scripts/create_midP_masks.sh

   1 #! /bin/bash -x
   2
   3 # imports
   4 . common.sh
   5
   6 extract_patient()
   7 {
   8   echo "$image_name -> Extracting patient..."
   9   clitkExtractPatient -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --noAutoCrop -a $afdb_name $ExtractPatientExtra
  10   clitkBinarizeImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name -l 1 -u 1 --mode=BG
  11   clitkSetBackground -i $image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --mask $mask_dir_tmp/patient_$image_name --outsideValue -1000
  12 }
  13
  14 extract_bones()
  15 {
  16   if [ x = x$ExtractBonesLower1 ]; then
  17     ExtractBonesLower1=120
  18   fi
  19   echo "$image_name -> Extracting bones..."
  20   clitkImageConvert -i $image_name -o $mask_dir_tmp/float_$image_name -t float
  21   #clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --lower1 120 --upper1 2000 --lower2 70 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  22   clitkExtractBones -i $mask_dir_tmp/float_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name -a $afdb_name --lower1 $ExtractBonesLower1 --upper1 2000 --lower2 80 --upper2 2000 --smooth --time 0.0625 --noAutoCrop
  23   #clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --type 2 --radius 4,4,2
  24 }
  25
  26 extract_lungs()
  27 {
  28   echo "$image_name -> Extracting lungs..."
  29   clitkExtractLung -i $image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -a $afdb_name --noAutoCrop
  30 }
  31
  32 resample()
  33 {
  34   echo "$image_name -> Resampling..."
  35   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  36   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --spacing $resample_spacing --interp $resample_algo
  37   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/bones_$image_name -o $mask_dir_tmp/bones_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name --interp $resample_algo
  38   clitkResampleImage -i $mask_dir_tmp/lungs_$image_name -o $mask_dir_tmp/lungs_$image_name --like $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name
  39 }
  40
  41 compute_motion_mask()
  42 {
  43   if [ x = x$MotionMaskOffsetDetect ]; then
  44     MotionMaskOffsetDetect="0,-5,0"
  45   fi
  46   clitkMotionMask -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/mm_$image_name --featureBones=$mask_dir_tmp/bones_$image_name --featureLungs=$mask_dir_tmp/lungs_$image_name --upperThresholdLungs -400 --fillingLevel 94 --offsetDetect 0,-5,0 --pad --writeFeature=$mask_dir_tmp/feature_$image_name $MotionMaskExtra --monitor=$mask_dir_tmp/monitor_$image_name
  47 }
  48
  49 set_background()
  50 {
  51   echo "$image_name -> Setting Background..."
  52   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/inside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200
  53   clitkSetBackground -i $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name -o $mask_dir_tmp/outside_$image_name --mask $mask_dir_tmp/mm_$image_name --outsideValue -1200 --fg
  54 }
  55
  56 create_registration_masks()
  57 {
  58   echo "$image_name -> Creating registration masks..."
  59   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/mm_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_in_$image_name --type 1 --radius 8
  60   clitkExtractPatient -i $mask_dir_tmp/outside_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --noAutoCrop
  61   clitkMorphoMath -i $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name -o $mask_dir_tmp/regmask_out_$image_name --type 1 --radius 8
  62 }
  63
  64 remove_tmp_masks()
  65 {
  66   echo "Removing temporary files..."
  67   image_name_base=`echo $image_name | sed 's/mhd//'`
  68   case $1 in
  69   1)
  70     #rm $mask_dir_tmp/float_$image_name_base*
  71     ;;
  72   2)
  73     #rm $mask_dir_tmp/bones_$image_name_base*
  74     ;;
  75   3)
  76     #rm $mask_dir_tmp/patient_only_$image_name_base*
  77     ;;
  78   esac
  79 }
  80
  81 mm_preprocessing()
  82 {
  83   extract_patient
  84   extract_bones
  85   extract_lungs
  86   remove_tmp_masks 1
  87   resample
  88 }
  89
  90 mm_postprocessing()
  91 {
  92   remove_tmp_masks 2
  93   set_background
  94   remove_tmp_masks 3
  95   create_registration_masks
  96 }
  97
  98 mm_workflow()
  99 {
 100   extract_patient
 101   extract_bones
 102   remove_tmp_masks 1
 103   resample
 104   echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 105   compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 106   remove_tmp_masks 2
 107   set_background
 108   remove_tmp_masks 3
 109   create_registration_masks
 110 }
 111
 112 motion_mask()
 113 {
 114   #set cmd line variables
 115   echo "4D CT -> "$1
 116   phases=`grep ".raw" $1`
 117   echo "mask phases -> " $phases
 118
 119   dir=`dirname $1`
 120   cd $dir
 121
 122   resample_spacing=$2
 123   resample_algo=$3
 124
 125
 126   #set other global variables
 127   mask_dir="MASK-$resample_spacing""mm""-$resample_algo"
 128   mask_dir_tmp="tmp."$mask_dir
 129
 130   echo
 131   echo "------------ Motion mask from create_midP_masks.sh ------------"
 132   start=`date`
 133   echo "start: $start"
 134   echo
 135
 136   # the motion masks are first created in a tmp directory. this directory is
 137   # later going to be renamed to the final motion mask directory. concurrent
 138   # executions trying to create the same set of masks will be blocked until
 139   # the first execution finishes. naturally, these other executions will not
 140   # recreate the masks. so first we try to create the tmp directory.
