scripts/create_midP.sh

   1 #!/bin/sh -x
   2
   3 #################################################################
   4 # create_MidP   arguments : CT_4D.mhd ref_phase spacing         #
   5 #################################################################
   6 source `dirname $0`/midp_common.sh
   7
   8 extract_patient()
   9 {
  10   echo "$image_name -> Extracting patient..."
  11   $CLITK/clitkExtractPatient -i $image_name -o MASK/patient_$image_name --noAutoCrop
  12   $CLITK/clitkBinarizeImage -i MASK/patient_$image_name -o MASK/patient_$image_name -l 1 -u 1 --mode=BG
  13   $CLITK/clitkSetBackground -i $image_name -o MASK/patient_only_$image_name --mask MASK/patient_$image_name --outsideValue -1000
  14 }
  15
  16 extract_bones()
  17 {
  18   echo "$image_name -> Extracting bones..."
  19   $CLITK/clitkImageConvert -i $image_name -o MASK/float_$image_name -t float
  20   $CLITK/clitkExtractBones -i MASK/float_$image_name -o MASK/bones_$image_name --lower1 120 --upper1 2000 --lower2 70 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  21   $CLITK/clitkMorphoMath -i MASK/bones_$image_name -o MASK/bones_$image_name --type 2 --radius 4,4,2
  22 }
  23
  24 resample()
  25 {
  26   echo "$image_name -> Resampling..."
  27   $CLITK/clitkResampleImage -i MASK/patient_$image_name -o MASK/patient_$image_name --spacing $spacing
  28   $CLITK/clitkResampleImage -i MASK/patient_only_$image_name -o MASK/patient_only_$image_name --spacing $spacing
  29   #$CLITK/clitkResampleImage -i MASK/bones_$image_name -o MASK/bones_$image_name --like MASK/patient_only_$image_name
  30 }
  31
  32 compute_motion_mask()
  33 {
  34 #   $CLITK/clitkMotionMask -i MASK/patient_only_$image_name -o MASK/mm_$image_name --featureBones=MASK/bones_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel 94 --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=MASK/feature_$image_name --writeEllips=MASK/inital_ellipse_$image_name --writeGrownEllips=MASK/growing_ellipse_$image_name;
  35 $CLITK/clitkMotionMask -i MASK/patient_only_$image_name -o MASK/mm_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel 94 --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=MASK/feature_$image_name --writeEllips=MASK/inital_ellipse_$image_name --writeGrownEllips=MASK/growing_ellipse_$image_name;
  36 }
  37
  38 set_background()
  39 {
  40   echo "$image_name -> Setting Background..."
  41   $CLITK/clitkSetBackground -i MASK/patient_only_$image_name -o MASK/inside_$image_name --mask MASK/mm_$image_name --outsideValue -1200
  42   $CLITK/clitkSetBackground -i MASK/patient_only_$image_name -o MASK/outside_$image_name --mask MASK/mm_$image_name --outsideValue -1200 --fg
  43 }
  44
  45 create_registration_masks()
  46 {
  47   echo "$image_name -> Creating registration masks..."
  48   $CLITK/clitkMorphoMath -i MASK/mm_$image_name -o MASK/regmask_in_$image_name --type 1 --radius 8
  49   $CLITK/clitkExtractPatient -i MASK/outside_$image_name -o MASK/regmask_out_$image_name --noAutoCrop
  50   $CLITK/clitkMorphoMath -i MASK/regmask_out_$image_name -o MASK/regmask_out_$image_name --type 1 --radius 8
  51 }
  52
  53 remove_files()
  54 {
  55   echo "Removing temporary files..."
