    * storing the intermediate derivatives is a 3D array of doubles with size
250    * equals to the product of (number of histogram bins)^2 times number of
251    * transform parameters. This method is well suited for Transform with a small
252    * number of parameters.
253    *
254    * UseExplicitPDFDerivatives = False will compute the Metric derivative by
255    * first computing the weights for each one of the Joint PDF bins and caching
256    * them into an array. Then it will revisit each one of the PDF bins for
257    * computing its weighted contribution to the full derivative array. In this
258    * method an extra 2D array is used for storing the weights of each one of
259    * the PDF bins. This is an array of doubles with size equals to (number of
260    * histogram bins)^2. This method is well suited for Transforms with a large
261    * number of parameters, such as, BSplineDeformableTransforms. */
262   itkSetMacro(UseExplicitPDFDerivatives,bool);
263   itkGetConstReferenceMacro(UseExplicitPDFDerivatives,bool);
264   itkBooleanMacro(UseExplicitPDFDerivatives);
265
266   /** This boolean flag is only relevant when this metric is used along
267    * with a BSplineDeformableTransform. The flag enables/disables the
268    * caching of values computed when a physical point is mapped through
269    * the BSplineDeformableTransform. In particular it will cache the
270    * values of the BSpline weights for that points, and the indexes
271    * indicating what BSpline-grid nodes are relevant for that specific
272    * point. This caching is made optional due to the fact that the
273    * memory arrays used for the caching can reach large sizes even for
274    * moderate image size problems. For example, for a 3D image of
275    * 256^3, using 20% of pixels, these arrays will take about 1
276    * Gigabyte of RAM for storage. The ratio of computing time between
277    * using the cache or not using the cache can reach 1:5, meaning that
278    * using the caching can provide a five times speed up. It is
279    * therefore, interesting to enable the caching, if enough memory is
280    * available for it. The caching is enabled by default, in order to
281    * preserve backward compatibility with previous versions of ITK. */
282   itkSetMacro(UseCachingOfBSplineWeights,bool);
283   itkGetConstReferenceMacro(UseCachingOfBSplineWeights,bool);
284   itkBooleanMacro(UseCachingOfBSplineWeights);
285
286 protected:
287
288   MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD();
289   virtual ~MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD() {};
290   void PrintSelf(std::ostream& os, Indent indent) const;
291
292   /** \class FixedImageSpatialSample
293    * A fixed image spatial sample consists of the fixed domain point
294    * and the fixed image value at that point. */
295   /// @cond
296   class FixedImageSpatialSample
297   {
298   public:
299     FixedImageSpatialSample():FixedImageValue(0.0) {
300       FixedImagePointValue.Fill(0.0);
301     }
302     ~FixedImageSpatialSample() {};
303
304     FixedImagePointType           FixedImagePointValue;
305     double                        FixedImageValue;
306     unsigned int                  FixedImageParzenWindowIndex;
307   };
308   /// @endcond
309
310   /** FixedImageSpatialSample typedef support. */
311   typedef std::vector<FixedImageSpatialSample>
312   FixedImageSpatialSampleContainer;
313
314   /** Container to store a set of points and fixed image values. */
315   FixedImageSpatialSampleContainer    m_FixedImageSamples;
316
317   /** Uniformly select a sample set from the fixed image domain. */
318   virtual void SampleFixedImageDomain(
319     FixedImageSpatialSampleContainer& samples);
320
321   /** Gather all the pixels from the fixed image domain. */
322   virtual void SampleFullFixedImageDomain(
323     FixedImageSpatialSampleContainer& samples);
324
325   /** Transform a point from FixedImage domain to MovingImage domain.
