scripts/calculate_motion_amplitude.sh

   1 #! /bin/bash +x
   2
   3 source `dirname $0`/midp_common.sh
   4
   5
   6 calculate_motion()
   7 {
   8   # calculate motion amplitudes along the 3 image axes
   9   rm /tmp/result.txt 2> /dev/null
  10   dir=( "\"left-right\"" "\"anterior-posterior\"" "\"cranio-caudal\"" )
  11   pct=( 0 33 67 )
  12   for i in 0 1 2; do
  13     if [ $gui_mode = 1 ]; then
  14       echo "${pct[$i]}"; echo "# Calculating motion along ${dir[$i]} direction.."
  15     else
  16       echo "Calculating motion along ${dir[$i]} direction.."
  17     fi
  18
  19     echo "Motion along ${dir[$i]} direction" >> /tmp/result.txt
  20     clitkImageStatistics -i ${vector_file} -m ${roi_mask2} -c $i --verbose 2> /dev/null | tail -n 8 | head -n 6 >> /tmp/result.txt
  21     min=`tail -n 2 /tmp/result.txt | head -n 1 | cut -f 2 -d ':'`
  22     max=`tail -n 1 /tmp/result.txt | cut -f 2 -d ':'`
  23     amp=`echo $max-$min | bc`
  24
  25     echo "Amplitude: $amp" >> /tmp/result.txt
  26     echo "" >> /tmp/result.txt
  27   done
  28 }
  29
  30 ############# main
  31
  32 if echo $* | grep "\-h"; then
  33   echo "Usage: calculate_motion_amplitude.sh { VECTOR_FILE RTSTRUCT_REF_IMAGE RTSTRUCT_FILE [ RTSTRUCT_ROI_NUMBER | --gui ] } | --gui "
  34   echo "  VECTOR_FILE: mhd of the vector field from where to extract motion information (may also be 4D)"
  35   echo "  RTSTRUCT_REF_IMAGE: mhd of the reference image used in the contour delineation"
  36   echo "  RTSTRUCT_FILE: dicom with contours"
  37   echo "  RTSTRUCT_ROI: number of the contour whose motion to analyze"
  38   echo "  --gui: use GUI to select files"
  39   exit 0
  40 fi
  41
  42 if echo $* | grep "\-\-gui" > /dev/null 2>&1; then
  43   gui_mode=1
  44   if [ $# = 1 ]; then
  45     vector_file=`zenity --file-selection --title="Select 4D Vector Field file."`
  46     rtstruct_ref_image=`zenity --file-selection --title="Select Reference Image."`
  47     rtstruct_file=`zenity --file-selection --title="Select RT Struct file."`
  48     select_roi
  49   elif [ $# = 4 ]; then
  50     vector_file=$1
  51     rtstruct_ref_image=$2
  52     rtstruct_file=$3
  53     select_roi
  54   else
  55     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  56     exit -1
  57   fi
  58 else
  59   gui_mode=0
  60   vector_file=$1
  61   rtstruct_ref_image=$2
  62   rtstruct_file=$3
  63   if [ $# = 4 ]; then
  64     rtstruct_roi=$4
  65     rtstruct_roi_name=$rtstruct_roi
  66   elif [ $# = 3 ]; then
  67     select_roi
  68   else
  69     echo Invalid arguments. Type \'`basename $0` -h\' for help
  70     exit -1
  71   fi
  72 fi
  73
  74 if ! cat $vector_file | grep -q "Channels = 3"; then
  75   echo Vector file must have 3 channels.
  76   exit -2
  77 fi
  78
  79 # create ROI mask from rtstruct
  80 roi_mask=roi_${rtstruct_roi}.mhd
  81 clitkDicomRTStruct2Image -i ${rtstruct_file} -o ${roi_mask} -j ${rtstruct_ref_image} -r ${rtstruct_roi} 2> /tmp/err.txt
  82 if cat /tmp/err.txt | grep -q "No ROI"; then
  83   echo Invalid contour number.
  84   exit -3
  85 fi
  86
  87 # guarantees the same sampling for roi mask and vector image
  88 roi_mask2=resampled_${roi_mask}
  89 clitkResampleImage -i ${roi_mask} -o ${roi_mask2} --like ${vector_file}
  90
  91 if [ $gui_mode = 1 ]; then
  92   calculate_motion | zenity --progress --auto-close --percentage=0 --text=""
  93 else
  94   calculate_motion
  95 fi
  96
  97 if [ $gui_mode = 1 ]; then
  98   cat /tmp/result.txt | zenity --text-info --title "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
  99 else
 100   echo "Restuls for \"${rtstruct_roi_name}\""
 101   cat /tmp/result.txt
 102 fi
 103
 104 rm `basename $roi_mask .mhd`.{mhd,raw}
 105 rm `basename $roi_mask2 .mhd`.{mhd,raw}
 106 rm /tmp/err.txt
 107 rm /tmp/result.txt