  56   image_name_base=`echo $image_name | sed 's/mhd//'`
  57   case $1 in
  58     1)
  59       rm MASK/float_$image_name_base*;;
  60     2)
  61       rm MASK/bones_$image_name_base*;;
  62     3)
  63       rm MASK/patient_only_$image_name_base*;;
  64     4)
  65       #rm MASK/patient_$image_name_base*
  66       #rm MASK/mm_$image_name_base*
  67       rm -f $vf_dir/vf_tmp_in_${ref}_${phase}.*
  68       rm -f $vf_dir/vf_tmp_out_${ref}_${phase}.*
  69       #rm MASK/regmask_in_$image_name_base*
  70       #rm MASK/regmask_out_$image_name_base*
  71       ;;
  72     5)
  73 #       rm -f coeff_*
  74       #rm $vf_dir/vf_in_*
  75       #rm $vf_dir/vf_out_*
  76 #       rm MASK/regmask_*
  77 #       rm MASK/mm_*
  78       ;;
  79     6)
  80       ;;
  81       #rm -f $vf_dir/_4D.*
  82       #rm -f $vf_dir/vf_MIDP_${ref}.*
  83       #rm -f $vf_dir/vf_${ref}_MIDP.*;;
  84     7)
  85       ;; #rm $vf_dir/vf_MIDP_${phase}.*;;
  86     8)
  87       rm $vf_dir/*.txt
  88       rm $vf_dir/*.log
  89   esac
  90 }
  91
  92 mm_preprocessing()
  93 {
  94   extract_patient
  95   #extract_bones
  96   remove_files 1
  97   resample
  98 }
  99
 100 mm_postprocessing()
 101 {
 102   remove_files 2
 103   set_background
 104   remove_files 3
 105   create_registration_masks
 106 }
 107
 108 # mm_workflow()
 109 # {
 110 #   extract_patient
 111 #   extract_bones
 112 #   remove_files 1
 113 #   resample
 114 #   echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 115 #   compute_motion_mask >> LOG/motion_mask_$image_name.log
 116 #   remove_files 2
 117 #   set_background
 118 #   remove_files 3
 119 #   create_registration_masks
 120 # }
 121
 122 motion_mask()
 123 {
 124   echo
 125   echo "------------ Motion mask ------------"
 126   start=`date`
 127   echo "start: $start"
 128   echo
 129   mkdir -p "MASK"
 130   rm -f "LOG/motion_mask*.log"
 131   regmask_in_list=""
 132   regmask_out_list=""
 133   reg_in_list=""
 134   reg_out_list=""
 135
 136   # multi-threaded pre-processing for motion mask calcs
 137   for phase in $phase_list
 138   do
 139     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 140     check_threads $MAX_THREADS
 141     #mm_preprocessing &
 142   done
 143
 144   # single-threaded motion mask calc
 145   check_threads 1
 146   for phase in $phase_list
 147   do
 148     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 149
 150     echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 151     #compute_motion_mask >> LOG/motion_mask_$image_name.log
 152   done
 153
 154   # multi-threaded post-processing of motion mask calcs
 155   for phase in $phase_list
 156   do
 157     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 158     check_threads $MAX_THREADS
 159     #mm_postprocessing &
 160     regmask_in_list="$regmask_in_list regmask_in_$image_name"
 161     regmask_out_list="$regmask_out_list regmask_out_$image_name"
 162     reg_in_list="$reg_in_list inside_$image_name"
 163     reg_out_list="$reg_out_list outside_$image_name"
 164   done
 165
 166   wait
 167   echo
 168   echo "-------- Motion mask done ! ---------"
 169   end=`date`
 170   echo "start: $start"
 171   echo "end: $end"
 172   echo
 173 }
 174
 175 compute_BLUTDIR()
 176 {
 177   ########## register in ##########
 178   for reg_in in $reg_in_list
 179   do
 180     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "$phase"` ]
 181     then
 182       target_in=$reg_in
 183     fi
 184   done
 185   echo "Computing BLUTDIR $reference_in -> $target_in ..."