326    * This function also checks if mapped point is within support region. */
327   virtual void TransformPoint( unsigned int sampleNumber,
328                                const ParametersType& parameters,
329                                MovingImagePointType& mappedPoint,
330                                bool& sampleWithinSupportRegion,
331                                double& movingImageValue ) const;
332
333 private:
334
335   //purposely not implemented
336   MattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD(const Self&);
337   //purposely not implemented
338   void operator=(const Self&);
339
340
341   /** The marginal PDFs are stored as std::vector. */
342   typedef float                       PDFValueType;
343   typedef std::vector<PDFValueType>   MarginalPDFType;
344
345   /** The fixed image marginal PDF. */
346   mutable MarginalPDFType             m_FixedImageMarginalPDF;
347
348   /** The moving image marginal PDF. */
349   mutable MarginalPDFType             m_MovingImageMarginalPDF;
350
351   /** Helper array for storing the values of the JointPDF ratios. */
352   typedef double                      PRatioType;
353   typedef Array2D< PRatioType >       PRatioArrayType;
354   mutable PRatioArrayType             m_PRatioArray;
355
356   /** Helper variable for accumulating the derivative of the metric. */
357   mutable DerivativeType              m_MetricDerivative;
358
359   /** Typedef for the joint PDF and PDF derivatives are stored as ITK Images. */
360   typedef Image<PDFValueType,2>                 JointPDFType;
361   typedef JointPDFType::IndexType               JointPDFIndexType;
362   typedef JointPDFType::PixelType               JointPDFValueType;
363   typedef JointPDFType::RegionType              JointPDFRegionType;
364   typedef JointPDFType::SizeType                JointPDFSizeType;
365   typedef Image<PDFValueType,3>                 JointPDFDerivativesType;
366   typedef JointPDFDerivativesType::IndexType    JointPDFDerivativesIndexType;
367   typedef JointPDFDerivativesType::PixelType    JointPDFDerivativesValueType;
368   typedef JointPDFDerivativesType::RegionType   JointPDFDerivativesRegionType;
369   typedef JointPDFDerivativesType::SizeType     JointPDFDerivativesSizeType;
370
371   /** The joint PDF and PDF derivatives. */
372   typename JointPDFType::Pointer                m_JointPDF;
373   typename JointPDFDerivativesType::Pointer     m_JointPDFDerivatives;
374
375   unsigned long                                 m_NumberOfSpatialSamples;
376   unsigned long                                 m_NumberOfParameters;
377
378   /** Variables to define the marginal and joint histograms. */
379   unsigned long  m_NumberOfHistogramBins;
380   double         m_MovingImageNormalizedMin;
381   double         m_FixedImageNormalizedMin;
382   double         m_MovingImageTrueMin;
383   double         m_MovingImageTrueMax;
384   double         m_FixedImageBinSize;
385   double         m_MovingImageBinSize;
386
387   /** Typedefs for BSpline kernel and derivative functions. */
388   typedef BSplineKernelFunction<3>           CubicBSplineFunctionType;
389   typedef BSplineDerivativeKernelFunction<3> CubicBSplineDerivativeFunctionType;
390
391   /** Cubic BSpline kernel for computing Parzen histograms. */
392   typename CubicBSplineFunctionType::Pointer   m_CubicBSplineKernel;
393   typename CubicBSplineDerivativeFunctionType::Pointer
394   m_CubicBSplineDerivativeKernel;
395
396   /** Precompute fixed image parzen window indices. */
397   virtual void ComputeFixedImageParzenWindowIndices(
398     FixedImageSpatialSampleContainer& samples );
399
400   /**
401    * Types and variables related to image derivative calculations.
402    * If a BSplineInterpolationFunction is used, this class obtain
403    * image derivatives from the BSpline interpolator. Otherwise,
404    * image derivatives are computed using central differencing.
405    */
406   typedef CovariantVector< double,
407           itkGetStaticConstMacro(MovingImageDimension) >
408           ImageDerivativesType;
409
410   /** Compute image derivatives at a point. */
411   virtual void ComputeImageDerivatives( const MovingImagePointType& mappedPoint,
412                                         ImageDerivativesType& gradient ) const;
413
414   /** Boolean to indicate if the interpolator BSpline. */
415   bool m_InterpolatorIsBSpline;
416
417   /** Typedefs for using BSpline interpolator. */
418   typedef
419   BSplineInterpolateImageFunction<MovingImageType,
420                                   CoordinateRepresentationType>
421                                   BSplineInterpolatorType;
422
423   /** Pointer to BSplineInterpolator. */
424   typename BSplineInterpolatorType::Pointer m_BSplineInterpolator;
425
426   /** Typedefs for using central difference calculator. */
427   typedef CentralDifferenceImageFunction<MovingImageType,
428           CoordinateRepresentationType>
429           DerivativeFunctionType;
430
431   /** Pointer to central difference calculator. */
432   typename DerivativeFunctionType::Pointer m_DerivativeCalculator;
433
434
435   /** Compute PDF derivative contribution for each parameter. */
436   virtual void ComputePDFDerivatives( unsigned int sampleNumber,
437                                       int movingImageParzenWindowIndex,
438                                       const ImageDerivativesType&
439                                       movingImageGradientValue,
440                                       double cubicBSplineDerivativeValue
441                                     ) const;
442
443   /**
444    * Types and variables related to BSpline deformable transforms.
