scripts/create_mhd_4D_pattern.sh

   1 #!/bin/sh +x
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: create_mhd_pattern.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Similar to create_mhd_4D.sh, but receives a pattern as input.
   9 #
  10 # Example:
  11 # create_mhd_pattern.sh "<path>/all_my_phases_start_like_this_"
  12 #
  13 ###############################################################################
  14
  15 write_mhd_4D()
  16 {
  17   cat $orig | sed "s/NDims = .*/NDims = 4/
  18                   s/TransformMatrix = .*/TransformMatrix = 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1/
  19                   /Offset/ s/.*/& 0/
  20                   /CenterOfRotation/ s/.*/& 0/
  21                   s/AnatomicalOrientation = .*/AnatomicalOrientation = ????/
  22                   /ElementSpacing/ s/.*/& 1/
  23                   /DimSize/ s/.*/& $nbph/
  24                   s/ElementDataFile = .*/ElementDataFile = LIST/" > "$1/$file_name_4D"
  25
  26   for ph in $listph
  27   do
  28     phase=`basename $ph`
  29     echo "$phase" >> "$1/$file_name_4D"
  30   done
  31 }
  32
  33 #################################################
  34 # create_mhd_4D         argument : repertoire   #
  35 #################################################
  36 if [ $# -lt 1 ]
  37 then
  38   echo "Usage: $0 PATTERN"
  39   exit 1
  40 fi
  41
  42 dirname=`dirname $1`
  43 pattern=`basename $1`
  44
  45 list_phase_file=`ls -1 $1*[0-9].mhd`
  46 nb_phase_file=`ls -1 $1*[0-9].mhd | wc -l`
  47 if [ $nb_phase_file = 0 ]
  48 then
  49   echo "Error: no phase found"
  50   exit 1
  51 fi
  52
  53 nbph=$nb_phase_file
  54 orig=`echo $list_phase_file | cut -f 1 -d ' '`
  55 listph=`echo $list_phase_file | sed 's:\.mhd:\.raw:g'`
  56
  57 file_name_4D=`echo "${pattern}4D.mhd"`
  58
  59 write_mhd_4D $dirname
  60 echo "$dirname/$file_name_4D"