scripts/create_mhd_4D-2.0.sh

   1 #!/bin/sh +x
   2
   3
   4 write_mhd_4D()
   5 {
   6   cat $orig | sed "s/NDims = .*/NDims = 4/
   7                   s/TransformMatrix = .*/TransformMatrix = 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1/
   8                   /Offset/ s/.*/& 0/
   9                   /CenterOfRotation/ s/.*/& 0/
  10                   s/AnatomicalOrientation = .*/AnatomicalOrientation = ????/
  11                   /ElementSpacing/ s/.*/& 1/
  12                   /DimSize/ s/.*/& $nbph/
  13                   s/ElementDataFile = .*/ElementDataFile = LIST/" > "$1/$file_name_4D"
  14
  15   for ph in $listph
  16   do
  17     phase=`basename $ph`
  18     echo "$phase" >> "$1/$file_name_4D"
  19   done
  20 }
  21
  22 #################################################
  23 # create_mhd_4D         argument : repertoire   #
  24 #################################################
  25 if [ $# -lt 1 ]
  26 then
  27   echo "Usage: create_mhd_4D.sh DIRECTORY"
  28   exit 1
  29 fi
  30
  31 dirname=`dirname $1`
  32 pattern=`basename $1`
  33
  34 list_phase_file=`ls -1 $1*[0-9].mhd`
  35 nb_phase_file=`ls -1 $1*[0-9].mhd | wc -l`
  36 if [ $nb_phase_file = 0 ]
  37 then
  38   echo "Error: no phase found"
  39   exit 1
  40 fi
  41
  42 nbph=$nb_phase_file
  43 orig=`echo $list_phase_file | cut -f 1 -d ' '`
  44 listph=`echo $list_phase_file | sed 's:\.mhd:\.raw:g'`
  45
  46 file_name_4D=`echo "${pattern}4D.mhd"`
  47
  48 write_mhd_4D $dirname
  49 echo "$dirname/$file_name_4D"