scripts/calculate_contour_stats.sh

   1 #! /bin/bash +x
   2
   3 source `dirname $0`/midp_common.sh
   4
   5
   6 ############# main
   7
   8 if echo $* | grep "\-h"; then
   9   echo Usage: calculate_motion_amplitude.sh { REFERENCE_IMAGE RTSTRUCT_FILE [ RTSTRUCT_ROI | --gui ] } | --gui
  10   echo "  RTSTRUCT_REF_IMAGE: mhd of the reference image used in the contour delineation"
  11   echo "  RTSTRUCT_FILE: dicom with contours"
  12   echo "  RTSTRUCT_ROI: number of the contour whose motion to analyze"
  13   echo "  --gui: use GUI to select files"
  14   exit 0
  15 fi
  16
  17
  18 rtstruct_roi=
  19
  20 if echo $* | grep "\-\-gui" > /dev/null 2>&1; then
  21   gui_mode=1
  22   if [ $# = 1 ]; then
  23     rtstruct_ref_image=`zenity --file-selection --title="Select Reference Image."`
  24     rtstruct_file=`zenity --file-selection --title="Select RT Struct file."`
  25     select_roi
  26   elif [ $# = 3 ]; then
  27     rtstruct_ref_image=$1
  28     rtstruct_file=$2
  29     select_roi
  30   else
  31     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  32     exit -1
  33   fi
  34
  35 else
  36   gui_mode=0
  37   rtstruct_ref_image=$1
  38   rtstruct_file=$2
  39   if [ $# = 2 ]; then
  40     select_roi
  41   elif [ $# = 3 ]; then
  42     rtstruct_roi=$3
  43     rtstruct_roi_name=$rtstruct_roi
  44   else
  45     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  46     exit -1
  47   fi
  48
  49 fi
  50
  51
  52 #echo "Processing \"${rtstruct_roi_list[$roi_struct]}\"..."
  53 # create ROI mask from rtstruct
  54 roi_mask=roi_${rtstruct_roi_name}.mhd
  55 clitkDicomRTStruct2Image -i ${rtstruct_file} -o ${roi_mask} -j ${rtstruct_ref_image} -r ${rtstruct_roi} 2> /tmp/err.txt
  56 if cat /tmp/err.txt | grep -q "No ROI"; then
  57   echo Invalid contour number.
  58   exit -3
  59 fi
  60
  61 # guarantees the same sampling for roi mask and vector image
  62 roi_mask2=resampled_${roi_mask}
  63 clitkResampleImage -i ${roi_mask} -o ${roi_mask2} --like ${rtstruct_ref_image}
  64
  65 # calculate stats
  66 clitkImageStatistics -i ${rtstruct_ref_image} -m ${roi_mask2} --verbose 2> /dev/null | tail -n 8 > /tmp/result.txt
  67
  68 if [ $gui_mode = 1 ]; then
  69   cat /tmp/result.txt | zenity --text-info --title "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
  70 else
  71   echo "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
  72   cat /tmp/result.txt
  73 fi
  74
  75 rm `basename $roi_mask .mhd`.{mhd,raw}
  76 rm `basename $roi_mask2 .mhd`.{mhd,raw}
  77 rm /tmp/err.txt
  78 rm /tmp/result.txt