scripts/midp_common.sh

   1 #! /bin/sh -x
   2
   3 ###############################################################################
   4 #
   5 # FILE: midp_common.sh
   6 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   7 #
   8 # Helper file with many functions used in the midP scripts.
   9 #
  10 ###############################################################################
  11
  12 bin=`dirname $0`
  13 source $bin/tools.sh
  14
  15 #
  16 # check return value passed and abort if it represents an error (ie, ret != 0)
  17 # optionally, a function can be passed as a 3rd parameter, to be called just
  18 # before exiting. this is useful for cleaning up, for example.
  19 #
  20 abort_on_error()
  21 {
  22   if [ $2 != 0 ]; then
  23     echo Aborted at $1 with code $2
  24     #if [ $# = 3 ]; then
  25     #  eval $3
  26     #fi
  27
  28     exit $2
  29   fi
  30 }
  31
  32 #
  33 # wait for all processes in the list and return their exit codes
  34 # in the ret_codes variable.
  35 #
  36 # OBS: this function must always be called in the same shell
  37 # that launched the processes.
  38 #
  39 wait_pids()
  40 {
  41   local pids=$*
  42   local ret=
  43   local rets=
  44 #   echo PIDS: $pids
  45   for p in $pids; do
  46 #     echo waiting $p
  47     wait $p > /dev/null 2> /dev/null
  48     ret=$?
  49     if [ ret != 127 ]; then
  50       rets=$rets" "$ret
  51     else
  52       rets=$rets" "0
  53     fi
  54
  55   done
  56
  57   ret_codes=$rets
  58 }
  59
  60 #
  61 # clean-up functions for maks, registration, and midp
  62 #
  63 clean_up_masks()
  64 {
  65   rm -fr $mask_dir_tmp
  66 }
  67
  68 clean_up_midp()
  69 {
  70   rm -fr $midp_dir
  71 }
  72
  73 clean_up_registration()
  74 {
  75   rm -fr $vf_dir
  76   rm -fr $output_dir
  77 }
  78
  79
  80 #
  81 # block execution untill the number of threads (jobs) launched by the
  82 # current process is below the given number of threads.
  83 MAX_THREADS=2
  84 check_threads()
  85 {
  86   nbth=$1
  87   while [[ $(jobs -p | wc -l) -ge $nbth ]]; do
  88       jobs
  89       sleep 10
  90   done
  91 }
  92
  93 #
  94 # receive a 4D file and and extract the corresponding phase numbers
  95 # export the variables containing each of the extracted data
  96 #
  97 extract_4d_phase_numbers()
  98 {
  99   mhd4d=$1
 100
 101   nb_phases=${#phase_files[@]}
 102
 103   # get everything except numbers and punctuation
 104   cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[^0-9[:punct:]]*" | sort -u > /tmp/patterns.txt
 105
 106   # find which patterns have the phases connected to it
 107   patterns=`cat /tmp/patterns.txt`
 108   if [ -z "$patterns" ]; then
 109     phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep "[0-9]\+"` )
 110   else
 111     for i in $patterns; do
 112
 113       # check if the pattern appears before the phase number
 114       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | sort -u | wc -l`
 115       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
 116         # keep only what identifies the phase number
 117         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "$i[0-9[:punct:]]\+" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
 118         break
 119       fi
 120
 121       # check if the pattern appears after the phase number
 122       nb_phases_found=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | sort -u | wc -l`
 123       if [ $nb_phases_found == $nb_phases ]; then
 124         # keep only what identifies the phase number
 125         phase_nbs=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | sed 's/.mhd//' | grep -o "[0-9[:punct:]]\+$i" | grep -o "[^${i}]\+" | grep -o "[0-9]\+[[:punct:]]*[0-9]*" | grep -o "[0-9]*[[:punct:]]*[0-9]\+"` )
 126         break
 127       fi
 128
 129     done
 130   fi
 131
 132   echo "Phase numbers are ${phase_nbs[@]}"
 133   rm /tmp/patterns.txt
 134 }
 135
 136 #
 137 # receive a 4D file and extract the corresponding phase files,
 138 # and phase numbers.
 139 # export the variables containing each of the extracted data
 140 #
 141 extract_4d_phases()
 142 {
 143   mhd4d=$1
 144
 145   echo "4D file is $mhd4d"
 146
 147   # array of phase files
 148   phase_files=( `cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:'` )
 149   echo "Phase files are ${phase_files[@]}"
 150
 151   extract_4d_phase_numbers $mhd4d
 152 }
 153
 154
 155 #
 156 # receive a 4D file and the reference phase number as input
 157 # and extract the corresponding phase files, phase numbers,
 158 # and reference phase file.
