scripts/midp_common.sh

   1 #! /bin/sh -x
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: midp_common.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Helper file with many functions used in the midP scripts.
   9 #
  10 ###############################################################################
  11
  12 #
  13 # check return value passed and abort if it represents an error (ie, ret != 0)
  14 # optionally, a function can be passed as a 3rd parameter, to be called just
  15 # before exiting. this is useful for cleaning up, for example.
  16 #
  17 abort_on_error()
  18 {
  19   if [ $2 != 0 ]; then
  20     echo Aborted at $1 with code $2
  21     #if [ $# = 3 ]; then
  22     #  eval $3
  23     #fi
  24
  25     exit $2
  26   fi
  27 }
  28
  29 #
  30 # wait for all processes in the list and return their exit codes
  31 # in the ret_codes variable.
  32 #
  33 # OBS: this function must always be called in the same shell
  34 # that launched the processes.
  35 #
  36 wait_pids()
  37 {
  38   local pids=$*
  39   local ret=
  40   local rets=
  41 #   echo PIDS: $pids
  42   for p in $pids; do
  43 #     echo waiting $p
  44     wait $p > /dev/null 2> /dev/null
  45     ret=$?
  46     if [ ret != 127 ]; then
  47       rets=$rets" "$ret
  48     else
  49       rets=$rets" "0
  50     fi
  51
  52   done
  53
  54   ret_codes=$rets
  55 }
  56
  57 #
  58 # clean-up functions for maks, registration, and midp
  59 #
  60 clean_up_masks()
  61 {
  62   rm -fr $mask_dir_tmp
  63 }
  64
  65 clean_up_midp()
  66 {
  67   rm -fr $midp_dir
  68 }
  69
  70 clean_up_registration()
  71 {
  72   rm -fr $vf_dir
  73   rm -fr $output_dir
  74 }
  75
  76
  77 #
  78 # block execution untill the number of threads (jobs) launched by the
  79 # current process is below the given number of threads.
  80 MAX_THREADS=2
  81 check_threads()
  82 {
  83   nbth=$1
  84   while [[ $(jobs -p | wc -l) -ge $nbth ]]; do
  85       jobs
  86       sleep 10
  87   done
  88 }
  89
  90 #
  91 # receive a 4D file and and extract the corresponding phase numbers
  92 # export the variables containing each of the extracted data
  93 #
  94 extract_4d_phase_numbers()
  95 {
  96   mhd4d=$1
  97
  98   nb_phases=${#phase_files[@]}
  99
 100   # get everything except numbers and punctuation
 101   cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[^0-9[:punct:]]*" | sort -u > /tmp/patterns.txt
 102
 103   # find which patterns have the phases connected to it
 104   patterns=`cat /tmp/patterns.txt`
 105   if [ -z "$patterns" ]; then
 106     phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep "[0-9]\+"` )
 107   else
 108     for i in $patterns; do
 109
 110       # check if the pattern appears before the phase number
 111       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | sort -u | wc -l`
 112       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
 113         # keep only what identifies the phase number
 114         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
 115         break
 116       fi
 117
 118       # check if the pattern appears after the phase number
 119       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | sort -u | wc -l`
 120       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
 121         # keep only what identifies the phase number
 122         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
 123         break
 124       fi
 125
 126     done
 127   fi
 128
 129   echo "Phase numbers are ${phase_nbs[@]}"
 130   rm /tmp/patterns.txt
 131 }
 132
 133 #
 134 # receive a 4D file and extract the corresponding phase files,
 135 # and phase numbers.
 136 # export the variables containing each of the extracted data
 137 #
 138 extract_4d_phases()
 139 {
 140   mhd4d=$1
 141
 142   echo "4D file is $mhd4d"
 143
 144   # array of phase files
 145   phase_files=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:'` )
 146   echo "Phase files are ${phase_files[@]}"
 147
 148   extract_4d_phase_numbers $mhd4d
 149 }
 150
 151
 152 #
 153 # receive a 4D file and the reference phase number as input
 154 # and extract the corresponding phase files, phase numbers,
 155 # and reference phase file.