445    * If the transform is of type third order BSplineDeformableTransform,
446    * then we can speed up the metric derivative calculation by
447    * only inspecting the parameters within the support region
448    * of a mapped point.
449    */
450
451   /** Boolean to indicate if the transform is BSpline deformable. */
452   bool m_TransformIsBSpline;
453
454   /** The number of BSpline parameters per image dimension. */
455   long m_NumParametersPerDim;
456
457   /**
458    * The number of BSpline transform weights is the number of
459    * of parameter in the support region (per dimension ). */
460   unsigned long m_NumBSplineWeights;
461
462   /** The fixed image dimension. */
463   itkStaticConstMacro( FixedImageDimension, unsigned int,
464                        FixedImageType::ImageDimension );
465
466   /**
467    * Enum of the deformabtion field spline order.
468    */
469   enum { DeformationSplineOrder = 3 };
470
471   /**
472    * Typedefs for the BSplineDeformableTransform.
473    */
474   typedef BSplineDeformableTransform<
475   CoordinateRepresentationType,
476   ::itk::GetImageDimension<FixedImageType>::ImageDimension,
477   DeformationSplineOrder> BSplineTransformType;
478   typedef typename BSplineTransformType::WeightsType
479   BSplineTransformWeightsType;
480   typedef typename BSplineTransformType::ParameterIndexArrayType
481   BSplineTransformIndexArrayType;
482
483   /**
484    * Variables used when transform is of type BSpline deformable.
485    */
486   typename BSplineTransformType::Pointer m_BSplineTransform;
487
488   /**
489    * Cache pre-transformed points, weights, indices and
490    * within support region flag.
491    */
492   typedef typename BSplineTransformWeightsType::ValueType    WeightsValueType;
493   typedef          Array2D<WeightsValueType>                 BSplineTransformWeightsArrayType;
494   typedef typename BSplineTransformIndexArrayType::ValueType IndexValueType;
495   typedef          Array2D<IndexValueType>                   BSplineTransformIndicesArrayType;
496   typedef          std::vector<MovingImagePointType>         MovingImagePointArrayType;
497   typedef          std::vector<bool>                         BooleanArrayType;
498
499   BSplineTransformWeightsArrayType      m_BSplineTransformWeightsArray;
500   BSplineTransformIndicesArrayType      m_BSplineTransformIndicesArray;
501   MovingImagePointArrayType             m_PreTransformPointsArray;
502   BooleanArrayType                      m_WithinSupportRegionArray;
503
504   typedef FixedArray<unsigned long,
505           ::itk::GetImageDimension<FixedImageType>::ImageDimension>
506           ParametersOffsetType;
507   ParametersOffsetType                  m_ParametersOffset;
508
509   bool             m_UseAllPixels;
510
511   virtual void PreComputeTransformValues();
512
513   bool             m_ReseedIterator;
514   int              m_RandomSeed;
515
516   // Selection of explicit or implicit computation of PDF derivatives
517   // with respect to Transform parameters.
518   bool             m_UseExplicitPDFDerivatives;
519
520   // Variables needed for optionally caching values when using a BSpline transform.
521   bool                                    m_UseCachingOfBSplineWeights;
522   mutable BSplineTransformWeightsType     m_Weights;
523   mutable BSplineTransformIndexArrayType  m_Indices;
524
525 };
526
527 } // end namespace itk
528
529 #ifndef ITK_MANUAL_INSTANTIATION
530 #include "itkMattesMutualInformationImageToImageMetricFor3DBLUTFFD.txx"
531 #endif
532
533 #endif
534
535 #endif