 159 #
 160 # export the variables containing each of the extracted data
 161 #
 162 extract_4d_phases_ref()
 163 {
 164   extract_4d_phases $1
 165
 166   # reference phase file
 167   ref_phase_file=`cat $mhd4d | grep ".z*raw" | sed 's:.z*raw:.mhd:' | grep $2`
 168   echo "Reference phase is $ref_phase_file"
 169
 170   # reference phase number
 171   for i in $( seq 0 $((${#phase_nbs[@]} - 1))); do
 172     ref_phase_nb=`echo ${phase_nbs[$i]} | grep $2`
 173     if [ -n "$ref_phase_nb" ]; then
 174       echo "Reference phase number is $ref_phase_nb"
 175       break
 176     fi
 177   done
 178 }
 179
 180 #
 181 # replacement for clitkCombineImage
 182 combine_image()
 183 {
 184 #  eg: -i $result_in -j $result_out -o $out_result -m $motion_mask
 185   local tmp1=$RANDOM
 186   local tmp2=$RANDOM
 187
 188   clitkSetBackground -i $1 -o $tmp1.mhd -m $4
 189   clitkSetBackground -i $2 -o $tmp2.mhd -m $4 --fg
 190
 191   clitkImageArithm -i $tmp1.mhd -j $tmp2.mhd -o $3
 192   rm $tmp1.* $tmp2.*
 193 }
 194
 195 #
 196 # replacement for clitkAverageTemporalDimension
 197 average_temporal_dimension()
 198 {
 199   # eg: -i $midp_dir/midp_4D.mhd -o $midp_dir/midp_avg.mhd
 200   local tmp=$RANDOM
 201   local tot=$tmp.mhd
 202
 203   local dir=`dirname $1`
 204   local first=`grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g' | head -n 1`
 205   clitkImageArithm -i $dir/$first -o $tot -t 1 -s 0
 206
 207   local nbphases=`grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g' | wc -l`
 208   for i in $(grep z*raw $1 | sed 's/z*raw/mhd/g'); do
 209     clitkImageArithm -i $dir/$i -j $tot -o $tot
 210   done
 211
 212   clitkImageArithm -i $tot -o $2 -t 11 -s $nbphases
 213   rm $tmp.*
 214 }
 215
 216 select_contour_gui()
 217 {
 218   local roi_list=$@
 219   roi=`zenity --list --title="Available Contours" --column="Please choose a contour:" $roi_list`
 220   case $? in
 221     0)
 222     if [ -z $roi ]
 223     then
 224       zenity --warning --text="You must choose one contour."
 225       select_contour_gui $roi_list
 226     else
 227       rtstruct_roi_name=$roi
 228     fi;;
 229     1)
 230     if zenity --question --text="Do you really wish to quit?"
 231     then
 232       exit
 233     else
 234       select_contour_gui $roi_list
 235     fi;;
 236     -1)
 237       zenity --error --text="Unexpected error. Please relaunch the application."
 238       exit;;
 239   esac
 240 }
 241
 242 select_contour()
 243 {
 244   local roi_list=$@
 245   echo "Available Contours:"
 246   for r in $roi_list; do
 247     echo $r
 248   done
 249
 250   echo "Please choose a contour number:"
 251   read rtstruct_roi_index
 252   let i=0
 253   for r in $roi_list; do
 254     if [ $rtstruct_roi_index = `echo $r | cut -d ':' -f 1` ]; then
 255       rtstruct_roi_index=$i
 256       break;
 257     fi
 258     let i=i+1
 259   done
 260
 261 }
 262
 263 select_roi()
 264 {
 265   rtstruct_roi_name_list=( `get_dicom_field_value "3006|0026" ${rtstruct_file} all | sed 's/ /_/g'` )
 266   rtstruct_roi_number_list=( `get_dicom_field_value "3006|0022" ${rtstruct_file} all | sed 's/ //g'` )
 267   rtstruct_roi_list=( )
 268   for i in $(seq 0 1 $(( ${#rtstruct_roi_name_list[@]} - 1 ))); do
 269     rtstruct_roi_list[$i]=${rtstruct_roi_number_list[$i]}:${rtstruct_roi_name_list[$i]}
 270   done
 271
 272   if [ $gui_mode = 1 ]; then
 273     select_contour_gui ${rtstruct_roi_list[@]}
 274     rtstruct_roi=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 1`
 275     rtstruct_roi_name=`echo ${rtstruct_roi_name} | cut -d ':' -f 2`
 276   else
 277     select_contour ${rtstruct_roi_list[@]}
 278     rtstruct_roi=${rtstruct_roi_number_list[$(( $rtstruct_roi_index ))]}
 279     rtstruct_roi_name=${rtstruct_roi_name_list[$(( $rtstruct_roi_index ))]}
 280   fi
 281 }