 156 #
 157 # export the variables containing each of the extracted data
 158 #
 159 extract_4d_phases_ref()
 160 {
 161   extract_4d_phases $1
 162
 163   # reference phase file
 164   ref_phase_file=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | grep $2`
 165   echo "Reference phase is $ref_phase_file"
 166
 167   # reference phase number
 168   for i in $( seq 0 $((${#phase_nbs[@]} - 1))); do
 169     ref_phase_nb=`echo ${phase_nbs[$i]} | grep $2`
 170     if [ -n "$ref_phase_nb" ]; then
 171       echo "Reference phase number is $ref_phase_nb"
 172       break
 173     fi
 174   done
 175 }
 176
 177 #
 178 # replacement for clitkCombineImage
 179 combine_image()
 180 {
 181 #  eg: -i $result_in -j $result_out -o $out_result -m $motion_mask
 182   local tmp1=$RANDOM
 183   local tmp2=$RANDOM
 184
 185   clitkSetBackground -i $1 -o $tmp1.mhd -m $4
 186   clitkSetBackground -i $2 -o $tmp2.mhd -m $4 --fg
 187
 188   clitkImageArithm -i $tmp1.mhd -j $tmp2.mhd -o $3
 189   rm $tmp1.* $tmp2.*
 190 }
 191
 192 #
 193 # replacement for clitkAverageTemporalDimension
 194 average_temporal_dimension()
 195 {
 196   # eg: -i $midp_dir/midp_4D.mhd -o $midp_dir/midp_avg.mhd
 197   local tmp=$RANDOM
 198   local tot=$tmp.mhd
 199
 200   local dir=`dirname $1`
 201   local first=`grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g' | head -n 1`
 202   clitkImageArithm -i $dir/$first -o $tot -t 1 -s 0
 203
 204   local nbphases=`grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g' | wc -l`
 205   for i in $(grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g'); do
 206     clitkImageArithm -i $dir/$i -j $tot -o $tot
 207   done
 208
 209   clitkImageArithm -i $tot -o $2 -t 11 -s $nbphases
 210   rm $tmp.*
 211 }
 212
 213 select_contour_gui()
 214 {
 215   local roi_list=$@
 216   roi=`zenity --list --title="Available Contours" --column="Please choose a contour:" $roi_list`
 217   case $? in
 218     0)
 219     if [ -z $roi ]
 220     then
 221       zenity --warning --text="You must choose one contour."
 222       select_contour $roi_list
 223     else
 224       rtstruct_roi_name=$roi
 225     fi;;
 226     1)
 227     if zenity --question --text="Do you really wish to quit?"
 228     then
 229       exit
 230     else
 231       select_contour $roi_list
 232     fi;;
 233     -1)
 234       zenity --error --text="Unexpected error. Please relaunch the application."
 235       exit;;
 236   esac
 237 }
 238
 239 select_contour()
 240 {
 241   local roi_list=$@
 242   echo "Available Contours:"
 243   for r in $roi_list; do
 244     echo $r
 245   done
 246
 247   echo "Please choose a contour number:"
 248   read rtstruct_roi_index
 249   let i=0
 250   for r in $roi_list; do
 251     if [ $rtstruct_roi_index = `echo $r | cut -d ':' -f 1` ]; then
 252       rtstruct_roi_index=$i
 253       break;
 254     fi
 255     let i=i+1
 256   done
 257
 258 }
 259
 260 select_roi()
 261 {
 262   rtstruct_roi_name_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0026" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Name] \|]//'` )
 263   rtstruct_roi_number_list=( `clitkDicomInfo ${rtstruct_file} | grep "3006|0022" | cut -d '[' -f 4 | sed 's/| V 3006|0026[LO] [ROI Number] \|]//'` )
 264   rtstruct_roi_list=( )
 265   for i in $(seq 0 1 $(( ${#rtstruct_roi_name_list[@]} - 1 ))); do
 266     rtstruct_roi_list[$i]=${rtstruct_roi_number_list[$i]}:${rtstruct_roi_name_list[$i]}
 267   done
 268
 269   if [ $gui_mode = 1 ]; then
 270     select_contour_gui ${rtstruct_roi_list[@]}
 271     rtstruct_roi=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 1`
 272     rtstruct_roi_name=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 2`
 273   else
 274     select_contour ${rtstruct_roi_list[@]}
 275     rtstruct_roi=${rtstruct_roi_number_list[$(( $rtstruct_roi_index ))]}
 276     rtstruct_roi_name=${rtstruct_roi_name_list[$(( $rtstruct_roi_index ))]}
 277   fi
 278 }