scripts/create_midP_masks.sh

   1 #! /bin/bash -x
   2
   3 source `dirname $0`/common.sh
   4
   5 extract_patient()
   6 {
   7   echo "$image_name -> Extracting patient..."
   8   clitkExtractPatient -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --noAutoCrop -a $afdb_name $ExtractPatientExtra
   9   clitkBinarizeImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name -l 1 -u 1 --mode=BG
  10   clitkSetBackground -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --mask $mask_dir_tmp/patient_$image_name --outsideValue -1000
  11 }
  12
  13 extract_bones()
  14 {
  15   if [ x = x$ExtractBonesLower1 ]; then
  16     ExtractBonesLower1=120
  17   fi
  18   if [ x = x$ExtractBonesLower2 ]; then
  19     ExtractBonesLower2=80
  20   fi
  21   echo "$image_name -> Extracting bones..."
  22   clitkImageConvert -i $image_name -o $mask_dir_tmp/float_$image_name -t float
  23   #clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --lower1 120 --upper1 2000 --lower2 70 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  24   clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name -a $afdb_name --lower1 $ExtractBonesLower1 --upper1 2000 --lower2 $ExtractBonesLower2 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  25   #clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --type 2 --radius 4,4,2
  26 }
  27
  28 extract_lungs()
  29 {
  30   echo "$image_name -> Extracting lungs..."
  31   clitkExtractLung -i $image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -a $afdb_name --noAutoCrop
  32 }
  33
  34 resample()
  35 {
  36   echo "$image_name -> Resampling..."
  37   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  38   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  39   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --interp $resample_algo
  40   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name
  41 }
  42
  43 compute_motion_mask()
  44 {
  45   if [ x = x$MotionMaskOffsetDetect ]; then
  46     MotionMaskOffsetDetect="0,-5,0"
  47   fi
  48   if [ x = x$FillingLevel ]; then
  49     FillingLevel=94
  50   fi
  51   clitkMotionMask -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/mm_$image_name --featureBones=$mask_dir_tmp/bones_$image_name --featureLungs=$mask_dir_tmp/lungs_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel $FillingLevel --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=$mask_dir_tmp/feature_$image_name $MotionMaskExtra --monitor=$mask_dir_tmp/monitor_$image_name
  52 }
  53
  54 set_background()
  55 {
  56   echo "$image_name -> Setting Background..."
  57   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/inside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200
  58   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/outside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200 --fg
  59 }
  60
  61 create_registration_masks()
  62 {
  63   echo "$image_name -> Creating registration masks..."
  64   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/mm_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_in_$image_name --type 1 --radius 8
  65   clitkExtractPatient -i $mask_dir_tmp/outside_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --noAutoCrop
  66   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --type 1 --radius 8
  67 }
  68
  69 remove_tmp_masks()
  70 {
  71   echo "Removing temporary files..."
  72   image_name_base=`echo $image_name | sed 's/mhd//'`
  73   case $1 in
  74   1)
  75     #rm $mask_dir_tmp/float_$image_name_base*
  76     ;;
  77   2)
  78     #rm $mask_dir_tmp/bones_$image_name_base*
  79     ;;
  80   3)
  81     #rm $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name_base*
  82     ;;
  83   esac
  84 }
  85
  86 mm_preprocessing()
  87 {
  88   extract_patient
  89   extract_bones
  90   extract_lungs
  91   remove_tmp_masks 1
  92   resample
  93 }
  94
  95 mm_postprocessing()
  96 {
  97   remove_tmp_masks 2
  98   set_background
  99   remove_tmp_masks 3
 100   create_registration_masks
 101 }
 102
 103 mm_workflow()
 104 {
 105   extract_patient
 106   extract_bones
 107   remove_tmp_masks 1
 108   resample
 109   echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 110   compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 111   remove_tmp_masks 2
 112   set_background
 113   remove_tmp_masks 3
 114   create_registration_masks
 115 }
 116
 117 motion_mask()
 118 {
 119   #set cmd line variables
 120   echo "4D CT -> "$1
 121   phases=`grep ".raw" $1`
 122   echo "mask phases -> " $phases
 123
 124   dir=`dirname $1`
 125   cd $dir
 126
 127   # import variables specific to each patient
 128   source variables
 129
 130   resample_spacing=$2
 131   resample_algo=$3
 132
 133
 134   #set other global variables
 135   mask_dir="MASK-$resample_spacing""mm""-$resample_algo"
 136   mask_dir_tmp="tmp."$mask_dir
 137
 138   echo
 139   echo "------------ Motion mask from create_midP_masks.sh ------------"
 140   start=`date`
 141   echo "start: $start"
 142   echo
 143
 144   # the motion masks are first created in a tmp directory. this directory is
 145   # later going to be renamed to the final motion mask directory. concurrent
 146   # executions trying to create the same set of masks will be blocked until
 147   # the first execution finishes. naturally, these other executions will not
 148   # recreate the masks. so first we try to create the tmp directory.
