scripts/calculate_contour_stats.sh

   1 #! /bin/bash +x
   2
   3 select_contour()
   4 {
   5   local roi_list=$@
   6   roi=`zenity --list --title="Available Contours" --column="Please choose a contour:" $roi_list`
   7   case $? in
   8     0)
   9     if [ -z $roi ]
  10     then
  11       zenity --warning --text="You must choose one contour."
  12       select_contour $roi_list
  13     else
  14       rtstruct_roi_name=$roi
  15     fi;;
  16     1)
  17     if zenity --question --text="Do you really wish to quit?"
  18     then
  19       exit
  20     else
  21       select_contour $roi_list
  22     fi;;
  23     -1)
  24       zenity --error --text="Unexpected error. Please relaunch the application."
  25       exit;;
  26   esac
  27 }
  28
  29 select_roi()
  30 {
  31   rtstruct_roi_name_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0026" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Name] \|]//'` )
  32   rtstruct_roi_number_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0022" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Number] \|]//'` )
  33   rtstruct_roi_list=( )
  34   for i in $(seq 0 1 $(( ${#rtstruct_roi_name_list[@]} - 1 ))); do
  35     rtstruct_roi_list[$i]=${rtstruct_roi_number_list[$i]}:${rtstruct_roi_name_list[$i]}
  36   done
  37
  38   select_contour ${rtstruct_roi_list[@]}
  39   rtstruct_roi=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 1`
  40 }
  41
  42 ############# main
  43
  44 if echo $* | grep "\-h"; then
  45   echo Usage: calculate_motion_amplitude.sh { RTSTRUCT_FILE REFERENCE_IMAGE | --gui }
  46
  47   exit 0
  48 fi
  49
  50
  51 rtstruct_roi=0
  52
  53 if echo $* | grep "\-\-gui" > /dev/null 2>&1; then
  54   if [ $# != 1 ]; then
  55     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  56     exit -1
  57   fi
  58
  59   rtstruct_file=`zenity --file-selection --title="Select RT Struct file."`
  60   select_roi
  61   rtstruct_ref_image=`zenity --file-selection --title="Select Reference Image."`
  62 else
  63   if [ $# != 2 ]; then
  64     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  65     exit -1
  66   fi
  67
  68   rtstruct_file=$1
  69   rtstruct_ref_image=$2
  70   select_roi
  71 fi
  72
  73
  74 #echo "Processing \"${rtstruct_roi_list[$roi_struct]}\"..."
  75 # create ROI mask from rtstruct
  76 roi_mask=roi_${rtstruct_roi_name}.mhd
  77 clitkDicomRTStruct2Image -i ${rtstruct_file} -o ${roi_mask} -j ${rtstruct_ref_image} -r ${rtstruct_roi} 2> /tmp/err.txt
  78 if cat /tmp/err.txt | grep -q "No ROI"; then
  79   echo Invalid contour number.
  80   exit -3
  81 fi
  82
  83 # guarantees the same sampling for roi mask and vector image
  84 roi_mask2=resampled_${roi_mask}
  85 clitkResampleImage -i ${roi_mask} -o ${roi_mask2} --like ${rtstruct_ref_image}
  86
  87 # calculate stats
  88 clitkImageStatistics -i ${rtstruct_ref_image} -m ${roi_mask2} --verbose 2> /dev/null | tail -n 8 | zenity --text-info --title "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
  89
  90 rm `basename $roi_mask .mhd`.{mhd,raw}
  91 rm `basename $roi_mask2 .mhd`.{mhd,raw}
  92 rm /tmp/err.txt