scripts/midp_common.sh

   1 #! /bin/sh +x
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: common.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Helper file with many functions used in the midP scripts.
   9 #
  10 ###############################################################################
  11
  12
  13 # block execution untill the number of threads (jobs) launched by the
  14 # current process is below the given number of threads.
  15 MAX_THREADS=2
  16 check_threads()
  17 {
  18   nbth=$1
  19   while [[ $(jobs -p | wc -l) -ge $nbth ]]; do
  20       jobs
  21       sleep 10
  22   done
  23 }
  24
  25 #
  26 # receive a 4D file and and extract the corresponding phase numbers
  27 # export the variables containing each of the extracted data
  28 #
  29 extract_4d_phase_numbers()
  30 {
  31   mhd4d=$1
  32
  33   nb_phases=${#phase_files[@]}
  34
  35   # get everything except numbers and punctuation
  36   cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[^0-9[:punct:]]*" | sort -u > /tmp/patterns.txt
  37
  38   # find which patterns have the phases connected to it
  39   patterns=`cat /tmp/patterns.txt`
  40   if [ -z "$patterns" ]; then
  41     phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep "[0-9]\+"` )
  42   else
  43     for i in $patterns; do
  44
  45       # check if the pattern appears before the phase number
  46       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | sort -u | wc -l`
  47       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
  48         # keep only what identifies the phase number
  49         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
  50         break
  51       fi
  52
  53       # check if the pattern appears after the phase number
  54       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | sort -u | wc -l`
  55       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
  56         # keep only what identifies the phase number
  57         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
  58         break
  59       fi
  60
  61     done
  62   fi
  63
  64   echo "Phase numbers are ${phase_nbs[@]}"
  65   rm /tmp/patterns.txt
  66 }
  67
  68 #
  69 # receive a 4D file and extract the corresponding phase files,
  70 # and phase numbers.
  71 # export the variables containing each of the extracted data
  72 #
  73 extract_4d_phases()
  74 {
  75   mhd4d=$1
  76
  77   echo "4D file is $mhd4d"
  78
  79   # array of phase files
  80   phase_files=( `cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:'` )
  81   echo "Phase files are ${phase_files[@]}"
  82
  83   extract_4d_phase_numbers $mhd4d
  84 }
  85
  86
  87 #
  88 # receive a 4D file and the reference phase number as input
  89 # and extract the corresponding phase files, phase numbers,
  90 # and reference phase file.
  91 #
  92 # export the variables containing each of the extracted data
  93 #
  94 extract_4d_phases_ref()
  95 {
  96   extract_4d_phases $1
  97
  98   # reference phase file
  99   ref_phase_file=`cat $mhd4d | grep ".raw" | sed 's:.raw:.mhd:' | grep $2`
 100   echo "Reference phase is $ref_phase_file"
 101
 102   # reference phase number
 103   for i in $( seq 0 $((${#phase_nbs[@]} - 1))); do
 104     ref_phase_nb=`echo ${phase_nbs[$i]} | grep $2`
 105     if [ -n "$ref_phase_nb" ]; then
 106       echo "Reference phase number is $ref_phase_nb"
 107       break
 108     fi
 109   done
 110 }