 149   # if the creation fails, it means that another execution is
 150   # already creating the masks, so this execution will be blocked. the
 151   # execution is unblocked only when the creation of masks is finished and
 152   # the mask directory is renamed.
 153   #
 154   # ATTENTION: RP - 08/02/2011
 155   # robustness issue: tmp directory may exist but may be empty or
 156   # incomplete. the solution is to check per file, but I'll leave it like
 157   # this for the moment.
 158   do_mm=0
 159   if [ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]; then
 160     mkdir $mask_dir_tmp 2> /dev/null
 161     return_mkdir=$?
 162     if [ $return_mkdir == 0 ]; then
 163       do_mm=1
 164     else
 165       while [[ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]]; do
 166         echo "waiting creation of motion masks..."
 167         sleep 2
 168       done
 169       echo "finished waiting"
 170     fi
 171   fi
 172
 173   regmask_in_list=""
 174   regmask_out_list=""
 175   reg_in_list=""
 176   reg_out_list=""
 177
 178   # multi-threaded pre-processing for motion mask calcs
 179   if [ $do_mm == 1 ]; then
 180     mask_log_dir=$mask_dir_tmp/LOG
 181     mkdir -p $mask_log_dir
 182
 183     for phase in $phases
 184     do
 185       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 186       afdb_name=`echo $phase | sed 's/raw/afdb/'`
 187       check_threads $MAX_THREADS
 188       mm_preprocessing &
 189     done
 190
 191     # single-threaded motion mask calc
 192     for phase in $phases
 193     do
 194       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 195
 196       check_threads 1
 197       echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 198       compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 199     done
 200   fi
 201
 202   # multi-threaded post-processing of motion mask calcs
 203   for phase in $phases
 204   do
 205     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 206     if [ $do_mm = 1 ]; then
 207       check_threads $MAX_THREADS
 208       mm_postprocessing &
 209     fi
 210
 211     regmask_in_list="$regmask_in_list regmask_in_$image_name"
 212     regmask_out_list="$regmask_out_list regmask_out_$image_name"
 213     reg_in_list="$reg_in_list inside_$image_name"
 214     reg_out_list="$reg_out_list outside_$image_name"
 215   done
 216
 217   # rename tmp mask directory after mask creation
 218   check_threads 1
 219   mv $mask_dir_tmp $mask_dir
 220
 221   wait
 222
 223   echo
 224   echo "-------- Motion mask done ! ---------"
 225   end=`date`
 226   echo "start: $start"
 227   echo "end: $end"
 228   echo
 229 }
 230
 231
 232 #################
 233 # main  #
 234 #################
 235
 236 if [ $# != 3 ]; then
 237   echo "Usage: create_midP_masks.sh 4D_CT.mhd resample_spacing resample_algorithm"
 238   exit -1
 239 fi
 240
 241 #
 242 # variables exported in this scope
 243 #
 244 # mask_dir: directory where all masks are kept
 245 # regmask_in_list: list of registration mask files (inside lungs)
 246 # regmask_out_list: list of registration mask files (outised lungs)
 247 # reg_in_list: list of registration image files (inside lungs)
 248 # reg_out_list: list of registration image files (outside lungs)
 249 #
 250
 251 if [ $1 != "using-as-lib" ]; then
 252   motion_mask $1 $2 $3
 253 fi