 186   #$CLITK/clitkBLUTDIR --reference="MASK/$reference_in" --target="MASK/$target_in" --output="MASK/reg_$target_in" --referenceMask="MASK/$reference_mask_in" --vf="$vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd" $coeff_in_ini --coeff="$coeff_dir/coeff_in_${ref}_${phase}.mhd" $registration_parameters_BLUTDIR >> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 187   $CLITK/clitkBLUTDIR --reference="MASK/$reference_in" --target="MASK/$target_in" --output="MASK/reg_$target_in" --referenceMask="MASK/$reference_mask_in" --vf="$vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd" --coeff="$coeff_dir/coeff_in_${ref}_${phase}.mhd" $registration_parameters_BLUTDIR >> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 188   coeff_in_ini="--initCoeff=$coeff_dir/coeff_in_${ref}_${phase}.mhd"
 189   ########## register out ##########
 190   for reg_out in $reg_out_list
 191   do
 192     if [ ! -z `echo $reg_out | grep "$phase"` ]
 193     then
 194       target_out=$reg_out
 195     fi
 196   done
 197   echo "Computing BLUTDIR $reference_out -> $target_out ..."
 198   #$CLITK/clitkBLUTDIR --reference="MASK/$reference_out" --target="MASK/$target_out" --output="MASK/reg_$target_out" --referenceMask="MASK/$reference_mask_out" --vf="$vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd" $coeff_out_ini --coeff="$coeff_dir/coeff_out_${ref}_${phase}.mhd" $registration_parameters_BLUTDIR >> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 199   $CLITK/clitkBLUTDIR --reference="MASK/$reference_out" --target="MASK/$target_out" --output="MASK/reg_$target_out" --referenceMask="MASK/$reference_mask_out" --vf="$vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd" --coeff="$coeff_dir/coeff_out_${ref}_${phase}.mhd" $registration_parameters_BLUTDIR >> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 200   coeff_out_ini="--initCoeff=$coeff_dir/coeff_out_${ref}_${phase}.mhd"
 201   ##################################
 202   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd -m MASK/mm_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 203   $CLITK/clitkZeroVF -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -o $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd
 204   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd -m MASK/patient_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 205   remove_files 4
 206 }
 207
 208 compute_DEMONSDIR()
 209 {
 210   ########## register in ##########
 211   for reg_in in $reg_in_list
 212   do
 213     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "_$phase"` ]
 214     then
 215       target_in=$reg_in
 216     fi
 217   done
 218   echo "Computing DEMONSDIR $reference_in -> $target_in ..."
 219   $CLITK/clitkDemonsDeformableRegistration --reference="MASK/$reference_in" --target="MASK/$target_in" --output="MASK/reg_$target_in" --vf="$vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd" $vf_in_ini $registration_parameters_DEMONSDIR #&>> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 220   vf_in_ini="--init=$vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd"
 221   ########## register out ##########
 222   for reg_out in $reg_out_list
 223   do
 224     if [ ! -z `echo $reg_out | grep "_$phase"` ]
 225     then
 226       target_out=$reg_out
 227     fi
 228   done
 229   echo "Computing DEMONSDIR $reference_out -> $target_out ..."
 230   $CLITK/clitkDemonsDeformableRegistration --reference="MASK/$reference_out" --target="MASK/$target_out" --output="MASK/reg_$target_out" --vf="$vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd" $vf_out_ini $registration_parameters_DEMONSDIR #&>> LOG/registration_${ref}_${phase}.log
 231   vf_out_ini="--init=$vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd"
 232   ##################################
 233   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd -m MASK/mm_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 234   $CLITK/clitkZeroVF -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -o $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd
 235   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd -m MASK/patient_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 236   remove_files 4
 237 }
 238
 239 compute_ELASTIX()
 240 {
 241   ########## register in ##########
 242   for reg_in in $reg_in_list
 243   do
 244     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "_$phase"` ]
 245     then
 246       target_in=$reg_in
 247     fi
 248   done
 249   echo "Computing ELASTIX $reference_in -> $target_in ..."
