]> Creatis software - clitk.git/blob - scripts/midp_template.conf
new SetBackground filter
[clitk.git] / scripts / midp_template.conf
1 ###############################################################################
2 #
3 # FILE: midp_template.conf
4 # AUTHOR: RĂ´mulo Pinho 05/08/2011
5 #
6 # Template configuration file for create_midP-2.0.sh. Values between <> must be
7 # changed according to the methods.
8 #
9 ###############################################################################
10
11 # output directories
12 vf_dir="<VFDIR>"
13 midp_dir="<MIDPDIR>"
14 output_dir="<OUTDIR>"
15 log_dir="<LOGDIR>"
16
17 # script step to be executed (mask, registration, midp, all)
18 # midp depends on registration, which depends on mask
19 step="all"
20
21 # mask parameters
22 #
23 # interpolation algorithm for resampling (see clitkResampleImage)
24 mask_interpolation_algorithm="<MASK_INTERPOLATION_ALGORITHM>"
25 # interpolation spacing (in mm)
26 mask_interpolation_spacing=<MASK_INTERPOLATION_SPACING>
27
28 # registration method (blut, elastix)
29 method="<METHOD>"
30
31 # registration parameters (depend on registration method - see descriptions)
32 #
33
34 # b-spline spacing (blut, elastix)
35 bspline_spacing=<BSPLINE_SPACING>
36
37 # multi-resolution levels
38 nb_levels=<NB_LEVELS>
39
40 # number of histogram bins (blut, elastix)
41 nb_hist_bins=<NB_HIST_BINS>
42
43 # number of points (samples) to calculate metric
44 # (blut: percentage of image size; elastix: absolute number)
45 nb_samples=<NBSAMPLES>
46
47 # algorithm used to sample points for the metric
48 # (elastix: see docs)
49 sampling_algo="<SAMPLING_ALGO>"
50
51 # number of iterations (blut, elastix)
52 nb_iter=<NB_ITER>
53
54 # tolerance (stop condition for the metric) (blut)
55 tolerance=<TOLERANCE>
56
57 # metric used in the registration
58 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
59 metric="<METRIC>"
60
61 # interpolation type
62 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
63 interpolator="<INTERPOLATOR>"
64
65 # optmizer
66 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
67 optimizer="<OPTIMIZER>"