scripts/compress_mhd.sh

   1 #! /bin/bash
   2
   3 compress_file()
   4 {
   5   local f=$1
   6   if [ "$verbose" = "1" ]; then
   7     echo "Compressing $f..."
   8   fi
   9
  10   local msg=`clitkImageConvert -i $f -o $f -c`
  11   if [ -z "$msg" ]; then
  12     raw=`echo $f | sed 's/\.mhd/\.raw/'`
  13     if test -e $raw; then
  14       rm $raw
  15     fi
  16   fi
  17 }
  18
  19 compress_directory()
  20 {
  21   local input=$1
  22
  23   files=$(find $input -name "*.mhd" | sort)
  24   for f in $files; do
  25     if ! grep -iq 'LIST' $f; then
  26       # process all except 4D files
  27       compress_file $f
  28     else
  29       # process only 4D files (just update pointers to new zraw files)
  30       # assumes each .RAW in the list has a corresponding .MHD, which
  31       # must be compressed separately
  32       sed -i 's/\.raw/\.zraw/g' $f
  33       if grep -q "CompressedData" $f; then
  34         sed -i 's/CompressedData.*/CompressedData = True/' $f
  35       else
  36         tmp=/tmp/$RANDOM.mhd
  37         echo "CompressedData = True" > $tmp
  38         cat $f >> $tmp
  39         mv $tmp $f
  40       fi
  41     fi
  42   done
  43 }
  44
  45 # main program
  46
  47 if [ $# -lt 1 -o $# -gt 2 ]; then
  48   echo "Invalid params. `basename $0` [-h | --help] for help" 1>&2
  49   exit -1
  50 fi
  51
  52 if [ -n "`echo $@ | grep '\-h\|--help'`" ]; then
  53   echo "Usage: `basename $0` {FILE | DIRECTORY | -h | --help | -v}"
  54   exit 0
  55 fi
  56
  57 if [ -n "`echo $@ | grep '\-v'`" ]; then
  58   echo Verbose mode : ON
  59   verbose=1
  60 fi
  61
  62 input=$1
  63 if test -d $input; then
  64   compress_directory $input
  65 elif test -f $input; then
  66   compress_file $input
  67 else
  68   echo "Unknow input file type." 1>&2
  69 fi