 250   exec_dir=`which elastix`
 251   exec_dir=`dirname $exec_dir`
 252   cat $exec_dir/params_BSpline.txt | sed -e "s+<NbIterations>+500+" \
 253                               -e "s+<LabelsFile>++" \
 254                               -e "s+<HistBins>+25+" \
 255                               -e "s+<Levels>+3+" \
 256                               -e "s+<NbSamples>+2000+" \
 257                               -e "s+<SamplerType>+Random+" \
 258                               -e "s+<Spacing>+32+" > params_BSpline.txt
 259   elastix -f "MASK/$reference_in" -m "MASK/$target_in" -fMask "MASK/$reference_mask_in" -out $vf_dir -p params_BSpline.txt > /dev/null
 260   transformix -tp $vf_dir/TransformParameters.0.txt -out $vf_dir -def all > /dev/null
 261   mv $vf_dir/deformationField.mhd $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd
 262   mv $vf_dir/deformationField.raw $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.raw
 263   sed -i "s:deformationField:vf_in_${ref}_${phase}:" $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd
 264   mv $vf_dir/result.0.mhd MASK/reg_$target_in
 265   targetraw=`echo reg_$target_in | sed 's:mhd:raw:'`
 266   sed -i "s:result.0.mhd:$targetraw" MASK/reg_$target_in
 267   mv $vf_dir/result.0.raw MASK/$targetraw
 268   remove_files 8
 269
 270   ########## register out ##########
 271   for reg_out in $reg_out_list
 272   do
 273     if [ ! -z `echo $reg_out | grep "_$phase"` ]
 274     then
 275       target_out=$reg_out
 276     fi
 277   done
 278   echo "Computing ELASTIX $reference_out -> $target_out ..."
 279   elastix -f "MASK/$reference_out" -m "MASK/$target_out" -fMask "MASK/$reference_mask_out" -out $vf_dir -p params_BSpline.txt > /dev/null
 280   transformix -tp $vf_dir/TransformParameters.0.txt -out $vf_dir -def all > /dev/null
 281   mv $vf_dir/deformationField.mhd $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd
 282   mv $vf_dir/deformationField.raw $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.raw
 283   sed -i "s:deformationField:vf_out_${ref}_${phase}:" $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd
 284   mv $vf_dir/result.0.mhd MASK/reg_$target_out
 285   targetraw=`echo reg_$target_out | sed 's:mhd:raw:'`
 286   sed -i "s:result.0.mhd:$targetraw" MASK/reg_$target_out
 287   mv $vf_dir/result.0.raw MASK/$targetraw
 288   remove_files 8
 289
 290   ##################################
 291   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_in_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_out_${ref}_${phase}.mhd -m MASK/mm_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 292   $CLITK/clitkZeroVF -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -o $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd
 293   $CLITK/clitkCombineImage -i $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -j $vf_dir/vf_${ref}_${ref}.mhd -m MASK/patient_$image_name -o $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd
 294   remove_files 4
 295 }
 296
 297 registration()
 298 {
 299   echo
 300   echo "----------- Registration ------------"
 301   start=`date`
 302   echo "start: $start"
 303   echo
 304
 305   rm -f "LOG/registration*.log"
 306
 307   # wait any unfinished threads
 308   check_threads 1
 309
 310   for reg_in in $reg_in_list
 311   do
 312     if [ ! -z `echo $reg_in | grep "$ref"` ]
 313     then
 314       reference_in=$reg_in
 315     fi
 316   done
 317   for reg_out in $reg_out_list
 318   do
 319     if [ ! -z `echo $reg_out | grep "$ref"` ]
 320     then
 321       reference_out=$reg_out
 322     fi
 323   done
 324   for regmask_in in $regmask_in_list
 325   do
 326     if [ ! -z `echo $regmask_in | grep "$ref"` ]
 327     then
 328       reference_mask_in=$regmask_in
 329     fi
 330   done
 331   for regmask_out in $regmask_out_list
 332   do
 333     if [ ! -z `echo $regmask_out | grep "$ref"` ]
 334     then
 335       reference_mask_out=$regmask_out
 336     fi
 337   done
 338
 339   registration_parameters_BLUTDIR="--spacing=32,32,32 --interp=2 --metric=11 --bins=25 --samples=1 --levels=3 --verbose " #--coeffEveryN 5"
 340   registration_parameters_DEMONSDIR="--demons=3 --levels=1"
 341   registration_parameters_ELASTIX="--demons=3 --levels=1"
 342
 343   coeff_in_ini=""
 344   coeff_out_ini=""
 345   vf_in_ini=""
 346   vf_out_ini=""
 347
 348   for phase in $list_phases
 349   do
 350     for img in $phase_list
 351     do
 352       if [ ! -z `echo $img | grep "$phase" | grep -v "[0-9]$phase"` ]
 353       then
 354         image_name=`echo $img | sed 's/raw/mhd/'`
 355       fi
 356     done
 357     if [ $method = 1 ]
 358     then
 359       compute_BLUTDIR
 360     elif [ $method = 2 ]
 361     then
 362       compute_DEMONSDIR
 363     elif [ $method = 3 ]
 364     then
 365       compute_ELASTIX
 366     fi
 367   done
 368   remove_files 5
 369
 370   echo
 371   echo "-------- Registration done ! --------"
 372   end=`date`
 373   echo "start: $start"
 374   echo "end: $end"
 375   echo
 376 }
 377
 378 calculate_vf_MIDP_REF()
 379 {
 380   echo "Calculating vf_REF_MIDP.mhd..."
