scripts/dcm_sort_by_field.sh

   1 #!/bin/bash
   2 if [ $# -lt 1 ]
   3 then
   4     echo Usage: dcm_sort_by_field.sh \"field name\"
   5     exit
   6 fi
   7 path_dir=`pwd`
   8 dir_name=`basename "$path_dir"`
   9 [ -d "../${dir_name}_sorted" ] && rm -r "../${dir_name}_sorted"
  10 mkdir "../${dir_name}_sorted"
  11 find . -type f -iname "*.dcm" > ../${dir_name}_sorted/dicom_files
  12 finished=0
  13 total=$(wc -l ../${dir_name}_sorted/dicom_files)
  14 cat ../${dir_name}_sorted/dicom_files | while :
  15 do
  16     jobrunning=0
  17     conc_jobs=50
  18     while [ $jobrunning -lt $conc_jobs ]
  19     do
  20         read i || { wait; break 2; }
  21         {
  22             name="$(clitkDicomInfo "$i" | grep "$1" | head -n 1 | sed "s/.*\[//;s/.$//;s/ /_/g")"
  23             [ -z "$name" ] && echo "Warning: key not found in file $i" 1>&2 && mkdir -p "../${dir_name}_unsorted" && basename=$(basename "$i") && cp -l "$i" "../${dir_name}_unsorted/$basename" && exit 1 #copy to unsorted directory if dicom key not found
  24             #[ -z "$name" ] && echo "Warning: key not found in file $i" 1>&2 && exit 1 #don't do anything if dicom key not found
  25             name=`echo "$name" | sed 's/\//_/g'`
  26             name=`echo "$name" | sed 's/\\\/_/g'`
  27             name=`echo "$name" | sed 's/\*/_/g'`
  28             [ -d "../${dir_name}_sorted/$name" ] || mkdir "../${dir_name}_sorted/$name" 2>>/dev/null
  29             basename=$(basename "$i")
  30             cp -l "$i" "../${dir_name}_sorted/$name/$basename"
  31         }&
  32         jobrunning=$(( $jobrunning + 1 ))
  33     done
  34     finished=$(( $finished + $conc_jobs  ))
  35     echo -e -n "( $finished / $total )\r"
  36     wait
  37 done
  38 rm ../${dir_name}_sorted/dicom_files