scripts/midp_template.conf

   1 ###############################################################################
   2 #
   3 # FILE: midp_template.conf
   4 # AUTHOR: Rômulo Pinho 05/08/2011
   5 #
   6 # Template configuration file for create_midP-2.0.sh. Values between <> must be
   7 # changed according to the methods.
   8 #
   9 ###############################################################################
  10
  11 # output directories
  12 vf_dir="<VFDIR>"
  13 midp_dir="<MIDPDIR>"
  14 output_dir="<OUTDIR>"
  15 log_dir="<LOGDIR>"
  16
  17 # script step to be executed (mask, registration, midp, all)
  18 # midp depends on registration, which depends on mask
  19 step="all"
  20
  21 # indicate if midp images are computed with the in and out
  22 # VFs combined
  23 midp_combined_vf=0
  24
  25 # indicate which masks are used in the registration (mm, lungs, patient). if
  26 # "patient", only the patient mask is used, and midp_combined_vf is
  27 # set to 1.
  28 mask_type="<TYPE>"
  29
  30 # mask parameters
  31 #
  32 # interpolation algorithm for resampling (see clitkResampleImage)
  33 mask_interpolation_algorithm="<MASK_INTERPOLATION_ALGORITHM>"
  34 # interpolation spacing (in mm)
  35 mask_interpolation_spacing=<MASK_INTERPOLATION_SPACING>
  36
  37 # registration method (blut, elastix)
  38 method="<METHOD>"
  39
  40 # registration parameters (depend on registration method - see descriptions)
  41 #
  42
  43 # b-spline spacing (blut, elastix)
  44 bspline_spacing=<BSPLINE_SPACING>
  45
  46 # multi-resolution levels
  47 nb_levels=<NB_LEVELS>
  48
  49 # number of histogram bins (blut, elastix)
  50 nb_hist_bins=<NB_HIST_BINS>
  51
  52 # number of points (samples) to calculate metric
  53 # (blut: percentage of image size; elastix: absolute number)
  54 nb_samples=<NBSAMPLES>
  55
  56 # algorithm used to sample points for the metric
  57 # (elastix: see docs)
  58 sampling_algo="<SAMPLING_ALGO>"
  59
  60 # number of iterations (blut, elastix)
  61 nb_iter=<NB_ITER>
  62
  63 # tolerance (stop condition for the metric) (blut)
  64 tolerance=<TOLERANCE>
  65
  66 # metric used in the registration
  67 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  68 metric="<METRIC>"
  69
  70 # interpolation type
  71 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  72 interpolator="<INTERPOLATOR>"
  73
  74 # optmizer
  75 # (blut: see clitkBLUTDIR; elastix: see docs)
  76 optimizer="<OPTIMIZER>"