 381   remove_files 6
 382   create_mhd_4D.sh $vf_dir #"vf_4D.mhd"
 383   $CLITK/clitkAverageTemporalDimension -i $vf_dir/_4D.mhd -o $vf_dir/vf_${ref}_MIDP.mhd
 384   $CLITK/clitkInvertVF -i $vf_dir/vf_${ref}_MIDP.mhd -o $vf_dir/vf_MIDP_${ref}.mhd
 385 }
 386
 387 calculate_CT_MIDP_REF()
 388 {
 389   reference=`ls *.mhd | grep $ref #| grep -v "[0-9]$ref.mhd"`
 390   echo "Calculating CT_MIDP_REF.mhd '$reference'..."
 391   $CLITK/clitkWarpImage -i $reference -o CT_MIDP_REF.mhd --vf=$vf_dir/vf_MIDP_${ref}.mhd -s 1
 392 }
 393
 394 calculate_CT_MIDP_PHASE()
 395 {
 396   echo "Calculating CT_MIDP_${phase}.mhd..."
 397   $CLITK/clitkComposeVF -i $vf_dir/vf_MIDP_${ref}.mhd -j $vf_dir/vf_${ref}_${phase}.mhd -o $vf_dir/vf_MIDP_${phase}.mhd
 398   phase_img=`ls *.mhd | grep "${phase}" # | grep -v "[0-9]$ref.mhd"`
 399   $CLITK/clitkWarpImage -i $phase_img -o MIDP/CT_MIDP_${phase}.mhd --vf=$vf_dir/vf_MIDP_${phase}.mhd -s 1
 400   $CLITK/clitkImageConvert -i MIDP/CT_MIDP_${phase}.mhd -o MIDP/CT_MIDP_${phase}.mhd -t float
 401   remove_files 7
 402 }
 403
 404 prepare_MIDP_images()
 405 {
 406   echo "Preparing MIDP images..."
 407   cp CT_MIDP_REF.mhd MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd
 408   cp CT_MIDP_REF.raw MIDP/CT_MIDP_${ref}.raw
 409   cat MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd | sed "s/ElementDataFile = .*/ElementDataFile = CT\_MIDP\_${ref}\.raw/" > MIDP/CT_MIDP_${ref}_tmp.mhd
 410   rm MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd
 411   mv MIDP/CT_MIDP_${ref}_tmp.mhd MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd
 412   $CLITK/clitkImageConvert -i MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd -o MIDP/CT_MIDP_${ref}.mhd -t float
 413   create_mhd_4D.sh MIDP #"CT_MIDP_4D.mhd"
 414 }
 415
 416 calculate_CT_MIDP_MOY()
 417 {
 418   echo "Calculating CT_MIDP_MOY.mhd..."
 419   $CLITK/clitkAverageTemporalDimension -i MIDP/_4D.mhd -o CT_MIDP_MOY.mhd
 420 }
 421
 422 calculate_CT_MIDP_MED()
 423 {
 424   echo "Calculating CT_MIDP_MED.mhd..."
