scripts/calculate_contour_stats.sh

   1 #! /bin/bash +x
   2
   3 select_contour_gui()
   4 {
   5   local roi_list=$@
   6   roi=`zenity --list --title="Available Contours" --column="Please choose a contour:" $roi_list`
   7   case $? in
   8     0)
   9     if [ -z $roi ]
  10     then
  11       zenity --warning --text="You must choose one contour."
  12       select_contour $roi_list
  13     else
  14       rtstruct_roi_name=$roi
  15     fi;;
  16     1)
  17     if zenity --question --text="Do you really wish to quit?"
  18     then
  19       exit
  20     else
  21       select_contour $roi_list
  22     fi;;
  23     -1)
  24       zenity --error --text="Unexpected error. Please relaunch the application."
  25       exit;;
  26   esac
  27 }
  28
  29 select_contour()
  30 {
  31   local roi_list=$@
  32   echo "Available Contours:"
  33   for r in $roi_list; do
  34     echo $r
  35   done
  36
  37   echo "Please choose a contour number:"
  38   read rtstruct_roi_number
  39 }
  40
  41 select_roi()
  42 {
  43   rtstruct_roi_name_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0026" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Name] \|]//'` )
  44   rtstruct_roi_number_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0022" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Number] \|]//'` )
  45   rtstruct_roi_list=( )
  46   for i in $(seq 0 1 $(( ${#rtstruct_roi_name_list[@]} - 1 ))); do
  47     rtstruct_roi_list[$i]=${rtstruct_roi_number_list[$i]}:${rtstruct_roi_name_list[$i]}
  48   done
  49
  50   if [ $gui_mode = 1 ]; then
  51     select_contour_gui ${rtstruct_roi_list[@]}
  52     rtstruct_roi=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 1`
  53     rtstruct_roi_name=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 2`
  54   else
  55     select_contour ${rtstruct_roi_list[@]}
  56     rtstruct_roi=$rtstruct_roi_number
  57     rtstruct_roi_name=${rtstruct_roi_name_list[$(( $rtstruct_roi_number - 1))]}
  58   fi
  59 }
  60
  61 ############# main
  62
  63 if echo $* | grep "\-h"; then
  64   echo Usage: calculate_motion_amplitude.sh { RTSTRUCT_FILE REFERENCE_IMAGE | --gui }
  65
  66   exit 0
  67 fi
  68
  69
  70 rtstruct_roi=0
  71
  72 if echo $* | grep "\-\-gui" > /dev/null 2>&1; then
  73   if [ $# != 1 ]; then
  74     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  75     exit -1
  76   fi
  77
  78   gui_mode=1
  79   rtstruct_file=`zenity --file-selection --title="Select RT Struct file."`
  80   select_roi
  81   rtstruct_ref_image=`zenity --file-selection --title="Select Reference Image."`
  82 else
  83   if [ $# != 2 ]; then
  84     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  85     exit -1
  86   fi
  87
  88   gui_mode=0
  89   rtstruct_file=$1
  90   rtstruct_ref_image=$2
  91   select_roi
  92 fi
  93
  94
  95 #echo "Processing \"${rtstruct_roi_list[$roi_struct]}\"..."
  96 # create ROI mask from rtstruct
  97 roi_mask=roi_${rtstruct_roi_name}.mhd
  98 clitkDicomRTStruct2Image -i ${rtstruct_file} -o ${roi_mask} -j ${rtstruct_ref_image} -r ${rtstruct_roi} 2> /tmp/err.txt
  99 if cat /tmp/err.txt | grep -q "No ROI"; then
 100   echo Invalid contour number.
 101   exit -3
 102 fi
 103
 104 # guarantees the same sampling for roi mask and vector image
 105 roi_mask2=resampled_${roi_mask}
 106 clitkResampleImage -i ${roi_mask} -o ${roi_mask2} --like ${rtstruct_ref_image}
 107
 108 # calculate stats
 109 clitkImageStatistics -i ${rtstruct_ref_image} -m ${roi_mask2} --verbose 2> /dev/null | tail -n 8 > /tmp/result.txt
 110
 111 if [ $gui_mode = 1 ]; then
 112   cat /tmp/result.txt | zenity --text-info --title "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
 113 else
 114   echo "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
 115   cat /tmp/result.txt
 116 fi
 117
 118 rm `basename $roi_mask .mhd`.{mhd,raw}
 119 rm `basename $roi_mask2 .mhd`.{mhd,raw}
 120 rm /tmp/err.txt
 121 rm /tmp/result.txt