 141   # if the creation fails, it means that another execution is
 142   # already creating the masks, so this execution will be blocked. the
 143   # execution is unblocked only when the creation of masks is finished and
 144   # the mask directory is renamed.
 145   #
 146   # ATTENTION: RP - 08/02/2011
 147   # robustness issue: tmp directory may exist but may be empty or
 148   # incomplete. the solution is to check per file, but I'll leave it like
 149   # this for the moment.
 150   do_mm=0
 151   if [ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]; then
 152     mkdir $mask_dir_tmp 2> /dev/null
 153     return_mkdir=$?
 154     if [ $return_mkdir == 0 ]; then
 155       do_mm=1
 156     else
 157       while [[ $(ls -d $mask_dir 2> /dev/null | wc -l) -eq 0 ]]; do
 158         echo "waiting creation of motion masks..."
 159         sleep 2
 160       done
 161       echo "finished waiting"
 162     fi
 163   fi
 164
 165   regmask_in_list=""
 166   regmask_out_list=""
 167   reg_in_list=""
 168   reg_out_list=""
 169
 170   # multi-threaded pre-processing for motion mask calcs
 171   if [ $do_mm == 1 ]; then
 172     mask_log_dir=$mask_dir_tmp/LOG
 173     mkdir -p $mask_log_dir
 174
 175     for phase in $phases
 176     do
 177       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 178       afdb_name=`echo $phase | sed 's/raw/afdb/'`
 179       check_threads $MAX_THREADS
 180       mm_preprocessing &
 181     done
 182
 183     # single-threaded motion mask calc
 184     for phase in $phases
 185     do
 186       image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 187
 188       check_threads 1
 189       echo "$image_name -> Computing motion mask..."
 190       compute_motion_mask >> $mask_log_dir/motion_mask_$image_name.log
 191     done
 192   fi
 193
 194   # multi-threaded post-processing of motion mask calcs
 195   for phase in $phases
 196   do
 197     image_name=`echo $phase | sed 's/raw/mhd/'`
 198     if [ $do_mm = 1 ]; then
 199       check_threads $MAX_THREADS
 200       mm_postprocessing &
 201     fi
 202
 203     regmask_in_list="$regmask_in_list regmask_in_$image_name"
 204     regmask_out_list="$regmask_out_list regmask_out_$image_name"
 205     reg_in_list="$reg_in_list inside_$image_name"
 206     reg_out_list="$reg_out_list outside_$image_name"
 207   done
 208
 209   # rename tmp mask directory after mask creation
 210   check_threads 1
 211   mv $mask_dir_tmp $mask_dir
 212
 213   wait
 214
 215   echo
 216   echo "-------- Motion mask done ! ---------"
 217   end=`date`
 218   echo "start: $start"
 219   echo "end: $end"
 220   echo
 221 }
 222
 223
 224 #################
 225 # main  #
 226 #################
 227
 228 if [ $# != 3 ]; then
 229   echo "Usage: create_midP_masks.sh 4D_CT.mhd resample_spacing resample_algorithm"
 230   exit -1
 231 fi
 232
 233 #
 234 # variables exported in this scope
 235 #
 236 # mask_dir: directory where all mask are kept
 237 # regmask_in_list: list of registration mask files (inside lungs)
 238 # regmask_out_list: list of registration mask files (outised lungs)
 239 # reg_in_list: list of registration image files (inside lungs)
 240 # reg_out_list: list of registration image files (outside lungs)
 241 #
 242
 243 # import variables specific to each patient
 244 source variables
 245
 246 if [ $1 != "using-as-lib" ]; then
 247   motion_mask $1 $2 $3
 248 fi