 425   $CLITK/clitkMedianTemporalDimension -i MIDP/_4D.mhd -o CT_MIDP_MED.mhd
 426 }
 427
 428 calculate_CT_MIDP_MIP()
 429 {
 430   echo "Calculating CT_MIDP_MIP.mhd..."
 431   $CLITK/clitkMIP -i MIDP/_4D.mhd -o CT_MIDP_MIP.mhd -d 3
 432 }
 433
 434 mid_position()
 435 {
 436   echo
 437   echo "----------- Mid-position ------------"
 438   start=`date`
 439   echo "start: $start"
 440   echo
 441
 442   mkdir -p "MIDP"
 443
 444   calculate_vf_MIDP_REF
 445   calculate_CT_MIDP_REF
 446   for phase in $list_phases
 447   do
 448     check_threads $MAX_THREADS
 449     calculate_CT_MIDP_PHASE &
 450   done
 451   wait
 452   prepare_MIDP_images
 453   calculate_CT_MIDP_MED &
 454   calculate_CT_MIDP_MIP &
 455   calculate_CT_MIDP_MOY &
 456   wait
 457
 458   echo
 459   echo "-------- Mid-position done ! --------"
 460   end=`date`
 461   echo "start: $start"
 462   echo "end: $end"
 463   echo
 464 }
 465
 466 #################
 467 #       main    #
 468 #################
 469
 470 if [ $# -lt 1 ]
 471 then
 472     echo "Usage: create_midP.sh CT_4D.mhd ref_phase computation_spacing(mm) method(1:BSPLINE, 2:DEMONS)"
 473     exit 1
 474 fi
 475 CLITK=~/creatis/clitk3/build/bin
 476 CT_4D_path=$1
 477 CT_4D=`basename $CT_4D_path`
 478 work_dir=`dirname $CT_4D_path`
 479 cd $work_dir
 480 ref=$2
 481 spacing=$3
 482 method=$4
 483
 484 vf_dir="VF"
 485 coeff_dir="$vf_dir/coeff"
 486
 487 mkdir -p $vf_dir
 488 mkdir -p $coeff_dir
 489
 490 echo
 491 echo "--------------- START ---------------"
 492 begining=`date`
 493 echo "start: $begining"
 494 echo
 495
 496 mkdir -p "LOG"
 497 phase_list=`grep ".raw" $CT_4D`
 498 echo "phases -> " $phase_list
 499 nb_phases=`grep ".raw" $CT_4D | wc -l`
 500 gt_ref=""
 501 lt_ref=""
 502
 503 phase_files=( `cat $CT_4D | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:'` )
 504 echo "Phase files are ${phase_files[@]}"
 505
 506 phase_nbs=( `echo ${phase_files[@]} | grep -o '[[:alpha:][:punct:]][0-9]\{1,2\}[[:punct:]]' | grep -o '[0-9]\{1,2\}'` )
 507 #phase_nbs=( `echo ${phase_files[@]} | grep -o '[0-9]\{1,2\}'` )
 508 echo "Phase numbers are ${phase_nbs[@]}"
 509
 510
 511 for ph in $phase_list
 512 do
 513   #ph_nb=`echo $ph | grep -o "[0-9][0-9]*\.raw" | sed -e 's/\.raw//'`
 514   ph_nb=`echo $ph | grep -o "[0-9][0-9]"`
 515   if [ $ph_nb -gt $ref ]
 516   then
 517     gt_ref="$gt_ref $ph_nb"
 518   elif [ $ph_nb -lt $ref ]
 519   then
 520     lt_ref="$lt_ref $ph_nb"
 521   fi
 522 done
 523 list_phases="$gt_ref $lt_ref"
 524 echo list_phases $list_phases
 525
 526 motion_mask
 527 registration
 528 mid_position
 529
 530 echo
 531 echo "---------------- END ----------------"
 532 terminating=`date`
 533 echo "start: $begining"
 534 echo "end: $terminating"
 535 echo